蛋白质组学检测及分析方案

iTRAQ检测及数据分析2目录一、项目简介....................................................................................................................................3二、实验方案....................................................................................................................................32.1样品准备.................................................................................................................................32.2实验流程.................................................................................................................................32.3实验结果.................................................................................................................................4三、分析方案....................................................................................................................................43.1原始数据预处理及均一化.....................................................................................................43.2差异蛋白筛选........................................................................................................................43.3层次聚类分析........................................................................................................................53.4差异蛋白GENEONTOLOGY分析..................................................................................................63.5差异基因PATHWAY分析............................................................................................................63.6差异蛋白NETWORK分析............................................................................................................7四、费用概算....................................................................................................................................7五、时间概算....................................................................................................................................73iTRAQ检测及数据分析方案一、项目简介样品情况：对比情况：针对实验产出的原始数据进行生物信息学处理。组间相互对比筛选差异蛋白，并对差异蛋白进行后续生物信息学数据分析。具体内容见如下方案：二、实验方案2.1样品准备如果送样为溶液，则溶液中一般不要有SDS、CHAPS、TritonX-100、NP40及吐温20、40等系列的去污剂。盐浓度小于50mM。样品可以直接寄送未处理的组织，组织样品需要100Mg,如蛋白已经提取，则需要蛋白量200ug。2.2实验流程同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术是一种新的、功能强大的可同时对八种样品进行绝对和相对定量研究的方法。作为一种新的蛋白质绝对和相对定量技术，具有很好的精确性和重复性，并且弥补了DIGE及ICAT的不足。它可以结合非凝胶串联质谱技术，对复杂样本、细胞器、细胞裂解液等样本进行相对定量研究。42.3实验结果我们的实验结果将由专业软件ProteinPilot3.0(ABI,USA)进行展示：鉴定蛋白质的相关信息同一个group的蛋白质鉴定到的该蛋白质的肽断相关信息上图选中绿色的肽断的质谱图信息鉴定蛋白质的相关信息同一个group的蛋白质鉴定到的该蛋白质的肽断相关信息上图选中绿色的肽断的质谱图信息得分值蛋白质肽断覆盖率蛋白质数据库编号及名称蛋白质在各组样品中表达量的比值变化所选定蛋白质（上表绿色）的肽断信息质谱图定量信息得分值蛋白质肽断覆盖率蛋白质数据库编号及名称蛋白质在各组样品中表达量的比值变化所选定蛋白质（上表绿色）的肽断信息质谱图定量信息鉴定出来总的蛋白质编号三、分析方案3.1原始数据预处理及均一化首先对原始检测数据进行预处理和均一化处理。使得数据达到后期统计学分析要求。3.2差异蛋白筛选利用统计学方法筛选差异表达的蛋白。一般认为高丰度蛋白鉴定出多个肽段，低丰度蛋5白鉴定出较少肽段，因此检定出来的肽段数可以直接反映蛋白的表达量。我们认为经过检验校正的p-value:p0.01的基因为差异表达蛋白。3.3层次聚类分析所有的差异蛋白表达值首先经过对数转换，作为层次聚类算法的输入。其中距离(distance)采用Euclideandistance，连接(linkage)采用average。图例如下所示：63.4差异蛋白GeneOntology分析对于每一种表达趋势的蛋白，选择性的进geneontology功能分析。对差异表达的所有蛋白向geneontology数据库的各节点映射。计算每个节点的基因数目，并结合整个数据库的基因作为背景分部，对于每个节点，得到一个2x2的表格，使用超几何分布检验蛋白在每个GO节点的富集或贫乏程度。图例如下所示：3.5差异基因Pathway分析找出差异表达蛋白在生物学通路中的位置，以阐明其生物学功能以及不同蛋白之间的相互作用。首先把差异表达蛋白定位在生物学通路（Pathway）上，然后进行统计分析，确定差异表达蛋白可否可以代表某些生物学通路。图例如下所示：73.6差异蛋白Network分析蛋白网络的构建，可以在全局的水平上直观的反应蛋白之间的相互关系，同时反映了蛋白调控网络的稳定性。但如果蛋白数目较少，对应到每pathway的基因不多，则没有太多意义进行network分析。实例结果如下图所示：四、费用概算项目名称单价（元）样品数量小计（元）实验部分：iTRAQ15000/sample分析部分：原始数据处理均一化1200/组差异蛋白筛选1800/组层次聚类分析1800/组差异蛋白GO分类2000/组差异蛋白pathway分析2000/组差异蛋白network构建3600/组注：分析每增加一组加收30%的费用总计（元）五、时间概算实验检测：样品检测合格后45个工作日数据分析：20个工作日