HMMER教程

博耘生物MainmenuSkiptoprimarycontentSkiptosecondarycontent首页生物信息学的阶梯生物信息学的阶梯-初级生物信息学的阶梯-高级生物信息学的阶梯-初中级生物信息学的阶梯-中级生物信息学的阶梯-初高级生物信息的学人才需求关于版权声明留言板hmmer的安装与使用从功能基因研究的角度来讲，相关的搜索，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度，但其应用还远没有blast普及，这里是一篇入门级的介绍文章。hmmer下载与安装对于MacOS/X,Linux,UNIX系统，用源代码编译安装：%wget系统，直接下载二进制压缩包，解压就可以使用，下载地址：包含的程序phmmer：与Blastp类似，使用一个蛋白质序列搜索蛋白质序列库；phmmertutorial/HBBHUMANuniprotsprot.fajackhmmer：与psiBlast类似，蛋白质序列迭代搜索蛋白质序列库；jackhmmertutorial/HBBHUMANuniprotsprot.fahmmbuild：用多重比对序列构建HMM模型；hmmsearch：使用HMM模型搜索序列库；hmmscan：使用序列搜索HMM库；hmmalign：使用HMM为线索，构建多重比对序列；hmmalignglobins4.hmmtutorial/globins45.fahmmconvert：转换HMM格式hmmemit：从HMM模型中，得到一个模式序列；hmmfetch：通过名字或者接受号从HMM库中取回一个HMM模型；hmmpress：格式化HMM数据库，以便于hmmscan搜索使用；hmmstat：显示HMM数据库的统计信息；使用HMM模型搜索序列数据库1.使用hmmbuild构建HMM模型，输入为Stockholm格式或者FASTA格式的多重比对序列文件（如：tutorial/globins4.sto），命令如下：hmmbuildglobins4.hmmtutorial/globins4.stoglobins4.hmm为输出的HMM模型2.使用hmmsearch搜索蛋白质序列数据库，蛋白质序列数据库为FASTA格式，命令如下：hmmsearchglobins4.hmmuniprotsprot.fastaglobins4.outglobins4.out为输出的结果文件，如下：*示例使用官方教程中的示例使用蛋白质序列搜索HMM数据库1.构建HMM数据库，HMM数据库是包含多个HMM模型的文件，可以从Pfam、SMART、TIGRFams下载，也可以自己由多重比对序列集中构建，如：hmmbuildglobins4.hmmtutorial/globins4.stohmmbuildfn3.hmmtutorial/fn3.stohmmbuildPkinase.hmmtutorial/Pkinase.stocatglobins4.hmmfn3.hmmPkinase.hmmminifam2.使用hmmpress格式化数据库，包括压缩以及创建索引，命令如下：hmmpressminifam这个步骤可以很快的执行完成，输出的内容如下：Working…done.Pressedandindexed3HMMs(3namesand2accessions).Modelspressedintobinaryfile:minifam.h3mSSIindexforbinarymodelfile:minifam.h3iProfiles(MSVpart)pressedinto:minifam.h3fProfiles(remainder)pressedinto:minifam.h3p3.使用hmmscan搜索HMM数据库，命令如下：hmmscanminifamtutorial/7LESS_DROME输出如下：后记这里主要是一个入门式的教程，介绍了hmmer的安装，以及最常用功能使用的命令示例。其他程序的使用，以及每个程序的详细参数说明，请参看官方手册，官方文档手册（pdf）：新书推荐»转载文章请注明，转载自：博耘生物»《hmmer的安装与使用》»原文链接：=1753相关文章：RNA-seq差异表达基因分析之TopHat篇CummeRbund的安装与使用（forlinux）存文本文件及其字符编码blast+与blast的差异Thisentrywaspostedin数据分析andtaggedHMM,hmmer,功能基因研究,同源基因预测,结构域,软件安装byboyun.Bookmarkthepermalink.23THOUGHTSON“HMMER的安装与使用”1.boyunon2011年10月25日at18:30said:需要注意的几点：蛋白质序列，基因组数据方面，hmmer操作的对象是蛋白质数据，而不是基因组或者转录组的数据；FASTA格式，就输入序列而言，格式就是FASTA格式；hmm模型格式，多重比对格式Stockholm格式；与blast结果类似的输出结果的解读。Reply↓2.Pingback:构建批量基因结构域鉴定分析平台|博耘生物3.aguion2013年4月20日at19:14said:为什么我在运行./configure后，生成里makefile，但是不能执行make，显示make:commandnotfound，请问怎么回事？Reply↓boyunon2013年4月24日at09:26said:你用的是什么操作系统，是不是make没有安装？