拟南芥突变体购买流程-完全图解

最近要购买一批拟南芥突变体，想请教有经验的虫友购买拟南芥突变体的具体流程，例如我需要一个APETALA1的突变体，应到哪个网站进行搜索，怎样进行选择订购，越具体越好，有截图就更好了，谢谢大家了！Step1.打开NCBI主页：打开的页面如下：如下得到如下页面：进一步获得该基因在NCBI里面的基因信息，到此我为什么要做这一步呢，主要是想获得该gene在拟南芥中的系统名，见下图：记住这个名称：AT1G69120这个就是APETALA1（AP1）基因接下来开始查找APETALA1(AT1G69120)的突变体，拟南芥突变体库世界上有很多，公开的没有公开私用的都有，突变的方法也不尽相同，有DS的，T-DNA插入的，Tos17，EMS方法突变的等等。。。。。。但是，我们通常用美国SALK研究所的突变体库，这个突变体库比较权威，从这里可以找到几乎现有的所有拟南芥突变体，包括T-DNA插入,RIKENFST等等各种不同的突变类型，而且有详细的突变位点介绍和购买方法它的搜索界面一目了然,使用也很方便。下面介绍SALK突变体库的使用方法：Step2：打开SALK主页：点击T-DNAExpress进入(红圈处点击)，如下显示：显示如下，所有信息全在如下窗口中从上述窗口中可以获得很多不同group制得的突变体，有SALKT-DNA，CSHLFST(冷泉港实验室的)等等，我个人建议使用SALK的突变体，订购比较方便，听同学说好像一百美元一个，上图中，蓝色下划线的那两个，以SALK_冠名的那个，两个显示的是不同的插入位置，和T-DNA插入方向(看在图中的位置和箭头方向)点击其中一个进入信息页，比如点击SALK_056708，得到如下页面：我们主要是从ABRC订购，点击进入页面，填写要求的相关信息，万事大吉。祝实验顺利！T-DNAPrimerDesign(PoweredbyGEBD)PleaseusethebackuppageservedbyAtTA,ifthetdnaexpressserverisdown.ThenewT-DNAPrimerDesignToolisnowpoweredbyGenomeExpressBrowserServer(GEBD).Thenewtoolcanreturntheprimersfaster,andalsogivetheinsertionlocationinformation,theestimatedT-DNAconfirmationproductsize,aswellasprimer3-likeformatoutput.(July28,2005)ImportantChange:NowtheRPisalwaysonthesideoftheflankingsequence,thatis,RPisalwaysonthe3'endoftheinsertion.Therefore,thePCRreactionshouldalwaysbesetupasLB+RPforHMandLP+RPforWT.(Feb.04,2005)1.ProtocolforSALKT-DNAprimerdesignNote:N-Differenceoftheactualinsertionsiteandtheflankingsequenceposition,usually0-300basesMaxN-Maximumdifferenceoftheactualinsertionsiteandthesequence,default300bpspZone-Regionsusedtopickupprimers,default100bpsExt5,Ext3-RegionsbetweentheMaxNtopZone,reservednotforpickingupprimersLP,RP-Left,RightgenomicprimerBP-T-DNAborderprimerLB-theleftT-DNAborderprimerBPos-ThedistancefromBPtotheinsertionsiteLB-LeftborderprimeroftheT-DNAinsertion:LBb1ofpBIN-pROK2forSALKlinesGCGTGGACCGCTTGCTGCAACTLBb1.3(NewlyusedbySalkGenotypingProjectandwithbetterresults)ATTTTGCCGATTTCGGAACLBa1ofpBIN-pROK2forSALKlinesTGGTTCACGTAGTGGGCCATCGLB_6313RforSALKlinesTCAAACAGGATTTTCGCCTGCTLB1forSAILlinesC/418-451ofpCSA110-pDAP101_T-DNAsGCCTTTTCAGAAATGGATAAATAGCCTTGCTTCCLB2forSAILlinesC/390-423ofpCSA110-pDAP101_T-DNAsGCTTCCTATTATATCTTCCCAAATTACCAATACALB3forSAILlinesC/350-383ofpCSA110-pDAP101_T-DNAsTAGCATCTGAATTTCATAACCAATCTCGATACACTodownloadSAILpCSA110&pDAP101T-DNAs.Byusingthethreeprimers(LBb1.3+LP+RP)forSALKlines,usersforWT(WildType-noinsertion)shouldgetaproductofabout900-1100bps(fromLPtoRP),forHM(Homozygouslines-insertionsinbothchromosomes)willgetabandof410+Nbps(fromRPtoinsertionsite300+Nbases,plus110basesfromLBb1.3totheleftborderofthevector),andforHZ(Heterozygouslines-oneofthepairchromosomeswithinsertion)willgetbothbands.Theproductsizeshouldbe200baselargerifusingLBa1insteadofLBb1.3.However,theprotocolrequiresthesameorsimiliarTMvaluesforalltheLB,LPandRPprimers.Youcansetuptwopairedreactions,LP+RPandLB+RP.YoushouldgetaproductintheLP+RPreactionforWTorHZlinesorgetblankforHMlines,whilegetabandintheLB+RPforHMorHZlines.