生化期末重点

DNA的生物合成（名解1，简答1）：逆转录（reversetranscription）：以RNA为模板在反转录酶的作用下合成DNA的过程叫做反转录。逆转录在病毒致癌过程中起重要作用；在基因工程中可用于mRNA为模板合成cDNA的实验中。半不连续复制（Semi-ondisctinuousreplication）：半不连续复制是指DNA复制时，前导链上DNA的合成是连续的，后随链上是不连续的，故称为半不连续复制。SOS修复（SOSrepair）：一种能够引起误差修复的紧急呼救修复，是在无模板DNA情况下合成酶的诱导修复。正常情况下无活性有关酶系，DNA受损伤而复制又受到抑制情况下发出信号，激活有关酶系，对DNA损伤进行修复，其中DNA多聚酶起重要作用，在无模板情况下，进行DNA修复再合成，并将DNA片段插入受损DNA空隙处。冈崎片段（Okazakifragment）：DNA复制时，随从链复制中形成的不连续片段。半保留复制：DNA复制是以DNA的两条链为模板。端粒：是真核生物染色体线性DNA分子末端的结构。形态学上，DNA末端与它的结合蛋白质紧密结合，像两顶帽子那样盖在染色体两端，使染色体DNA末端膨大成粒状。框移突变：指三联体密码的阅读方式改变，造成蛋白质氨基酸排列顺序发生改变，其后果是翻译出的蛋白质可能完全不同。滚换复制（rolling-circlereplication）：复制环装DNA的一种模式，在该模式中，DNA聚合酶结合在一个缺口链的3’端绕环合成与模板链互补的DNA，每一轮都是新合成的DNA取代前一轮合成的DNA。复制体（replisome）：一种多蛋白复合体，包含DNA聚合酶，引发酶，解旋酶，单链结合蛋白和其它辅助因子。复制体位于每个复制叉处进行细菌染色体DNA复制的聚合反应。单链结合蛋白（SSB）：一种与单链DNA结合紧密的蛋白，它的结构可以防止复制叉处单链DNA本身重新折叠回双链区。引发体（primosome）：是复制起始时形成的，原核生物DnaB（解螺旋酶）、DnaC、DnaG（引物酶）等蛋白质结合到DNA起始复制区形成的复合结构，称为引发体。管家基因（housekeepinggene）：对生命全过程都是必需的或必不可少的一类基因。这类基因在一个生物个体的几乎所有细胞中持续表达。分子杂交：DNA克隆：应用酶学的方法，在体外将各种来源的遗传物质——同源的或异源的、原核的或真核的、天然的或人工的DNA与载体DNA结合成一具有自我复制能力的DNA分子——复制子（replicon），继而通过转化或转染宿主细胞、筛选出含有目的基因的转化子细胞，再进行扩增、提取获得大量同一DNA分子，即DNA克隆。DNA复制的特征：（1）半保留复制是DNA复制的基本特征，即新老搭配，由一条新合成的DNA链和一条复制模板链配对产生子代双螺旋DNA；（2）DNA复制从起始点向两个方向延伸形成双向复制，原核生物的复制起始点只有一个；真核生物每个染色体有多个起始点，是多复制子的复制。习惯上把两个相邻起始点之间的距离定为一个复制子(replicon)。复制子是独立完成复制的功能单位。；（3）DNA一股子链复制的方向与解链方向相反导致半不连续复制。DNA复制所需物质：（1）底物：dATP、dGTP、dCTP、dTTP，总称dNTP（deoxynucleotidetriphosphate）；（2）聚合酶依赖DNA的DNA聚合酶，简称DNA-pol；（3）模板：解开成单链的DNA母链；（4）引物：提供3’-OH末端使dNTP可以依次聚合；（5）其他酶和蛋白质因子：DnaA：辨认起始点；DnaB：解螺旋酶，解开DNA双链；DnaC：运送和协同DnaB；DnaG：引物酶，催化RNA引物形成；SSB：单链DNA结合蛋白，稳定已解开的单链；拓扑异构酶（gyrA，B）：理顺DNA链。DNA损伤修复类型：（1）错配修复：在含有错配碱基的DNA分子中，使正常核苷酸序列恢复的修复方式。