输入whichmake，看是否可以找到make命令。Reply↓4.来自中国on2013年7月27日at00:48said:你好。我到现在还是不了解hmmalign是什么意思，有什么意义，和一般的多重序列比对有何不同？它会产生数字，这又是为什么？我同学为了做hmm模型，用hmmbuild把每个序列已知是domain的部分拼接起来，形成新多重序列，然后再用hmmscan，你说可行吗？我觉得不行，因为这些domain并不是连在一起的，测得的新序列肯定有问题。Reply↓boyunon2013年7月27日at22:16said:多重序列比对可以由不同的算法实现，hmmalign是基于hmm模型的多重比对。我不太情况你讲的数字指的什么，我估计你指的的每个位置碱基出现的概率模型结果。将domain进行拼接再hmmscan，我认为是多余的步骤，可能造成负面的影响，不过也许ta有另外的目的，许多时候只能用数据说话。Reply↓5.xndlesson2013年8月14日at11:19said:请问HMMER程序能利用一段基因序列.fa搜索出对应的蛋白序列嘛？怎么处理的～～Reply↓boyunon2013年8月20日at00:29said:不可以，如果想用一段基因序列搜索对于蛋白质可以使用blast。对于相似度高的序列，都可以达到很好的效果。hmmer的出现是因为两条蛋白质相似性很低，但是却有着近似的功能，为什么，是因为其有着相似的特征，而hmm模型就是这个特征的一种表示，所以要把这些相似度低，但是确实是同一家族的蛋白质，进行建模，然后通过模型再去找其他家族的成员。Reply↓cuitaoon2015年6月29日at14:05said:可以,使用phmmer程序Reply↓6.小强on2013年8月19日at22:54said:您好，我目前想搜索Pfam数据库中含有目标结构域的所有基因，并输出，这个需要使用哪个软件，如何实现，若楼主知道，麻烦告知一下。谢谢Reply↓boyunon2013年8月20日at00:22said:pfam就是一个结构域数据库，找到你要的结构域，详细信息就会看到，也可以下载到构建该结构域的所有基因。通常需要做的就是新的物种测序，对于远源蛋白进行预测，下载到指定格式的结构域序列，然后使用hmmer的搜索结构域搜索蛋白质库的命令对库进行搜索。Reply↓7.董楚河on2013年8月21日at13:38said:请问楼主，为什么我下载的windows版，的所有文件都没法运行？我的系统目前还是windowsXP.Reply↓boyunon2013年9月1日at21:35said:你是如何运行的，没有任何输出吗？Reply↓cocaon2013年9月2日at10:53said:windows版下载解压后,没法打开,双击就直接跳掉了,进入不了程序里面说明是这样介绍的,我把两个DLL文件,复制到WINDOWS文件荚是,还是不行,请问怎么回事儿,要安装什么么?谢谢HMMER3.0forWindowsThissuiteofHMMER3.0moduleshasbeencompiledunderCYGWINenvironmentandtestedtorunproperlyunderWindowsXPandWindows7operatingsystems.InordertorunHMMERprograms,oneneedtoplacetwodllfiles,cygwin1.dllandcyggcc_s-1.dllintodirectory,wherethosefilescanbeseenbyWindows,i.e.placeitinwindows/system32folder,orappendthepathtothosefilestoPATHenvironmentvariable.Note,thatwhenyourunHMMERmodulesandindicatefilepathasaparameter,youshouldusepatheitherrelativetotheplace,whereHMMERmoduleslocatedorusenotation/cygdrive/c/mypath/myfileinsteadofc:\mypath\myfile.Otherwise,youwilleverytimegetanannoingwarninglikethisbelow:cygwinwarning:MS-DOSstylepathdetected:c:\temp\filePreferredPOSIXequivalentis:/cygdrive/c/temp/fileCYGWINenvironmentvariableoption“nodosfilewarning”turnsoffthiswarning.Reply↓boyunon2013年9月2日at12:59said:我已经想到了，你犯了一个错误，界面到命令行转变必经之路，不是每个程序双击都有窗口的，因为他没有窗口界面，是一条命令，只能在命令行（dos窗口)调用。在开始-运行，中输入cmd,回车，进入dos窗口，切换磁盘，比如D:，在切换目录到你hmmer的bin目录，比如cdhmmer\bin，输入命令，按照hmmer的手册Reply↓刘雄on2013年10月22日at22:04said:我已经想到了，你犯了一个错误，界面到命令行转变必经之路，不是每个程序双击都有窗口的，因为他没有窗口界面，是一条命令，只能在命令行（dos窗口)调用。