pymol教程

》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab1/42PyMOL用户指南目录一、鼠标操作入门4(这个数字是超链接，ctrl+左键)1.启动41)通过鼠标42)通过命令行42.PyMOL窗口41)Virewer窗口42)外部GUI窗口53.下载PDB文件54.操控视图61)基本鼠标控制62)虚拟滚动球旋转73)移动截面74)改变旋转中心点85)简单回顾9二、命令行操作入门91.记录结果92.载入数据93.操控对象（Object）101)原子选择112)对象和选择的着色123)对象和选择的on/off134.改变视点135.保存工作141)脚本和日志文件142)图像文件153)会话文件166.命令行快捷键161)用TAB键完成命令162)用TAB键完成文件名173)自动推理177.其他命令和帮助17注：页面背景和页脚的图像分别是1GCL、111D的cartoon显示》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab2/42三、命令句法和原子选择181.语法181)选择表达182)原子选择命名193)单字选择符4)属性选择符205)选择代数226)宏指令232.从PyMOL中读取Python24四、卡通表示251.背景251)可达性252)美化和精确262.定制化281)卡通类型282)精美螺旋313.二级结构归属32五、光线追踪331.重要设置332.保存图片34六、立体效果341.支持的立体模式342.制作立体图片343.相关命令34七、动画351.概念352.重要命令351)Load2)Mset3)Mdo4)Mmatrix3.简单举例364.复杂举例365.预览ray-traced动画图片371)Cache_frames》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab3/422)mclear6.保存动画37八、高级鼠标控制371.选择原子和键372.“pk”原子选择的应用举例383.“lb”和“rb”选择384.构象编辑38九、晶体应用381.晶体对称性381)Load2)Symexp2.电子密度图391)Load2)Isomesh和isodot十、汇编图形对象（CGO）和Molscriptribbons401.简介402.Molscriptribbons401)Load2)UsingMolscript3.创建CGOs414.CGO参考41NOTES:本教程以PyMOLuser’sguide为蓝本翻译而来，并引用了其他资料。本教程只介绍PyMOL在windows系统下的应用本教程以edu1.1版本的PyMOL为准，大硬盘中有此软件本教程是PyMOL的入门教材，故相关问题只是简单介绍而没有深入讲解如果你有疑问或者想深入研究，可通过输入命令help，查看《PyMOL命令》，登陆PyMOLwiki（）或咨询他人等途径解决疑难本教程极少的命令可能在你的PyMOL上运行不了，大多是版本问题译者知识水平有限，可能有不当甚至谬误之处，敬请指正！本教程不断更新，最新版以文件名和页眉的日期为准。》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab4/42一、鼠标操作入门1.启动1)通过鼠标打开开始菜单，在程序或所有程序中找到PyMOL并单击。2)通过命令行在Windows下，打开文件和脚本有多种命令选项。一般地，在“运行”或“命令提示符”中输入：c:\programfiles\delanoscientific\PyMOL\PyMOLwin.exe如果PyMOL没有按默认路径安装，那么就输入正确的驱动器名和路径。2.PyMOL窗口PyMOL一般打开两个窗口：Viewer窗口和外部（Tcl/TK）GUI窗口。如下图所示：PyMOL的两个窗口GUI是图形用户界面（GraphicalUserInterface）的缩写，由菜单、按钮、正文框和其他小工具构成。PyMOL默认有两个GUI：内部GUI在Viewer窗口内显示；外部GUI在它自己的窗口显示。之所以这样的原因既烦琐又专业，但我们知道两个GUI最终会统一为一个界面。1)Viewer窗口PyMOL的Viewer是PyMOL系统的心脏。这是一个开放式图形语言（OpenGL）窗口，所有的3D图形在此展示，并且用户可直接操纵这些图形。》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab5/42PyMOL的Viewer窗口和内部GUI（默认）窗口内右边的内部GUI可使用户对特定对象（object）和特定原子选择（atomselection注意：原子选择是用户选择了的原子、残基、链、片段、对象等等，相对object而言）进行操作。从上到下，内部GUI包括对象列表、鼠标按钮配制矩阵、结构指示器和一套VCR（动画控制）。窗口底部还有一个命令输入区。在Viewer窗口也能查看PyMOL的文本输出（textoutput），任何时候都可以按ESC在文本输出和图形模式间进行切换。Viewer完全可以自己运行，它拥有PyMOL核心系统的全部功能。如果想这样的话，完全可去除命令和内部GUI。通过标准菜单和控制，许多任务能更简单高效的完成。在外部GUI可以找到绝大部分的功能选项。2)外部GUI窗口默认的Tcl/TK外部GUI默认状态下，外部GUI包括标准菜单栏、输出区、命令输入区和一系列按钮。外部GUI窗口的一个好处是能够对正文进行剪切和粘贴，而在Viewer中却没有此功能。另外，必须用Ctrl−X、Ctrl−C和Ctrl−V进行剪切、复制和粘贴操作，因为在标准编辑菜单中没有这些功能。3.下载PDB文件通过外部GUI菜单：默认的外部GUI在File菜单有Open选项，可由此打开选择的文件。