DNAman使用方法

DNAMAN使用方法•1．将待分析序列装入Channel•2．以不同形式显示序列•3．DNA序列的限制性酶切位点分析•4．DNA序列比对分析•5．序列同源性分析•6.PCR引物设计•7．质粒模式图绘制DNAMAN使用方法•DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为普遍使用的DNA序列分析工具。以DNAMAN5.2.9Demoversion为例，简单介绍其使用方法。打开DNAMAN，可以看到如下界面：•第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有九个常用主菜单，•第二栏为工具栏：•第三栏为浏览器栏：•在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel中。•以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。•1．将待分析序列装入Channel（１）通过File/Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。（２）通过Sequence/LoadSequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。通过Sequence/CurrentSequence/AnalysisDefination命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA或蛋白质），名称，和要分析的片段等参数。•2．以不同形式显示序列•通过Sequence//DisplaySequence命令打开对话框，如图所示：•根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下：•Sequence&Composition：显示序列和成分•ReverseComplementSequence：显示待分析序列的反向互补序列•ReverseSequence：显示待分析序列的反向序列•ComplementSequence：显示待分析序列的互补序列•DoubleStrandedSequence：显示待分析序列的双链序列•RNASequence：显示待分析序列的对应RNA序列3．DNA序列的限制性酶切位点分析•将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis命令打开对话框，如下所示：按扭，出现下列对话框：•参数说明如下：•Results分析结果显示•其中包括：•Showsummary：显示概要，Showsitesonsequence：在结果中显示酶切位点•Drawrestrictionmap：显示限制性酶切图，Drawrestrictionpattern：显示限制性酶切模式图•Ignoreenzymeswithmorethan：忽略大于某设定值的酶切位点•Ignoreenzymeswithlessthan：忽略小于某设定值的酶切位点•TargetDNA：目标DNA特性•Circular：环型DNA，dam/dcmmethylation：dam/dcm甲基化•allDNAinSequenceChannel（选择此项，在SequenceChannel中的所有序列将被分析，如果选择了Drawrestrictionpattern，那么当所有的channel中共有两条DNA时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA时，则只能用一个酶分析。•选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对话框：Enzyme：代表enzymedatafile，点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz和dnamane.enz，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。其中restrict.enz数据文件包含180种限制酶，dnamane.enz数据文件包含2524种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18multiplecloningsites），然后点击按钮出现下列对话框：按钮出现下列对话框：•输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。••Cutter酶切识别序列长度；End酶切产生的末端，其中包括，Blunt（平头末端），5’Overhang（5’突出粘性末端）,3’Overhang(3’突出粘性末端)，系统根据cutter和end的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后，点击按钮执行操作。4．DNA序列比对分析（DotMatrixComparision）•要比较两个序列，可以使用DNAMAN提供的序列比对工具DotMatrixComparision（点矩阵比较）通过Sequense/Dotmatrixcomparision命令打开比对界面，如下图：点击对比界面左上角的按钮，出现下列对话框：4．DNA序列比对分析（DotMatrixComparision）•参数说明如下：•Sequencetype序列类型•Sequence1参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下：如果要比对的序列在Channel中，点击下拉箭头，选择相应的Channel，则被选中的Channel中的序列作为参加比对的第一序列；也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在File选择框上点击即可。通过Length选择参加比对的序列片段。