NTI使用手册中文版

第一章安装和执行程序第一章安装和执行程序VectorNTI目前为网络版本，需要连到主机确认用户权力后才能运作。厂商并没有针对授权时间进行限制，因此只要设定好LicenseServer的相关设定即可使用，不需要额外进行申请。但用户IP位置必须位于海洋大学校内，方可与授权服务器联机。请下载下面这个档案进行安装以下将说明如何设定的过程，变更为自服务器取得授权的方式：1.选取开始→程序集→Invitrogen→VectorNTIAdvance10→LicenseManager(图1.1)。图1.1授权设定2.在Applications页面中(图1.2)，点选下面的Dynamic按钮，上面四个字段请填上使用者的姓名，系所单位，电话和电子邮件位置，最下面一栏URLofDLS请入以下字符串：。DLSServerrequiresauthentication目前不需要勾选。教育训练手册图1.2授权设定窗体3.在InternetSettings(图1.3)里面建议选取DirectConnection，这样当IE设定Proxy之后，才不会导致VectorNTI因为IP不在校内而不能联机。图1.3VectorNTI授权网络设定4.设定之后可以点选TestConnection，程序会自动联机测试，如果在右边的联机结果显示ConnectionOK(图1.4)，就表示设定成功；如果显示Connectionerror，则表示联机不成功，如果有开启防火墙/防病毒软件，请关闭或调整设定后再试一次。图1.4VectorNTI授权网络设定，成功右下角会显示ConnectOK第一章安装和执行程序5.设定成功后，在Dynamiclicense的页面记得按下Apply，最后在Applications(图1.5)把所有项目的Demomode改成Dynamiclicense。图1.5授权设定，将所有的Demomode改为Dynamiclicense6.依上述流程开启VectorNTI应该都可以正常用户许可证运作，如果发生联机问题请与本中心的人员联络。联机设定完成后就可以开始执行程序来操作了，首先NTI的文件夹有许多项目可供选择：其中一个为主程序(VectorNTI)，而其他的功能项目是附加在主程序底下，可以各别开启操作，也可以在主程序下面执行(图1.6)。图1.6VectorNTI主程序及附属程序各别开启主程序开启教育训练手册首次进入主程序后系统将提示是否允许将新数据填入VectorNTI数据库中，点选OK。这样DNAmolecules，proteins，enzymes，oligos，andgelmarkers将组成NTI的数据库，并出现下列三个窗口(图1.7)。图1.7左边为文字窗口，右边为图谱窗口，下方为序列窗口图谱窗口文字窗口序列窗口这三个窗口为文字窗口、图谱窗口和序列窗口。文字窗口会将分析结果，作简单的文字叙述，并且可以自动做注记；图谱窗口会将序列以一个卡通图形进行说明，同时具有绘图的功能；序列窗口会将分析结果，标定在序列上面，以序列呈现出来。接下来就是将序列加载程序中，我们可以将实验或是搜寻所获得的序列数据放进程序，本文将以一个针对斑马鱼基因筛选实验所得到的序列作为范例。加载序列最直接的方式是从程序的左上角点选File→Open将序列档案开启，但是注意档案必须为GenBank/GenPept，EMBL/SWISS-PROT或FASTA、ASCII等格式，要在符合格式的情况下才能顺利开启序列。另一种方式是用剪贴的方式将序列贴入程序中，将在第二章介绍。第二章数据库建立和储存序列第二章数据库建立和储存序列在了解主程序的样子之后，接下来必须要先了解NTI的数据是如何储存和读取，并且建立自己的序列数据库。NTI的程序中会有一个内建好的数据库，在同时把存盘的路径预先设定在数据库的位置之中。我们自身主机的数据库叫做LocalDatabase，同时NTI提供了数据库分享的功能，可以透过网络和其他主机交换或分享序列数据。如何建立自己的数据库？首先在主程序下点选数据库，图示(图2.1)：图2.1使用LocalDatabase开启数据库（LocalDatabase）开启为分享和交换数据库的指令。LocalDatabase开启后会看到下面进入数据库后会先看到右手边的窗口有一大堆数据，那是程序事先内建好的序列数据，可以直接点选开启。数据库会因为序列的性质不同而有不同的归类，想要看不同的类别可以在左上角选择。教育及训练手册图2.2建立数据库接下来要建立属于自己的数据库了，以斑马鱼的基因序列为例，第一步在后会在Invitrogenvectors下方出现，会跳DNA/RNAMolecules(图2.2)的项目下点选一个Group1的文件夹，可以自己改名。在新的文件夹项目下再点选出一个窗口(图2.3)：图2.3新建数据库旁边的字段可以输入名称，接着点选DNA/RNAMolecule(图2.4)：第二章数据库建立和储存序列图2.4新的DNA/RNA模块在此项目下可以选择序列的特性，这些项目的选择会影响到主程序的分析和图谱形状，可以依照序列的特性设定。