通过命令：语法loadfilename#载入本地存在的PDB文件fetchobject#直接从网上下载，不用加后缀例如loadtest/dat/pept.pdbfetchpept》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab6/42载入pdb文件后的PyMOL4.操控视图在PyMOL中，鼠标是主要的控制设备，键盘的修饰按键（SHIFT,CTRL,SHFIT+CTRL）在调整按钮操作时使用。为了有效使用PyMOL，建议选择带有三个按键的鼠标。1)基本的鼠标控制鼠标的滚动轮的可当做中键使用。下表是基本的鼠标按钮和键盘结合的操作功能：键盘鼠标左键中键右键旋转图像（虚拟滚动球rotate）在XY上移动图像（translate平移）在Z上移动图像（zoom变焦）Shift移动截面Ctrl》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab7/42Shift+Ctrl回到旋转起始2)虚拟滚动球旋转虚拟滚动球虚拟滚动球犹如在视野中有个可见的球。当你在屏幕点击拖拽时，好像你的手指按在了球上进行相似的操作。如果在球体外点击拖动,仅能在Z轴上做环形旋转；在球体上点击拖动就能在XY面上旋转。3)移动截面截面是在分子前后想象中的平面。截面外的分子部分将会被切除，从而显示出内部。在复杂或大分子中截面非常有用。截面示意图（hither这边的近处的，yon那边的远处的）PYMOL的截面控制需要鼠标和键盘结合，如下图示：SHIFT+右键，当鼠标上下拖动时会调》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab8/42整前截面，左右拖动时调整后截面。截面的控制也可以对角线拖动改变截面的显示，如下图：对角移动截面改变可见的“wedge”4)改变旋转中心点观察分子图像时，常常需要改变旋转的中心点，快捷方式是“ctrl+shift+中键”点击目标原子。》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab9/425)简单回顾至此，应该能够完成如下任务：载入PDB。旋转、平移、缩放图像。调整前截面和后截面，以便更清楚地观察分子的切片图。改变任何感兴趣的原子为选旋转中心。二、命令行操作入门此部分介绍典型常用的命令，命令语法的详细内容见《PYMOL命令》。PYMOL语言是事件敏感的（case-sensitive），但是前一个事件不能应用到当前的命令中，所以谨记一定要对下一个事件输入必要的命令。1.记录结果当在PYMOL上操作时，如果想记录下完成的操作步骤，可创建一个日志文件（log-file）：语法log_openlog-file-name例如PyMOLlog_openlog1.pml无论是输入的还是点击的命令都会记录在log-file中。文件扩展名是“.pml”，这样可以把文件作为脚本在新会话中打开。输入log_close命令可以停止记录，如果不输入此命令，日志文件会一直记录存盘直到关闭PYMOL。如果仅想保存PYMOL当前的状态而不关心操作步骤，可创建一个会话文件（session-file）。2.载入数据》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab10/42从文件中载入PDB，命令如下语法loaddata-file-name例如PyMOLload$PyMOL_path/test/dat/pept.pdb命令输入后，PYMOL会打开读取“pept.pdb”，创建并命名相应的对象，在Viewer中显示图像并在控制板中添加对象。默认状态下，PYMOL会在文件读取后命名对象，当然也可以重命名对象:语法loaddata-file-name,object-name——注意一定要加入pdb格式，fetch后面直接跟上object名字例如PyMOLload$PyMOL_path/test/dat/pept.pdb#对象命名为“pept”#文件扩展名不会出现在对象名中PyMOLload$PyMOL_path/test/dat/pept.pdb,test#对象命名为“test”（“#”是注释标志，在命令行中，#后输入任何信息都不会被PYMOL读取）上面载入文件的命令是典型的PYMOL语法。load是关键词，它要求PYMOL去执行一定的功能。data-file-name和object-name是要load的参数，这些参数告诉PYMOL载入什么文件和命名文件。一般而言，参数对关键词来说仅提供运行命令需要的信息。3.操控对象(manipulatingobject)对象的操控既可用鼠标，也可用命令。例如，改变默认的表示形式（representation）lines到sticks，首先删除lines然后显示sticks：语法hiderepresentationhiderepresentation例如PyMOLhidelines#以lines显示的对象消失PyMOLshowsticks#以sticks显示的对象出现其他的表示形式还有cartoon,ribbons,dots,spheres,meshes和surfaces等（见“表示形式”）。当用命令show时，新的表示形式出现，但原来的表示形式不消失，非常恼人，可用下面的命令解决这个问题：语法asrepresentation例如PyMOLassticks#不论原来显示多少种表示形式，命令后只显示sticks一种在显示有配体存在的对象时，有时显示不出配体，可通过下面方法解决：例如fetch1biw#载入对象1biw，它有一个配体ascartoon#配体存在但却没被显示然后通过鼠标操作，点击内部GUI的S菜单organicspheres，就可以看到配体了。》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab11/421)原子选择原子选择（atomselections）可以操控分子中一部分原子或化学键。PyMOL精于对原子或残基的选择、分组和命名。你可以只用一次选择，也可以重命名以便再次使用。例如你可以缩放（zoom