第十一章RNA的生物合成

第十一章RNA的生物合成Chapter11RNABiosynthesis,生物界，RNA合成有两种方式：一一是是DDNNAA指指导导的的RRNNAA合合成成，，也也叫叫转转录录，，此此为为生生物物体体内内的的主主要要合合成成方方式式，，也也是是本本章章介介绍绍的的主主要要内内容容。。另另一一种种是是RRNNAA指指导导的的RRNNAA合合成成((RRNNAA--ddeeppeennddeennttRRNNAAssyynntthheessiiss))，，也也叫叫RRNNAA复复制制((RRNNAArreepplliiccaattiioonn)),,由由RRNNAA依依赖赖的的RRNNAA聚聚合合酶酶((RRNNAA--ddeeppeennddeennttRRNNAAppoollyymmeerraassee))催催化化，，常常见见于于病病毒毒，，是是逆逆转转录录病病毒毒以以外外的的RRNNAA病病毒毒在在宿宿主主细细胞胞以以病病毒毒的的单单链链RRNNAA为为模模板板合合成成RRNNAA的的方方式式。。重点内容掌握不对称转录、模板链和编码链的概念。（二）掌握原核生物RNA聚合酶的全酶及核心酶的组成；熟悉模板与酶的辨认结合，启动子的概念。了解-35区、-10区、上游、下游序列等概念，以及两区的作用特点。（三）熟悉原核生物的转录起始，转录的方向，原核生物的转录终止分两种方式。了解原核生物RNA合成的过程。（四）熟悉真核生物的RNA聚合酶的分类，作用特点以及各自相应的产物；了解真核生物转录过程。（五）掌握断裂基因、内含子、外显子的概念；（六）熟悉真核生物mRNA,tRNA的修饰过程。复制与转录的相同点：①都是酶促的核苷酸聚合过程②以DNA为模板③遵循碱基配对原则④都需依赖DNA的聚合酶⑤聚合过程都是生成磷酸二酯键⑥新链合成方向为5’→3’原核生物转录的模板和酶Section1TemplatesandEnzymesinProkaryoticTranscription原核生物转录的模板DNA分子上转录出RNA的区段，称为结构基因(structuralgene)。转录的这种选择性称为不对称转录(asymmetrictranscription)，它有两方面含义：在DNA分子双链上，一股链用作模板指引转录，另一股链不转录；模板链并非总是在同一单链上。全称：依赖DNA的RNA聚合酶（DDRP）。RNA合成的化学机制与DNA聚合酶催化DNA合成相似，沿5‘→3’聚合RNA。DNA聚合酶在启动DNA链延长时需要引物存在，而RNA聚合酶不需要引物就能直接启动RNA链的延长。RNA聚合酶和DNA的特殊序列——启动子(promoter)结合后，就能启动RNA合成。原核生物中的RNA聚合酶全酶由五个亚基构成，即2‘（ω），分子量达480kD。亚基能引导RNA-pol稳定的结合在DNA启动子上。亚基存在对核心酶的构象有较大影响，能导致RNA-pol与DNA上的一般序列和启动子序列的亲和力有很大不同：极大降低了酶与DNA一般序列的结合常数，和停留时间，同时又增加了酶与启动子的亲合力和停留时间其他原核生物的RNA聚合酶，在结构、组成、功能上均与E.coli相似。抗结核药利福平或利福霉素可专一性地结合RNA聚合酶的β亚基，抑制RNA合成。原核生物一个转录区段可视为一个转录单位，称为操纵子(operon)，包括若干个区区别别::引物酶①复复制制起起始始时时聚合短链RNA作为引物，以以提提供供33¡¡¯¯--OOHH末末端端，，使使子子代代DDNNAA链链能能够够延延长长。。②②ddnnaaGG基基因因编编码码，，③③对对利利福福平平不不敏敏感感催化转录的RNA-pol两种酶的异同共共同同点点::本本质质上上都都是是一一种种依依赖赖DDNNAA的的RRNNAA聚聚合合酶酶（（DDDDRRPP））;;催催化化游游离离的的NNTTPP聚聚合合。。转转录录时时催催化化子子链链延延长长对对利利福福平平敏敏感感结构基因及其上游(upstream)的调控序列。