如何阅读高斯的计算输出文件

如何阅读高斯的计算输出文件高斯输出文件的关键是看Link,每个Link对应不同的部分,以单点计算为例:单点计算的流程(见附件)输入行在#后加入P,不然的话就只会显示Link1和0,输出文件一般很长。对于单点计算，只有300多行。第一部分：基本运行信息输入输出文件名，初始命令进入Link1，显示进程号首先是版权说明,然后是作者,利用guassian计算所发的文章，参考文献上必须列的进入Link101读入输入文件，将控制命令转化为程序能够看得懂的IOP占位段的选项和应用设置LeaveLink101进入Link202：判断体系对称性，并决定实际计算中对称性应该如何利用判断体系点群例如StoichiometryCH2OFrameworkgroupC2V[C2(CO),SGV(H2)]Deg.offreedom3FullpointgroupC2VNOp4LargestAbeliansubgroupC2VNOp4LargestconciseAbeliansubgroupC2NOp2再将输入的分子坐标转换为标准内坐标,就是Standardorientation:这是程序默认，充分利用分子的对称性来达到方便计算的目的。就是将体系的质量中心放在坐标轴的主轴或者原点上。可以用nosym来禁止这个操作LeaveLink202进入Link301产生基组信息基组函数对称性计算出核排斥能LeaveLink301进入Link302，303,这部分是计算积分的具体算法,一般不会列出详细过程,一句话带过leaveLink302,303进入Link401在实际计算之前，必须有初始猜测，这部分的功能就是产生初始猜测，可以从chk文件读入，也可以程序自动产生。这部分可以用guess关键字来指定。我这个体系,程序默认是:ProjectedINDOGuess(请仔细看手册,不同的体系Guess是不一样的)LeaveLink401进入Link502（主角登场！）自恰迭代求解SCF方程设定收敛标准：除了对包含比Ar重的原子的分子全电子（非ECP）计算外，积分只计算到10-6的精度。SCF计算的能量和电子密度都收敛到10-4，或只有能量收敛到10-5为止，无论哪一个先达到。给出每一步迭代的信息（？）(这只有在程序输入中加入#p才会显示)如果成功计算完毕SCFDone,接下来就是打印计算出来的能量,自旋,维力值和收敛判据了.LeaveLink502(一般计算经常会在这一步挂掉,哈哈)如果你的单点计算只写了这些,输出结束,如果你加入了population的内容,那么,基于scf计算的结果,布局分析开始进入Link601Link601利用优化后的波函数，进行Mullikenpopulation,得到轨道对称性电子态各个轨道的本征值然后是一些电荷,自旋密度的分析leavLink601最后是整个计算结果的一个总结,各小节之间用\分开单点计算看明白之后看几何优化的就比较清楚了优化计算的第一步必须和以后各步骤分开处理，因为有几个操作只需做一次。例如读入最初的Z-矩阵和产生初始分子轨道。必需有一个对分子几何构型做优化计算的循环，用优化程序（本例中使用Berny优化模块L103）决定是否需要做另一个优化，以及是否获得了最优的分子结构。如果分子结构收敛，则程序计算能量梯度，确认已得到最优的分子结构后，退出。只在第一个和最后一个分子结构进行布居数分析并打印轨道，不要在不感兴趣的中间结构进行这些操作。第一个点的处理分成两部分，计算路径各由一系列的积分、猜测、SCF、以及积分求导的计算组成。第一部分包括模块L101（读入分子初始结构）和模块L103（进行本身的初始化），并有选项指示模块L401产生最初的猜测波函数。第二部分计算在优化过程中使用由模块L103产生的分子结构，并且有选项指示模块L401取回前一结构的波函数，做为下一步的最初猜测波函数。第八行中指示向前跳行，表示如果模块L103正常结束（没有任何特殊的操作），下一行（模块L9999）则跳过不执行。通常在第二次激活模块L103时，会检查最初的能量梯度，然后选出新的结构。下一个要执行的是模块L202，用来处理Z-矩阵，接着是第二部分其它的能量和梯度计算，它们构成主要的优化计算循环部分。如果模块L103第二次激活时发现几何结构已经收敛，计算将会终止并产生禁止向前跳行的信号，然后执行下一行的模块L9999，完成整个计算。第10-15行构成主要的优化计算循环。该循环计算积分、波函、以及优化计算中第二个点与后面各点的梯度。它以模块L103结束。如果几何结构还未收敛，模块L103选择新的结构并正常结束计算，这会造成执行次序由第15行向后跳到第10行，进行新的计算循环。如果模块L103发现几何结构已经收敛，将退出并禁止跳行，执行结束行第16-18行。结束前使用模块L601在最后的分子结构产生多极积分，将打印出多极矩、分子轨道和布居数分析，如果需要的话。最后模块L9999产生存档项目并结束计算任务。