RocheLightCycler480

演讲人：杜帅2018-XX-XXLightCycler480II软件操作基本界面及图标软件操作目录Contents1基本界面及图标Overview界面NewExperiment界面Navigator界面PART一、Overview界面Exit：关闭LC480软件Logoff：从目前使用的数据库中退出并可登陆其他的数据库Overview：点击该图标进入“Overview”界面Navigator：点击该图标进入“Navigator”界面，可进行数据的导入导出等操作Save：点击该图标进行保存Export：导出当前打开的文件Close：关闭当前打开的文件Print：打印当前打开的窗口Tools：打开“Tools”界面，可进行密码修改，建立和编辑用户，系统设置，查看数据库状态、仪器状态、滤光片组合等操作Help：查看软件版本，操作说明书等二、NewExperiment界面RunModule：编辑、运行或查看PCR程序及查看PCR实时数据SubsetEditor：点击该模块后可进行子集的编辑SampleEditor：点击后进行样品信息的编辑AnalysisModule:点击进行结果分析或查看已保存的分析结果ReportModule：选择需要的内容以报告的形式给出结果SummaryModule:查看实验的总体概况，包括实验名称，所用的程序，检测模式，滤光片组合等。概况的内容由系统自动生成三、Navigator界面Import：导入一个文件Export：导出一个文件BatchImport：导入一批数据BatchExport：导出一批数据New：新建一个实验或文件夹NewFolder：新建一个文件夹Open：打开一个文件Rename：重命名Delete：删除选中的目标Copy：拷贝选中的目标Note：所有上述图标在深蓝色时为激活状态，灰色时为灭活状态也就是不可用状态。各图标的功能在不同状态下以颜色来区分是否具备。2软件操作打开软件仪器自检PART建立实验程序用户管理运行实验报告生成单点定标样本设置数据导出与导入数据分析相对定量实验设计和分析一．打开软件打开电脑，Windows操作系统的用户名为LCservice，密码为LCservice（区分大小写），电脑操作系统启动完毕，检查电脑右下角是否有图标。如果没有，点击桌面“Exor4forXDMS_R”快捷方式文件。然后右键点击图标，左键点击“Show”一栏，如最后一句话显示“Exor4serverisrunning”表示数据库加载成功。如果显示“Exor4failedtostart”则表示数据库没有加载上，关闭该窗口，右键点击图标，选“Shutdown”一栏，退出数据库，重新点击桌面“Exor4forXDMS_T”文件，加载数据库。然后点击桌面“LightCycler480IISoftware”快捷方式文件，运行该软件。输入用户名和密码。用户名默认为admin（管理者权限），密码为PCR123（区分大小写），如用户已经建立新用户名，则可以按照新用户名登录。二．用户管理为了实验结果的有效管理，可以建立不同级别的用户。如:标准用户（StandardUser）、专业用户（ExpertUser）、管理者（LocalAdministrator）。一般实验室建议建立专业用户（ExpertUser）用户名，然后以该用户名登录软件进行实验操作。建立新用户操作：打开LightCycler480操作软件，点击右侧按钮打开“Tools”工具栏，选择“UserAccess/UsersandGroups”选项。在右边窗口中点击“NewUser”键，在右边“Entertheuser’sfullname”一栏中填写用户的全名，在“”Enterthenametheuserwantstologinas”一栏填写用户登录名，在“Entertheuser’spassword”一栏中输入密码（密码须含有6个以上字母，1个以上数字，其中有至少一个字母大写），在“Confirmthepassword”一栏中重新输入一次密码，加以确认，在“Selecttheuser’srole”一栏中选择用户级别，然后点击右下方“Close”按钮加以确认。在“Tools”工具栏中的“SystemSettings”界面中可以设置各用户级的权限，以及密码的时效。三．仪器自检每次开机时，仪器会自动进行初始化自检程序。自检通过，仪器左侧指示灯变绿。如放置了样本，仪器右侧指示灯变绿。在自检时，不能放置反应板，否则自检无法通过。左警示灯右警示灯机器状态橘（闪烁）橘（闪烁）正在初始化（约三分半钟）绿橘自检完成尚未放入反应板绿橘（闪烁）反应板正在放入绿绿机器自检完成且已经放入反应板或者机器运行完毕还未拿出反应板绿（闪烁）绿（闪烁）实验进行中四．建立实验程序打开LightCycler480II操作软件，成功登录后点击按钮，进入NewExperiment/RunProtocol程序设置界面。在“DetectionFormat”一栏中选择所使用的荧光检测技术，可选择各类探针和染料，如常见的SYBRGreenI染料、MonoColorHydrolysisProbe单色TaqMan水解探针、MultiColorHydrolysisProbe多色TaqMan水解探针。在进行多色荧光PCR实验时，须点击按钮选择用户所采用的荧光检测通道，点击“√”确认。在一栏中填写反应体积。在“Programs”界面中设置实验程序：在“ProgramName”下方命名程序，“Cycles”一栏内填写该程序的循环数，在“AnalysisMode”一栏选择该程序的分析模式。定量分析选择“Quantification”，溶解曲线分析选择“MeltingCurves”，颜色补偿实验选择“ColorCompensation”。