lightcycler-480-Software1.5-中文说明书

LightCycler480Software1.5软件操作（中文版）第一部分基本界面及图标概述：一、Overview界面Exit：关闭LC480软件Logoff：从目前使用的数据库中退出并可登陆其他的数据库Overview：点击该图标进入“Overview”界面Navigator：点击该图标进入“Navigator”界面，可进行数据的导入导出等操作，详见。。。。。。Save：点击该图标进行保存Export：导出当前打开的文件Close：关闭当前打开的文件Print：打印当前打开的窗口Tools：打开“Tools”界面，可进行密码修改，建立和编辑用户，系统设置，查看数据库状态、仪器状态、滤光片组合等操作Help：查看软件版本，操作说明书等二、NewExperiment界面RunModule：编辑、运行或查看PCR程序及查看PCR实时数据SubsetEditor：点击该模块后可进行子集的编辑SampleEditor：点击后进行样品信息的编辑AnalysisModule:点击进行结果分析或查看已保存的分析结果ReportModule：选择需要的内容以报告的形式给出结果SummaryModule:查看实验的总体概况，包括实验名称，所用的程序，检测模式，滤光片组合等。概况的内容由系统自动生成三、Navigator界面Import：导入一个文件Export：导出一个文件BatchImport：导入一批数据BatchExport：导出一批数据New：新建一个实验或文件夹NewFolder：新建一个文件夹Open：打开一个文件Rename：重命名Delete：删除选中的目标Copy：拷贝选中的目标Note：所有上述图标在深蓝色时为激活状态，灰色时为灭活状态也就是不可用状态。各图标的功能在不同状态下以颜色来区分是否具备。软件操作一．打开软件打开电脑，Windows操作系统的用户名为operator，密码为LC480（区分大小写），电脑操作系统启动完毕，检查电脑右下角是否有图标。如果没有，点击桌面“Exor4forXDMS_R”快捷方式文件。然后右键点击图标，左键点击“Show”一栏，如最后一句话显示“Exor4serverisrunning”表示数据库加载成功。如果显示“Exor4failedtostart”则表示数据库没有加载上，关闭该窗口，右键点击图标，选“Shutdown”一栏，退出数据库，重新点击桌面“Exor4forXDMS_T”文件，加载数据库。然后点击桌面“LightCycler480Software”快捷方式文件，运行该软件。输入用户名和密码。用户名默认为admin（管理者权限），密码为LightCycler480（区分大小写），如用户已经建立新用户名，则可以按照新用户名登录。二．用户管理为了实验结果的有效管理，可以建立不同级别的用户。如:标准用户（StandardUser）、专业用户（ExpertUser）、管理者（LocalAdministrator）。一般实验室建议建立专业用户（ExpertUser）用户名，然后以该用户名登录软件进行实验操作。建立新用户操作：打开LightCycler480操作软件，点击右侧按钮打开“Tools”工具栏，选择“UserAccess/UsersandGroups”选项。在右边窗口中点击“NewUser”键，在右边“Entertheuser’sfullname”一栏中填写用户的全名，在“”Enterthenametheuserwantstologinas”一栏填写用户登录名，在“Entertheuser’spassword”一栏中输入密码（密码须含有6个以上字母，1个以上数字，其中有至少一个字母大写），在“Confirmthepassword”一栏中重新输入一次密码，加以确认，在“Selecttheuser’srole”一栏中选择用户级别，然后点击右下方“Close”按钮加以确认。在“Tools”工具栏中的“SystemSettings”界面中可以设置各用户级的权限，以及密码的时效。三．仪器自检每次开机时，仪器会自动进行初始化自检程序。自检通过，仪器左侧指示灯变绿。如放置了样本，仪器右侧指示灯变绿。在自检时，不能放置反应板，否则自检无法通过。四．建立实验程序打开LightCycler480操作软件，成功登录后点击按钮，进入NewExperiment/RunProtocol程序设置界面。在“DetectionFormat”一栏中选择所使用的荧光检测技术，可选择各类探针和染料，如常见的SYBRGreenI染料、MonoColorHydrolysisProbe单色TaqMan水解探针、MultiColorHydrolysisProbe多色TaqMan水解探针。在进行多色荧光PCR实验时，须点击按钮选择用户所采用的荧光检测通道，点击“√”确认。在一栏中填写反应体积。在“Programs”界面中设置实验程序：在“ProgramName”下方命名程序，“Cycles”一栏内填写该程序的循环数，在“AnalysisMode”一栏选择该程序的分析模式。定量分析选择“Quantification”，溶解曲线分析选择“MeltingCurves”，颜色补偿实验选择“ColorCompensation”。而后在“TemperatureTargets”界面内设置所指定程序的内容，在“Target(℃)”处填写目标温度，“AcquisitionMode”处选择信号采集方式，“Hold”一栏填写该温度所持续的时间，“RampRate(℃/s)”处填写升降温速率（注：如目标温度为50℃以下时，为了减少硬件的损耗，必须将降温速率调至1.5℃/s以下）。如一个程序有多个步骤，则在TemperatureTargets界面的左侧处点击，增加步骤；也可点击上下箭头调整各步骤的先后顺序。如一个实验中有多个程序，也可在“Programs”界面左侧点击，增加程序，也可点击上下箭头调整各程序的先后顺序。