启动子(启动序列，promoter)是RNA聚合酶结合并起动转录的特异DNA序列。启动子(promoter)是调控序列的一部分,控制转录的关键部位，决定着基因的表达强度。第三节原核生物RNA转录合成的过程一、转录起始需要RNA聚合酶全酶RNA聚合酶必须准确地结合在转录模板的起始区域。DNA双链解开，使其中的一条链作为转录的模板。转录起始过程：1.RNA聚合酶全酶(2)与模板结合，形成闭合转录复合体(closedtranscriptioncomplex)；2.DNA双链局部解开，形成开放转录复合体(opentranscriptioncomplex)；3.第一个NTP加入，形成转录起始复合物：DNA双链解开的范围只有≈17bp，比复制叉小得多。转录起始生成RNA的5’总是GTP，且保留三个磷酸基团第一个磷酸二酯键生成后，σ亚基即从转录起始复合物上脱落，核心酶连同四磷酸二核苷酸，继续结合于DNA模板上，酶沿DNA链前移，进入延长阶段。二、原核生物的转录延长时蛋白质的翻译也同时进行亚基脱落，RNA–pol聚合酶核心酶变构，与模板结合松弛，沿着DNA模板前移；在核心酶作用下，NTP不断聚合，RNA链不断延长。三、原核生物转录终止分为依赖ρ(Rho)因子与非依赖ρ因子两大类转录终止指RNA聚合酶在DNA模板上停顿下来不再前进，转录产物RNA链从转录复合物上脱落下来。依赖Rho(ρ)因子的转录终止非依赖Rho因子的转录终止（一）依赖ρ因子的转录终止ρ因子是由相同亚基组成的六聚体蛋白质，亚基分子量46kD。ρ因子能结合RNA，又以对polyC的结合力最强。ρ因子还有ATP酶活性和解螺旋酶(helicase)的活性。目前认为，ρ因子终止转录的作用是：与RNA转录产物结合，结合后ρ因子和RNA聚合酶都可发生构象变化，从而使RNA聚合酶停顿，解螺旋酶的活性使DNA/RNA杂化双链拆离，利于产物从转录复合物中释放。（二）非依赖Rho因子的转录终止DNA模板上靠近终止处，有些特殊的碱基序列，转录出RNA后，RNA产物形成特殊的结构来终止转录。终止点处存在相连的富含GC的回文结构，使RNA转录产物形成发夹形的二级结构，其后又有一段寡聚U第三节真核生物的转录过程真核生物的转录过程比原核复杂。二者的转录起始过程有较大区别，转录终止也不相同。一、真核生物有三种DNA依赖性RNA聚合酶真核生物具有3种不同的RNA聚合酶:RNA聚合酶Ⅰ（RNAPolⅠ）RNA聚合酶Ⅱ（RNAPolⅡ）RNA聚合酶Ⅲ（RNAPolⅢ）三种RNA聚合酶均由10～12个大小不同的亚基组成，结构复杂，功能上存在差异。真核生物RNA聚合酶Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ的结构比原核生物复杂，都由多个亚基组成。有些亚基是三种酶所共有。所有真核生物的RNA聚合酶都有两个不同的大亚基和十几个小亚基.mRNA是各种RNA中寿命最短、最不稳定的，需经常重新合成。因此RNA聚合酶Ⅱ是三种酶中最活跃的。RNA聚合酶Ⅱ由12个亚基组成，其最大的亚基称为RBP1。RNA聚合酶Ⅱ最大亚基的羧基末端有一段共有序列(consensussequence)为Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser的重复序列片段，称为羧基末端结构域(carboxyl-terminaldomain,CTD)。CTD对于维持细胞的活性是必需的。