关联分析基础知识

AssociationMappingLinkagemappingAssociationmapping基于全基因组的关联分析基于候选基因的关联分析ThecoreofAM——LDLDreferstononrandomassociationofallelesatdifferentloci.LD是关联分析的基础和前提，决定关联分析的精度和所选用标记的数量、密度，以及试验方案。D'(standardizeddisequilibriumcoeffieients,标准不平衡系数)•D'是D与D最大可能值（当D＜0时为最小可能值）的比值，是一种与频率无关的度量。•D'=1——完全LD，说明两位点间没有发生重组，两位点组成的单体型最多出现3种。•D’=0——说明无LD，即4种单体型频率相等。•D‘＜1——说明两位点间发生过重组和突变•i:D'接近1，提示两位点间发生重组的可能性很小；•ii:D'接近中间值，无法比较两位点LD的差别，此时D'值要在95%可信区间进行比较r2（(squaredallele-frequencycorrelation）•r2是与频率有关的量，在两位点间无重组时，r2也不一定达到最大值1。•r2＝1说明两位点无重组；4种单倍型最多只能出现2种(AB,ab)，且等位基因频率相同。称为完美LD：观察一个标记即可得到另一标记的全部信息。•r2＝0与D’＝0意义相同.•r2＞0.33：提示“强LD”.r2和D'•r2和D'反映了LD的不同方面。•r2包括了重组史和突变史,而D'仅包括重组史。•D'能更准确地估测重组差异,但样本较小时发现低频率4种等位基因组合的可能性大大减小,因此D'不适宜小样本研究中的应用。•r2可以提供标记是否能与QTL相关的信息,因此LD作图中通常采用r2来表示群体的LD水平。LD作图•r2和D'是两个座位间LD的度量。•对于基因组内某区域的LD分布状况,通常用两种形象化的方式来表示:•LD散点图•LD矩阵•LD散点图是以位点间的LD对遗传距离作图来表示一个区域内的LD分布情况,这种表示方法也便于对不同物种中的LD水平进行比较。•LD矩阵是某基因内或某染色体上多态性位点间LD的线性排列。影响LD的因素•群体的LD水平是许多遗传因素和非遗传因素综合作用的结果。•随机匹配群体中,在没有选择、突变或迁移因素的影响时,多态性位点处于连锁平衡状态,相反,连锁、选择和群体混合将增加LD的水平。•突变可导致新的多态性产生,而重组则可通过重新组合序列变异而削弱染色体内部的LD,LD的程度与重组率成反比。由此,突变和重组是影响LD的重要因素。•除此之外,其他生物因素和历史因素也影响LD的程度和分布,例如物种的交配体系，染色体位置，群体大小，基因或染色体片段所受的选择强度，遗传漂变等。虽然自交物种每次减数分裂时重组率很高,但由于自交趋向纯合,这样有效的重组率就会很低,最终导致自交物种的LD程度高。DecayofLD•1.什么是LD的衰减？•LD的衰减指位点间由连锁不平衡到连锁平衡的演变过程•2.LD的衰减如何判定？•D’=0.5或D’半长度(LD最大值与最小值的中点)或•r2=0.1时在染色体上的遗传距离.•3.研究LD的衰减有什么用？•LD的衰减距离决定关联分析时所需标记密度，也在一定程度上决定关联分析的精度