过程：识别并切除不正确的部分，通过DNA聚合酶和DNA连接酶的作用合成正确配对的双链DNA。（2）直接修复：利用酶简单地逆转DNA损伤。E.coli的直接修复机制之一是光修复系统，光修复系统是通过光修复酶催化完成的，普遍存在于各种生物。可使嘧啶二聚体分解为原来的非聚合状态，DNA恢复正常。（3）切除修复：识别DNA双螺旋变形，是细胞内最重要的修复机制，主要由DNApolI及连接酶执行。其过程包括去除损伤的DNA，填补空隙和连接。（4）重组修复：能修复双链断裂损伤（5）SOS修复：是DNA损伤广泛而诱发的复杂反应。Klenow片段（Klenowfragment）：原核生物DNA-polI经特异的蛋白质酶水解后产生的大片段，具有5’3’核酸外切酶活性和聚合活性。实验室合成DNA及分子生物学研究上，常用Klenow片段代替DNA聚合酶。DNA突变类型：（1）点突变(pointmutation)——错配：转换：嘌呤被嘌呤取代，或嘧啶被嘧啶取代；颠换：嘌呤变嘧啶，或嘧啶变嘌呤（2）缺失(deletion)、插入(insertion)和框移突变（frameshiftmutation）：缺失：一个碱基或一段核苷酸链从DNA大分子上消失；插入：原来没有的一个碱基或一段核苷酸链插入到DNA大分子中间；框移突变是指三联体密码的阅读方式改变，造成蛋白质氨基酸排列顺序发生改变。（3）重排(rearrangment)：DNA分子内发生较大片段的交换RNA的生物合成（名解1）：转录空泡（transcriptionbubble）：RNA聚合酶在合成RNA时，局部的DNA双螺旋解开，由酶-DNA-RNA形成的转录复合物，称为转录空泡。模板链（templatestrand）：DNA双链中按碱基配对规律能指引转录生成RNA的一股单链，称为模板链、编码链（codingstrand）：转录中与模板链互补的DNA链，因其碱基序列、走行方向与转录产物RNA一致，仅T换为U而已，故名为编码链。结构基因（structuralgene）：能转录出RNA的DNA区段，称为结构基因。断裂基因（splitgene）：真核生物结构基因，由若干个编码区和非编码区互相间隔开但又连续镶嵌而成，去除非编码区再连接后，可翻译出由连续氨基酸组成的完整蛋白质，这些基因称为断裂基因。核心酶（coreenzyme）：大肠杆菌的RNA聚合酶全酶由5个亚基组成，α2ββ’（ω）亚基合称核心酶。只能使已开始合成的RNA链延长，但不具有起始合成RNA的能力，必须加入σ基才表现出全部聚合酶活性。Ψ全酶：σ亚基加上核心酶[α2ββ’（ω）亚基]称为全酶。启动子（promoter）：是RNA聚合酶结合的、在转录起始上游的DNA序列。RNA与之结合后（如不受阻遏）即可启动转录。不对称转录：转录以基因的一条链为模板，另一条为编码链（不转录）；染色体DNA的各种基因转录并不都在同一条链上，故称为不对称转录，基因选择性表达。内含子（intron）：真核生物中隔断基因的线性表达，而在剪接过程中被出去的核酸序列。外显子（exon）：在真核生物中断裂基因及其初级转录产物上出现，并表达为成熟RNA的核酸序列。真核转录因子（transcriptionfactors）：RNA聚合酶II启动转录时，需要一些称为转录因子的蛋白质才能形成具有活性的转录复合体。所有的RNA聚合酶II都需要通用转录因子，这些通用转录因子有TFIIA（稳定TFIID-DNA复合物）、TFIIB（促进RNA-polII结合及作为桥梁）、TFIID（结合TATA盒）、TFIIE（ATPase）、TFIIF（解螺旋酶）、TFIIH（蛋白激酶活性），在真核生物进化中高度保守。mRNA的剪接（mRNAsplicing）：去除初级转录产物上的内含子，把外显子连接为成熟的RNA，称为剪接。核酶（ribozyme）：具有催化活性的核糖核酸。