多序列比对结果美化作图

--生物技术研究中心晁江涛多序列比对结果美化作图生物信息培训系列之一、常用着色工具二、作图效果展示目录三、Texshade工具四、输入数据格式五、常用参数设置一、常用着色工具SeqLogo/WebLogo，自动分配颜色GeneDoc，手动分配颜色Boxshade，仅黑白模式Esprint,Texshade，黑白模式/彩色模式其中texshade最为灵活，也是最不容易入门上手的注意事项：每种多序列比对软件，做出的结果都可能不同，影响因素有软件版本、参数、使用的模型等一、常用着色工具二、作图效果展示目录三、Texshade工具四、输入数据格式五、常用参数设置二、作图效果展示WebLogosBoxshadeGeneDOCWebLogo效果(90..120)ImageFormat:GIF/PNG/PS/PDFLogoSize://效果特点：只支持黑白效果，可选参数少，操作简单Outputformat/fontsize/consensusline/inputformatGeneDoc效果显示模式有：Conserved/Quantified/Properties/Physiochemical/Identities/SummaryviewConservedQuantifiedPropertiesPhysiochemicalResiduedifferencesIdentitiesSummaryView一、常用着色工具二、作图效果展示目录三、Texshade工具四、输入数据格式五、常用参数设置三、Texshade工具3.1texshade环境搭建3.2作图效果与代码展示3.1Texshade环境搭建准备工作（安装顺序如下，变化容易出问题）1.CTeX_2.9.2.164.exeLaTex工具中文版2.texmaker4.4.1LaTex编辑器3.texshade.zip为核苷酸/蛋白多序列比对着色Ctex的安装CTeX共有5个组件MiKTeX,CTeX宏包管理工具CTeXAddons，这里用不到Ghostscript,产生图形文件的工具Gsview,查看图形文件的工具WinEdt,tex文件编辑器，收费的这里不安装。其余步骤默认安装即可，我默认安装在C盘。texmaker的安装全部默认安装即可，只有点击“选项”-“配置Texmaker”红色框中的内容，需要依据Ctex的安装路径进行修改蓝色框中的路径，是查看PDF工具做在目录texshade的编译及安装cmd.Exe的路径为c:\windows\system32\cmd.exe在桌面建立cmd的快捷方式，将它复制到texshade目录Texshade宏测试打开texmaker软件，新建test.tex文件代码如下：\documentclass[12pt]{article}\usepackage{texshade}\begin{document}\begin{texshade}{D:/texshade/AQPpro.MSF}\end{texshade}\end{document}点击如果不出错，可以出现一个PDF文件，就说明texshade配置正确。3.2作图效果与代码展示3.2.1Shadingmodes3.2.2Bargraphs3.2.3Secondarystructures3.2.4Sequencefingerprints3.2.5Sequencelogos3.2.6Subfamilylogos3.2.1shadingmodes1.Identicalmode2.Similarmode3.T-coffeemode4.Diversemode5.Functionalmode1.identitymode2.similarmode3.T-coffeemode4.diversemode5.functionalmode①Charge②Hydrophobic③Structure④Chemical⑤Rasmol⑥Standardarea⑦Accessiblearea①chargecharge②hydropathy③structure④chemical⑤rasmol⑥standardarea⑦accessiblearea3.2.2Bargraphs3.2.3Secondarystructure3.2.4Sequencefingerprints3.2.5SequenceLogos3.2.6SubfamilyLogos一、常用着色工具二、作图效果展示目录三、Texshade工具四、输入数据格式五、常用参数设置四、输入数据格式4.1MSF4.2ALN4.3Fasta4.1MSF数据格式4.2ALN数据格式4.3Fasta数据格式一、常用着色工具二、作图效果展示目录三、Texshade工具四、输入数据格式五、常用参数设置五.常用关键参数设置5.1Identicalmode5.2T-coffeemode5.3Diversemode5.4Functionalmode5.5Consensus参数Identialmode的配色方案res.col残基的字体色shad.col残基的背景色case用哪个字符表示style残基展示样式SimilarmodeT-coffeemodeDiversemode可以对每条序列单独设置配色方案FunctionalmodeConsensus参数Consensus参数参考资料图文，大部分来源于texshade英文使用手册Texshade.pdf想更深入的了解某一参数的使用，请参考该手册O(∩_∩)O谢谢大家！