••Sequence2参加比对的第二序列选择框；选项说明同上•ShowSequence选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性；•Annotations是否显示注释4．DNA序列比对分析（DotMatrixComparision）•Comparision比对参数，其中Window代表Windowsize（单位比对长度），Mismatch代表Mismatchsize（单位比对长度中许可的错配值），要快速比对，需将此项设为0。Bothstran代表双链比对，选择此项，是指用Sequence2中的的正链和负链分别和Sequence1比较，Sequence2链与Sequence1正链比较结果用黑色点表示，与负链比对结果用红色点表示。•Plotbox：点阵图表显示参数Position：起点坐标，Width：宽度值，Height：高度值，Framesize：边框线粗度值，Dotsize：点粗度值，Gridline：虚线框数。•参数设定好后，点击按钮执行操作。5．序列同源性分析（1）两序列同源性分析通过Sequence/TwoSequenceAlignment命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：Alignmentmethod：比对方法，通常可选Quick(快速比对)或Smith&Waterman(最佳比对)，当选择快速比对时，设置较小的k-tuple值，可以提高精确度，当序列较长时，一般要设置较大的k-tuple值（DNA序列：k-tuple值可选范围2-6；蛋白质序列：k-tuple值可选范围1-3）5．序列同源性分析•（2）多序列同源性分析•通过打开Sequence/MultipleSequenceAlignment命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：File：从文件中选择参加比对的序列Folder：从文件夹中选择参加比对的序列Channel：从channel中选择参加比对的序列Dbase：从数据库中选择参加比对的序列Remove：清除选择的序列Clear：清除全部序列点击按钮，出现对话框：（2）多序列同源性分析如果在前一对话框选择的是Fastalignment,则在此对话框中选择Quickalignment,否则选择Dynamicalignment即可。其它参数不必改变，点击对话框中间的使其它参数取原始默认值。点击按钮，出现下列对话框：（2）多序列同源性分析点击对话框中间的，然后点击执行操作。结果如下所示：（2）多序列同源性分析•点击左上角按钮，可以从弹出的对话框中选择不同的结果显示特性选项。点击按钮下的按钮，出现下列选择项：（2）多序列同源性分析•可以通过这些选项，绘制同源关系图（例如Tree/homologytree命令）。•显示蛋白质二级结构：（ProteinSecondaryStructure命令），•绘制限制性酶切图：（RestrictionAnalysis命令）等。•同源关系图举例如下：（Tree/HomologyTree命令）（2）多序列同源性分析6.PCR引物设计•首先，将目标DNA片段装入Channel,并激活Channel。点击主菜单栏中的Primer主菜单，出现下拉菜单，如下所示：点击DesignPCRPrimersforDNA命令，出现下列对话框：6.PCR引物设计•Primerlocationsontarget:引物定位•Productsize:扩增目的片段大小•Senseprimer:正向引物选择区•Antisenseprimer:反向引物选择区•Primer:引物特性包括Length:引物长度，Tm值,GC含量等参数；•Rejectprimer:引物过滤（将符合引物过滤条件的引物过滤掉）•3’dimer:可形成3’端自我互补的碱基数•Hairpinstem:可形成发卡颈环结构的碱基数•PolyN:多聚碱基•3’Uique:3’端严格配对碱基数•Primer-Primer:含义未知•Allmatches:引物互补配对百分数•Consentrations:浓度设定•Productforhybridyzat:PCR产物用于SouthernBlot探针杂交6.PCR引物设计点击按钮，出现下列对话框：选择选项，点击按钮，出现:7．画质粒模式图•我们常常要用到各种质粒图，无论是制作幻灯片，还是发表文章，常常需要质粒图。DNAMAN提供强大的绘质粒图功能，能满足我们的需要。通过Restriction/Drawmap命令打开质粒绘图界面：7．画质粒模式图•将鼠标移动到圆圈上，等鼠标变形成“I”时，单击鼠标左键，出现如下菜单：•Position:当前位置•AddSite:添加酶切位点•AddElement:添加要素•AddText:添加文字•InsertFragment:插入片断•CopyFragment:复制片断•CutFragment:剪切片断•RemoveFragment:清除片断•FrameThickness:边框线粗细调节•点击AddSite选项，出现如下对话框：7．画质粒模式图•Type:要素类型（共有三种类型，鼠标点击即可切换）•（c）olor/Pattern:填充色（共有16种颜色供选择）•Name:要素名称•Start/End/Size:要素起点/终点/粗细度•点击AddText选项，出现如下对话框：参数说明如下：Name:要添加的酶切位点的名称(例如HindIII)Position:位置（以碱基数表示）点击AddElement选项，出现如下对话框：7．画质粒模式图•输入要添加的文字，点击Font按钮设置字体和格式，选择Horizontal(水平显示)或Vertical(垂直显示)，点击按钮即可。•在绘图界面空白处，双击鼠标，出现：•通过此对话框，你可以完成各种添加项目的操作，也可以修改已添加的项目。•注意：•你可以通过鼠标双击质粒图上的项目来修改已添加的任何项目，可以通过鼠标移动任何项目。你可以通过帮助文件获取更多信息。7．画质粒模式图示例：