接着再点选SequencesandMaps:图2.5编辑斑马鱼海大基因的序列在此窗口(图2.5)下，我们就将要加载的序列先全选后再按复制，之后在这窗口下点选Paste后就可以贴入序列。教育及训练手册图2.6贴上斑马鱼海大基因序列接着按OK后再按确定(图2.6)，如此便建立好我们的序列数据了。之后要开启此数据时，只要进入LocalDatabase后，在自己建立的文件夹下连续点两下该文件名就可以直接开启。NOTE：上一章提到剪贴方式加载序列的方法和上面相同，只是要从主程序中左上角的File→CreateNewSequence→UsingSequenceEditor(DNA/RNA)orUsingSequenceEditor(Protein)。从这条路径一样可以建立序列资料，但是存盘时会存在内建好的Database中。存档：我们把序列加载主程序后要如何储存？NTI已经默认档案储存路径是指向LocalDatabase，只要按下就可以存盘。除此之外，当我们把程序关闭时，程序也会自动帮我们进行自动储存的动作，可以避免我们忘记储存的疏忽。一般来说档案存在LocalDatabase的文件夹内是很安全，但是为了以防万一，在此强烈建议再存一个备份文件：在File项目下选择Saveas后就可以选择我们想要储存的文件夹位置。欲开启储存的档案只要连续点两下就可以直接打开。第三章接口基本操作第三章接口基本操作本章介绍序列窗口和文字窗口的基本操作指令。现在我们已经将斑马鱼的基因序列加载主程序中，接下来要如何处理文字和序列的编辑呢？汇入序列后将出现如图3.1画面：图3.1一般接口操作指令注意在红色框线的那一排是窗口的一般操作指令，随着光标所在位置的不这三个指令，分别代表着三同，窗口所出现的指令也会不同。先看个不同的窗口，依序是文字、图谱和序列窗口。若要在不同的窗口下进行检视或编辑，可以按这三个按钮或是直接将鼠标点击该窗口。在这三个指令后面的按钮则是该窗口可执行的功能，此图则是位于检视图谱窗口。文字窗口会把我们所执行的分析指令作一个简单的描述整理，以文件夹的型态显示，可以打开文件夹看个别的描述；其他叙述和说明则是在我们上一章所提到，剪贴序列时操作窗口中可以设定的部分。我们在加载序列的时候会看到图谱被程序标上限制酶的切位，若不需此信息可以在文字窗口下按序列窗口的编辑点：点选去除。或者是将鼠标点击序列窗口，所出现的指令有，其中教育训练手册是和office系统一样的文字编辑指令，我们只要将欲编辑的序列用鼠标反白后，点选这些指令就可以修改字型、大小和颜色等文字编辑的功能，以下是将序列背景颜色和文字颜色进行编辑过后的样子(图3.2)，我们可以依个人喜好来掌握文字的编辑。图3.2修改序列背景、字号和颜色图3.2是将其中一段的文字背景改成紫色，另一段的文字颜色改成红色。学会了文字编辑后，接下来我们发现序列的排列似乎不是很美观，想要改变序列的排列方式可以在序列窗口状态下点鼠标右键进入Displaysetup，或是点这时会出现下面指令(图3.3)：图3.3检视工具按钮点选Sequencesetup项目后会出现：第三章接口基本操作图3.4序列检视工具我们可以在这个序列检视工具(图3.4)之下设定各种的排列方式，底下的序列窗口为一个预览窗口，会依我们的设定而变动，将设定调整好后按OK就可以了，如此一来就可以有一个整齐美观的序列呈现在我们面前。这些序列排列的设定可以在Displaysetup的窗口内点选Savesettingsas储存，之后只要开启主程序就会依照我们的设定来排列(图3.5)。图3.5编排斑马鱼海大基因序列，让画面更加清晰指令：的指令可以用来显示序列的互补股，主程序会自动帮我们执行此功能，如果不想让序列显示互补股，只要单击该按钮就可以将此功能解除，序列就只会显示单股序列。指令：这个指令可以直接将基因序列转译成胺基酸序列，转译出的胺基教育训练手册酸序列会显示在基因序列上方(图3.6)；指令可以将胺基酸的序列反转录回基因序列（序列必须为氨基酸），我们想要看基因转译的氨基酸序列时，只要用鼠标选取欲分析的片段后再按下击析：图3.6蓝色区块上方为斑马鱼海大基因序列进行转译后的结果就可以了，若要消除转译分析的结果，可以单按钮就可以消除，下面的例子是选取一段斑马鱼的基因序列进行转录分在序列编辑好以后，如何将编辑好的序列输出呢？我们只要点选或是开启鼠标右键点选Camera后会出现一个窗口(图3.7)：第三章接口基本操作图3.7用Camera，来储存序列我们可以选择复制完整或部分的序列片段，若点选file可以直接将序列转存为文本文件；若是点选Clipboard我们就可以复制序列到其他的档案下面，例如Word、PowerPoint等文件，选择好格式后点选Copy，之后，在其他的程序中按贴上就可以输出序列了，以下是输出至Word档的例子(图3.8)：图3.8将序列复制到Word中NOTE：由于NTI的序列文字格式和Word的默认字形格式不同，所以贴到Word后会有序列不整齐的现象。这时候可以将Word的字型和格式进行修改就可以修正。