实验程度设置完成后，在下方“Overview”界面内会自动生成温度随时间变化的温控曲线，以及估计的运行时间，绿色点表示采集荧光信号的温度和时间点。可以依照该图检查一下程度设置是否正确。设置好的实验程序可以保存成模板文件，下次使用同样的实验程序时可以调用。具体操作如下：点击按钮右侧的下拉箭头，选中“SaveAsTemplate”选项，系统默认将实验程序模板文件保存在所登录的用户名下“Templates”目录中，用户可将其存放在其下的子目录“RunTemplates”下，填写该程序模板文件的名称，点击“√”按钮即完成保存。调用模板程序时可点击“ApplyTemplate”按钮，从目录树中选定所要调用的模板，点击“√”按钮确认。五．样本设置1、样本亚组编辑：LightCycler480软件拥有一个独特的样本编辑管理功能——亚组编辑（SubsetEditor），即将反应板上所有的样本根据用户需要分成亚组，对亚组进行独立地分析定量。具体操作如下：在“NewExperiment”界面中，点击左侧按钮，进入Subset设置界面，点击按钮新建亚组，并给其命名。点击按钮可复制所选定的亚组，点击按钮可更改所选定亚组的名称，点击“Delete”按钮可删除所选定的亚组。设置亚组：在Subsets界面中选定要设置的亚组名，在右边反应板孔位处选定该亚组所包含的孔位，使所选定的孔位中都出现深兰色凹陷的，点击下方按钮加以确认。设置亚组可以在一块反应板上实现多个检测项目的实验，前提是这些检测项目的实验运行程序都一致（这在使用TaqMan水解探针时比较容易实现），由于各检测项目均有各自的质控对照，因而，设定亚组可以单独对各检测项目进行分析。2．样本属性编辑点击NewExperiment界面左侧按钮设置样本信息。在“Workflow”一栏在选择实验方案：AbsQuant：绝对定量或定性分析；RelQuant：相对定量；Scanning：基因扫描；ColorComp：颜色补偿；Tm：熔解温度检测；MeltGeno：熔解曲线法基因分型；EndptGeno：终点法基因分型。在SelectSamples/Subset选项中选定待编辑的样本亚组：在界面右方编辑各样本的名称属性等：Pos：样本在96孔板或384孔板上的座标位置；ReplOf：重复样本设置；SampleName：样本名称；QuantificationSampleType：定量样本类型；Concentration：浓度；TargetName：检测类型。在进行绝对定量检测实验时，参与实验的样本有标准品（一般4至5个）、阴性对照、阳性对照、未知样本。各样本的名称可参考以上“SampleName”中的命名习惯（STD表示标准品、NC表示阴性对照、Positive表示阳性对照、Sample表示待检测的未知样本），也可以自行编辑。在“QuantificationSampleType”一栏内需要对各样本的类型进行明确地编辑（标准品选Standard类型、阴性对照选NegativeControl类型、阳性对照选PositiveControl类型、未知样本选Unknown类型），此外标准品系已知浓度的阳性样本，其设定为Standard类型后还需在Concentration一栏中对各标准品分别设定其相应的浓度，以及在AbsQuant/Units填写框中填写相应的浓度单位，如copies、pg等。在TargetName一栏中可以填写该检测实验所要检测的指标，如乙肝病毒、禽流感病毒、沙门氏菌等。如在实验中需要设置重复样本的，可在ReplOf一栏中填写该样本其所重复的样本的座标号（注意，只能填写座标号，不能填写样本名）。如进行的是多色荧光PCR检测实验，则在SelectFilterCombinations一栏中选定各检测通道，分别进行样本编辑。在进行定性检测实验时，参与实验的样本有阴性对照、阳性对照、未知样本。设置相应较简单，可参考以下设置六．运行实验实验程序和样本均设置完毕后，即可运行实验，具体操作：进入“NewExperiment”界面，点击左侧按钮，如反应板已经放入仪器，仪器主机正面右侧的LED灯会由桔黄色变为绿色，软件界面右下边的这时点击“StartRun”按钮，软件界面跳出一对话框提示用户给该实验文件命名，以保存实验结果。一般建设用户以时间命名，以方便日后查找实验结果，如20080816-HBV-1，20080817-AIV-2等。命名后点击确认键，仪器就开始运行了，在运行过程中可观察到温度和荧光信号的变化曲线。如进行多重荧光PCR实验，可在荧光历史“FluorescenceHistory”界面内上的下拉菜单中切换不同的检测通道，以分别观察其扩增情况。在实验运行过程中，用户可以根据需要，点击“＋10Cycles”按钮增加正在运行的程序10个循环，也可以点击“EndProgram”按钮终止正在运行的子程序，直接进入下一个子程序。七．数据分析（定性和定量）实验运行完毕后，点击界面左侧的按钮分析数据。或者打开LightCycler480软件，成功登录后点击右侧图标，进入Navigator导航界面，在目录树内选定之前已完成的实验文件，点击下方“Open”按钮，或双击文件名打开实验文件，点击左侧按钮，进入分析界面。在“Createnewanalysis”窗口内显示了可使用的分析方法，在“Openexistinganalysis”窗口内显示已经进行分析的结果内容。要进行定性和定量分析可以选择AbsQuant分析功能，其有两种分析模式，2ndDerivativeMax二阶最大求导法和FitPoints点拟合法。选定分析功能类型后会跳出对话框，用户可以自行选择分析类型、选择要分析的亚组（Subset），以及命名分析结果（Name）。点击“√”按钮确认。在Analysis界面中选择AbsQuant／2ndDerivativeMax，点击“Calculate”按钮，生成Cp值，如实验中有标准品，则同时生成标准曲线，并且计算出各未知样本的浓度值。