羧基末端结构域（carboxyl-terminaldomain，CTD）：RNA聚合酶II最大亚基的羧基末端有一段共有序列为Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser的重复序列片段，称为羧基末端结构域。RNA聚合酶I和RNA聚合酶III没有CTD。所有真核生物的RNA聚合酶II都具有CTD，只是7个氨基酸共有序列的重复程度不同。转录起始前复合物（pre-initiationcomplex，PIC）：具有转录活性的闭合复合体形成过程中，先由TATA-结合蛋白（TBP）结合TATA盒，然后TFIIB与TBP、DNA结合，TFIIA可以稳定此复合物。TFIIB-TFP复合体再与由RNA聚合酶II和TFIIF组成的复合体结合，最后TFIIE和TFIIH加入，形成闭合复合体，装配完成，此为转录起始前复合物。剪接体（spliceosome）：大的蛋白质-RNA复合体，它催化内含子从mRNA前体中除去的反应。Ρ因子（Rho）：能协助RNA聚合酶识别终止信号，控制转录终止的蛋白质。蛋白质的生物合成（名解1，简答1）：密码子（codon）：在mRNA的开放阅读框架区，以每3个相邻的核苷酸为一组，代表一种氨基酸或其他信息，这种三联体形式的核苷酸序列称为密码子。共有64个密码子，阅读方向是5’到3’。开放阅读框架（openreadingframe，ORF）：从mRNA序列5’端的起始密码子AUG到3’端终止密码子之间的核苷酸序列称为开放阅读框架，通常的ORF包含500个以上的密码子。简并密码子（synonymouscodon）：被同一种氨基酸编码的各密码子称为简并密码子或同义密码子。核蛋白体循环（ribosomalcycle）：在肽链合成的延长阶段，经进位、成肽和转位三个步骤而使氨基酸依次进入核蛋白体并聚合成多肽链的过程。这一过程在核蛋白体上连续循环进行，直至终止阶段，称为核蛋白体循环。每经过一次核蛋白体循环，肽链中增加一个氨基酸残基。广义的核蛋白体循环是指翻译的全过程。多聚核蛋白体（polysome）：由多个核蛋白体结合在一条mRNA链上同时进行多肽链的合成（翻译）所形成的聚合物称为多聚核蛋白体。分子伴侣（molecularchaperon）：分子伴侣是细胞内一类可识别肽链的非天然构象、促进各功能域和整体蛋白质正确折叠的保守蛋白质。信号序列（signalsequence）：所有靶向输送的蛋白质结构中存在分选信号，主要是存在于N-末端的可被细胞转运系统识别的特征性氨基酸序列，可引导蛋白质转移到细胞的适当靶部位，这类序列称为信号序列。氨基酸的活化：氨基酸与特异的tRNA结合形成氨基酰-tRNA的过程称为氨基酸的活化。氨基酰-tRNA（aminoacyl-tRNA）：在氨基酸臂的3’端的腺苷酸残基共价连接了氨基酸的tRNA分子。翻译起始复合物：mRNA和起始氨基酰-tRNA分别于核糖体结合而形成的翻译起始复合物。多顺反子mRNA：原核细胞中，数个结构基因常串联排列而构成一个转录单位，转录生成的mRNA可编码几种功能相关的蛋白质，为多顺反子mRNA，转录后一般不需特别加工。S-D序列（Shine-Dalgarno序列）：核糖体结合位点（ribosomalbindingsite，RBS），各种mRNA起始AUG上游约8~13个核苷酸部位，存在一段由4~9个核苷酸组成的一致序列，富含嘌呤碱基，如-AGGAGG-。单顺反子mRNA：真核细胞的一个mRNA分子只编码一种蛋白质，转录后需加工、成熟才能成为翻译的模板。遗传密码特征：（1）方向性：5’到3’；（2）连续性：密码子间无标点，既无间隔又不重叠；（3）简并性：除色氨酸和蛋氨酸只有一个密码子外，其余氨基酸都有2至6个密码子为其编码；（4）通用性：不同生物共用一套密码，从病毒、原核生物到人类几乎都使用相同的遗传密码；（5）摆动性：密码子的第三位碱基与反密码子的第一位碱基的配对不严格遵循碱基互补原则。参与蛋白质生物合成体系的组分有哪些？它们具有什么功能？（1）