而后在“TemperatureTargets”界面内设置所指定程序的内容，在“Target(℃)”处填写目标温度，“AcquisitionMode”处选择信号采集方式，“Hold”一栏填写该温度所持续的时间，“RampRate(℃/s)”处填写升降温速率（注：如目标温度为50℃以下时，为了减少硬件的损耗，必须将降温速率调至1.5℃/s以下）。如一个程序有多个步骤，则在TemperatureTargets界面的左侧处点击，增加步骤；也可点击上下箭头调整各步骤的先后顺序。如一个实验中有多个程序，也可在“Programs”界面左侧点击，增加程序，也可点击上下箭头调整各程序的先后顺序。实验程度设置完成后，在下方“Overview”界面内会自动生成温度随时间变化的温控曲线，以及估计的运行时间，绿色点表示采集荧光信号的温度和时间点。可以依照该图检查一下程度设置是否正确。设置好的实验程序可以保存成模板文件，下次使用同样的实验程序时可以调用。具体操作如下：点击按钮右侧的下拉箭头，选中“SaveAsTemplate”选项，系统默认将实验程序模板文件保存在所登录的用户名下“Templates”目录中，用户可将其存放在其下的子目录“RunTemplates”下，填写该程序模板文件的名称，点击“√”按钮即完成保存。调用模板程序时可点击“ApplyTemplate”按钮，从目录树中选定所要调用的模板，点击“√”按钮确认。五．样本设置样本亚组编辑LightCycler480II软件拥有一个独特的样本编辑管理功能——亚组编辑（SubsetEditor），即将反应板上所有的样本根据用户需要分成亚组，对亚组进行独立地分析定量。具体操作如下：在“NewExperiment”界面中，点击左侧按钮，进入Subset设置界面，点击按钮新建亚组，并给其命名。点击按钮可复制所选定的亚组，点击按钮可更改所选定亚组的名称，点击“Delete”按钮可删除所选定的亚组。设置亚组：在Subsets界面中选定要设置的亚组名，在右边反应板孔位处选定该亚组所包含的孔位，使所选定的孔位中都出现深兰色凹陷的，点击下方按钮加以确认。样本属性编辑点击NewExperiment界面左侧按钮设置样本信息。在“Workflow”一栏在选择实验方案：AbsQuant：绝对定量或定性分析；RelQuant：相对定量；Scanning：基因扫描；ColorComp：颜色补偿；Tm：熔解温度检测；MeltGeno：熔解曲线法基因分型；EndptGeno：终点法基因分型。在SelectSamples/Subset选项中选定待编辑的样本亚组：在界面右方编辑各样本的名称属性等：Pos：样本在96孔板上的座标位置；ReplOf：重复样本设置；SampleName：样本名称；QuantificationSampleType：定量样本类型；Concentration：浓度；TargetName：检测类型。在进行绝对定量检测实验时，参与实验的样本有标准品（一般4至5个）、阴性对照、阳性对照、未知样本。各样本的名称可参考以上“SampleName”中的命名习惯（STD表示标准品、NC表示阴性对照、Positive表示阳性对照、Sample表示待检测的未知样本），也可以自行编辑。在“QuantificationSampleType”一栏内需要对各样本的类型进行明确地编辑（标准品选Standard类型、阴性对照选NegativeControl类型、阳性对照选PositiveControl类型、未知样本选Unknown类型），此外标准品系已知浓度的阳性样本，其设定为Standard类型后还需在Concentration一栏中对各标准品分别设定其相应的浓度，以及在AbsQuant/Units填写框中填写相应的浓度单位，如copies、pg等。在TargetName一栏中可以填写该检测实验所要检测的指标，如乙肝病毒、丙肝病毒等。如在实验中需要设置重复样本的，可在ReplOf一栏中填写该样本其所重复的样本的座标号（注意，只能填写座标号，不能填写样本名）。如进行的是多色荧光PCR检测实验，则在SelectFilterCombinations一栏中选定各检测通道，分别进行样本编辑。六．运行实验实验程序和样本均设置完毕后，即可运行实验，具体操作：进入“NewExperiment”界面，点击左侧按钮，如反应板已经放入仪器，仪器主机正面右侧的LED灯会由桔黄色变为绿色，软件界面右下边的这时点击“StartRun”按钮，软件界面跳出一对话框提示用户给该实验文件命名，以保存实验结果。一般建设用户以时间命名，以方便日后查找实验结果，如20180816HBV-01，20180817XB-02等。命名后点击确认键，仪器就开始运行了，在运行过程中可观察到温度和荧光信号的变化曲线。如进行多重荧光PCR实验，可在荧光历史“FluorescenceHistory”界面内上的下拉菜单中切换不同的检测通道，以分别观察其扩增情况。在实验运行过程中，用户可以根据需要，点击“＋10Cycles”按钮增加正在运行的程序10个循环，也可以点击“EndProgram”按钮终止正在运行的子程序，直接进入下一个子程序。七．数据分析（定性和定量）实验运行完毕后，点击界面左侧的按钮分析数据。或者打开LightCycler480II软件，成功登录后点击右侧图标，进入Navigator导航界面，在目录树内选定之前已完成的实验文件，点击下方“Open”按钮，或双击文件名打开实验文件，点击左侧按钮，进入分析界面。在“Createnewanalysis”窗口内显示了可使用的分析方法，在“Openexistinganalysis”窗口内显示已经进行分析的结果内容。要进行定性和定量分析可以选择AbsQuant分析功能，其有两种分析模式，2ndDerivativeMax二阶最大求导法和FitPoints点拟合法。选定分析功能类型后会跳出对话框，用户可以自行选择分析类型、选择要分析的亚组（Subset），以及命名分析结果（Name）。点击“√”按钮确认.在Analysis界面中选择AbsQuant／2ndDerivative