液体活检专家共识

液体活检的专家共识军事医学科学院附属医院秦海峰Content基因变异类别及分析技术需求液态活检的应用耐药机制的精准分析精准诊断----分子分型Content基因变异类别及分析技术需求液态活检的应用耐药机制的精准分析精准诊断----分子分型原癌基因(proto-oncogene)癌基因活化(oncogene)基因变异类别抑癌基因(tumorsuppressorgene,TSG)功能缺失活化失活基因突变扩增或缺失易位融合表观遗传修饰…其他基因Modifyinggene调节功能异常表达异常分子标志物种类及其对应的检测方法•Bio-specimen&variation•DNA：•mutation,translocation,CNV,MSI•Deletion•RNA:•Singlegeneexpression•Geneexpressionprofile•Protein•Singleprotein•Proteinprofiling•Epigenetic:•Methylationpattern…•Technology•DNA•Sequencing,RT-PCR•qPCR,aCGH•FISH,CISH•RNA•qRT-PCR•Microarraytechniques•TaqMan®geneexpressionarray•Protein•IHC,ELISA,massspectrometry•Epigenetic•MS-PCR,bisulphate-PCR-sequencing•MethylationmicorarrayNGS目前NGS检测变异类型：SNV,Indels,Rearrangement/fusion,CNV及少数表观变异《二代测序（NGS）技术应用于临床肿瘤精准医学诊断的共识》（第一版2016.04.23）中国肿瘤驱动基因分析联盟（CAGC）中国临床肿瘤学会（CSCO）国内共识推荐NGS用于临床检测“首先我们非常清楚液体活检和NGS的哪些部分可以应用到临床，如小的PANEL可用于现在市场上CFDA已经批准的药物的检测，这些可以应用到临床”。——2016年3月5日第十三届中国肺癌高峰论坛吴一龙共识：……检测已知的、多个平行临床可药物抑制的靶点，液体活检技术推荐NGS方法共识：用于发现未知基因，探索疗效监测、预后判断和发现耐药机制等，液体活检技术建议使用NGS方法。——2016年3月5日第十三届中国肺癌高峰论坛共识中包括的9个内容、36项声明共识NGS在肿瘤临床诊断中的质量要求NGS在肿瘤临床应用中的检测内容NGS在应用中的样本要求NGS测序技术及流程NGS数据的产生、管理及分析NGS结果分析报告及查询NGS在肿瘤临床应用中的知情同意书临床诊断与研究的区别CAGCPOI项目NGS测试（Test）的监督管理Content基因变异类别及分析技术需求液态活检的应用耐药机制的精准分析精准诊断----分子分型西方：2013ASCONRAS1%KRAS25%未检测到突变36%ERFR(敏感)17%MEK11%MET1%PIK3CA1%BRAF2%ALK8%EGFR(other)4%Mutationin1gone3%HER23%2%东方：370例中国肺腺癌BRAFM+2%PI3KM+4%C-METAmp5$PTENM+6%EML4-ALK7%KRAS7%EGFRM+40%未知29%肺癌中已发现的驱动基因及频率关注denovoUnkown！！！关注耐药后的变异！！!肺癌中已发现的驱动基因及频率原发灶和转移灶的基因突变异质性（空间分布差异性）同一瘤灶内基因突变异质性治疗前后基因突变异质性——时间分布差异性肺癌瘤内异质性实例•肿瘤细胞之间存在较强的分子异质性CancerGenomeLandscapes.Science(NewYork,NY).2013;339(6127):1546-1558.Content基因变异类别及分析技术需求液态活检的应用耐药机制的精准分析精准诊断----分子分型ASingleDominantMechanismofAcquiredResistancetoRociletinibisnotReadilyIdentifiablePresentedByLeciaSequistat2015ASCOAnnualMeeting耐药机制的精准分析•15AZD9291treatedpts•6casesofC797Smutations(40%)Oxnard,etal.Natmed,2015耐药机制的精准分析耐药机制的精准分析•AcquiredresistancetoRociletinib12Ptswith13T790M+samples:•7samplesretainedT790M(3EGFRamp);•6sampleslossofT790M(2conversiontoSCLC)2015ASCO,20cases:•FGFR3mut;•METamp•…•AcquiredresistancetoAZD929115plasmaDNAsamplesfrom15pts•6/15C797S+E19del+T790M•5/15E19del+T790M•4/15E19delHER2ampBRAFmutNRASmutMETamp…EGFR-independentPresentedByChristineLovlyat2015ASCOAnnualMeeting耐药机制的精准分析CirculatingtumourDNAprofilingrevealsheterogeneityofEGFRinhibitorresistancemechanismsinlungcancerpatientsPresentedByJacobJ.Chabonat2016ASCOAnnualMeetingALKTKIresistanceCamidgeDR;DoebeleRC;TreatingALK-positivelungcancer-earlysuccessesandfuturechallenges.NatRevClinOncol.2012V9N5:268-77耐药机制的精准分析耐药机制的精准分析EGFRmutT790MC797SL798IOxnard,etal.Natmed,2015;ASCO2015;Lin,NatGenet,2015;AliceShaw,NEJM2015TKIALKfusionALKC1156YALKL1198F+C1156YBypassBypassBypassBypassTKITKITKITKITKI耐药机制的精准分析Content基因变异类别及分析技术需求液态活检的应用耐药机制的精准分析精准诊断----分子分型7540Liquidbiopsy:bloodsamplingfortestingsasdoneinbiopsiedtissuesamplesCirculatingmarkers:•DNA•Circulatingtumorcells(CTCs)•Exosome•Proteins•RNA•Platelets•Immunecells(TCRrepertoire)•……LiquidBiopsyandCirculatingBiomarkersAMNewman,etal.NatMed,2014CAPP_Seq:targets521exonsand13intronsfrom139recurrentlymutatedgenes,intotalcovering~125kb(0.004%ofthehumangenome)17NSCLCpts5000XcoveragectDNA超敏感深部测序：发现临床药物靶点约3/4ALK融合为经典的EML4-ALK融合，但有1/4为与其他基因的融合，包括：•STRN-ALK•CATSPERB-ALK•ACVR1-ALK•CLIP1-ALK•DPH6-AS1-ALK•KIF5B-ALK•RP11-320M2.1-ALK•UGP2-ALK燃石血检：10000XcoveragectDNA超敏感深部测序：发现临床药物靶点BurningRockDx内部数据请勿拍照AaronMNewmanetal.NatMed.2014突变谱动态变化反映实时肿瘤负荷大小基于NGS的ctDNA动态监测可实现定性与定量有机结合，准确反映肿瘤时空异质性液体活检带来的动态监控Zofia,etal.JournalofThoracic,March2016液体活检带来的动态监控L858R+T790ML858R全脑放疗+6周期的卡铂+培美+贝伐+厄洛替尼厄洛替尼联合治疗NivoAZD9291biopsytimelineL858R36912female,aged60lungadenocarcinomawithbonemetastases4.26.36.307.278.17T790M出现ALK融合消失C797S出现1stgenEGFR-TKI+3rdgenEGFR-TKILiverPD1stgenALK-TKI+3rdgenEGFR-TKI2stgenALK-TKI+3rdgenEGFR-TKIPRLiverPDLiverPR,OtherPDTP53EGFR19delALKfusionEGFRT790M液体活检带来的动态监控结合随访，动态监测，新方向，国际最前沿COMPASS（ctDNAOminibusMutationsPredictiveAssociation）是燃石医学使用其朗清NGS产品检测晚期NSCLC病人ctDNA从而进行疾病随访以及支持治疗决策的一个诊断行动。•燃石医学血液检测产品的敏感性/特异性在前处理合适的情况下已达到国际领先水平是COMPASS行动开展的技术基础液体活检带来的动态监控晚期NSCLC驱动基因异常临床随访信息ⅢB和IV期的NSCLC初治复治均可鳞癌，腺癌均可身体状况和器官功能允许开展下一步抗肿瘤全身治疗尤其是靶向治疗已知具有至少一个明确的异常驱动基因患者配合临床随访以及必要的治疗可以提供研究所需要收集的临床资料液体活检带来的动态监控目标人群具有下列至少一个明确的基因异常EGFR：18-21号外显子COSMIC或TCGA收录的所有突变ALK：19内含子发生的任何重排融合ROS1：31-34号内含子发生的任何重排融合RET：11号内含子发生的任何重排融合MET：14号外显子可变剪切突变KRAS：2-4号外显子COSMIC或TCGA收录的所有突变PIK3CA：10号与21号外显子COSMIC或TCGA收录的所有突变ERBB2：20号外显子框内插入突变BRAF：15号外显子COSMIC或TCGA收录的所有突变CTNNB1：3号外显子COSMIC或TCGA收录的所有突变液体活检带来的动态监控Thanksforyourattention