m6A甲基化的整体研究思路：m6A课题如何设计——m6A专题

m6A甲基化整体研究思路：m6A课题如何设计|m6A专题关于m6A甲基化的研究，目前有多种思路可供选择。无论是前期开展预实验还是申请基金，可以从如下图1中的研究流程图展开。当然根据研究方法或研究思路可以与本文所述内容有所不同，针对所提的研究方法可以根据自身实验设计进行延伸和拓展。图1m6A甲基化研究思路流程图思路1老数据二次挖掘第一步：先从原有的表达谱芯片数据或转录组数据中，挖掘到差异表达的甲基化酶；第二步：对挖掘到的甲基化酶如METTL3或FTO等进行qPCR验证，并进行m6A-seq分析哪些基因甲基化水平发生改变；第三步：在细胞（动物模型可选）中对这些酶进行敲低和过表达，进行常规的qPCR和WB检测相关酶表达情况，并用LC-MS/MS法检测RNA整体m6A水平；第四步：继续对这些敲低和过表达的细胞进行转录组测序/小RNA测序或表达谱芯片/小RNA芯片，分析哪些基因出现差异表达变化和可变剪切变化；第五步：找到甲基化酶调控的靶基因，进行敲低和过表达，看甲基化酶缺陷的细胞或动物模型表型能否补救；第六步：在确定上一步靶基因确实受到甲基化酶调控后，对靶基因上的motif进行点突变后进行验证；第七步：鉴定新型的甲基化酶（可选）。思路2研究甲基化修饰差异基因第一步：直接进行m6A-seq和转录组测序，找到时间顺序或差异表达的基因并用qPCR、WB等方法验证，此外找到m6A有差异的基因；第二步：对甲基化酶进行敲低和过表达，检测RNA整体的m6A水平，之后可进行转录组或小RNA测序等方法检验甲基化酶敲低和过表达对mRNA或miRNA整体的影响，并着重研究第一步中感兴趣的m6A有差异的靶基因；第三步：对靶基因进行敲低或过表达，是否能够对甲基化酶异常表达后的表型进行恢复；第四步：对靶基因上motif进行点突变后进一步确认直接受到甲基化酶调控；第五步：鉴定新型的甲基化酶（可选）。