习题DNA复制和转录过程具有许多异同点,下列关于DNA复制和转录的描述中哪项是错误的?A在体内只有一条DNA链转录,而两条DNA链都复制B在这两个过程中合成方向都为5'→3'C复制的产物在通常情况下大于转录的产物D两过程均需RNA为引物EDNA聚合酶I和RNA聚合酶都需要Mg2+不参与DNA修复的酶是光复活酶引物酶DNA聚合酶ⅠDNA连接酶核酸内切酶切除修复需要核酸内切酶DNA聚合酶DNA连接酶核酸外切酶下列关于σ因子的叙述正确的是A参与识别DNA模板上转录RNA的特殊起始点B参与识别DNA模板上的终止信号C催化RNA链的双向聚合反应D是—种小分子的有机化合物E参与逆转录过程RNA聚合酶中促进磷酸二酯键生成的亚基是A原核RNA聚合酶亚基δB原核RNA聚合酶亚基αC原核RNA聚合酶亚基βD原核RNA聚合酶亚基β’E原核RNA聚合酶亚基σ催化真核mRNA的转录的酶是ARNA聚合酶IBMtRNA聚合酶CRNA聚合酶ⅢDRNA复制酶ERNA聚合酶Ⅱ二、转录起始需要启动子、RNA聚合酶和转录因子的参与（一）转录起始前的上游区段具有启动子核心序列顺式作用元件(cis-actingelement)启动子启动子上游元件（upstreampromoterelements）增强子（enhancer）起始点上游多数有共同的TATA序列，称为Hognest盒或TATA盒(TATAbox)。通常认为这就是启动子的核心序列。许多RNA聚合酶II识别的启动子具有保守的共有序列：位于转录起始点附近的起始子(initiator，Inr)。启动子上游元件是位于TATA盒上游的DNA序列，多在转录起始点约-40～-100nt的位置，比较常见的是GC盒和CAAT盒。增强子是能够与特异基因调节蛋白结合,促进邻近或远隔特定基因表达的DNA序列。在所控基因的上游和下游都可发挥作用;总是作用于最近的启动子DNA分子上可影响或调控转录的各种组分统称为顺式作用元件（cis-actingelement）。（二）转录因子在真核生物中，转录的起始过程较为复杂。现已发现数百种蛋白因子与RNA转录合成有关能直接、间接辨认和结合转录上游区段DNA的蛋白质，统称为反式作用因子(trans-actingfactors)。反式作用因子中，直接或间接结合RNA聚合酶的，则称为转录因子(transcriptionalfactors,TF)，通用转录因子，基本转录因子。TFⅠ、TFⅡ、TFⅢ中介子是反式作用因子和RNA聚合酶之间的蛋白质复合体，它与某些反式作用因子相互作用，同时能够促进TFⅡH对RNA聚合酶羧基端结构域的磷酸化。上游因子，与启动子上游元件结合的蛋白质可诱导因子，与增强子等远端调控序列结合的转录因子，只在特定时间和组织中表达而影响转录RNA聚合酶II与启动子的结合、启动转录需要多种蛋白质因子的协同作用。通常包括：可诱导因子与增强子的结合;上游因子与启动子上游元件的结合；通用转录因子在启动子处的组装；在通用转录因子、RNA聚合酶II复合物与可诱导因子、上游因子相互作用时，辅激活因子、中介子起的辅助和中介作用。因子和因子之间互相辨认、结合，以准确地控制基因是否转录、何时转录。（三）转录起始前复合物真核生物RNA-pol不与DNA分子直接结合，而需依靠众多的转录因子，形成转录起始复合物(pre-initiationcomplex,PIC)。真核生物转录起始时，首先由TFⅡD的TBP亚基识别并结合TATA盒，然后在其他转录因子的配合下，与RNA聚合酶Ⅱ组装形成转录起始前复合物(pre-initiationcomplex,PIC)。TFⅡH的解螺旋酶活性使转录起始点附近的DNA解螺旋，启动转录。RNA聚合酶Ⅱ催化第一个磷酸二酯键形成。RNA聚合酶Ⅱ的羧基末端结构域（CTD）被磷酸化修饰，大部分转录因子脱离，聚合酶向下游移动延伸RNA链。（四）少数几个反式作用因子的搭配启动特定基因的转录为了保证转录的准确性，不同基因需不同转录因子。拼板理论(piecingtheory)：少数几个反式作用因子（主要是可诱导因子和上游因子）之间互相作用，再与基本转录因子、RNA聚合酶搭配而有针对性地结合、转录相应的基因。可诱导因子和上游因子常常通过辅激活因子或中介子与基本转录因子、RNA聚合酶结合，但有时也可直接与基本转录因子、RNA聚合酶结合。三、真核生物转录延长过程中没有转录与翻译同步的现象真核生物转录延长过程与原核生物类似，但因有核膜相隔，没有转录与翻译同步的现象。RNA-pol前移过程中处处都遇上核小体。转录延长过程中可观察到核小体移位和解聚现象。四、