chemoffice讲义1

2020/5/1312020/5/132Chemoffice的意思就是化学办公室，专门为化学类科目绘图作图的软件，属于专业软件。我们学习这个软件的目的是为了能画出化学方面的分子结构式、结构反应式和一些简单的实验装置图。该软件功能强大，还可进行很多其他的分子参数估算等。一Chemoffice简介2020/5/133安装好了Chemoffice软件之后，点击“程序”，点击Chemoffice，即可出现其子菜单，如下图：主要学习内容：ChemDrawUltra8.0：化学结构式绘图Chem3DUltra8.0：分子模型及仿真ChemFinderPro8.0：化学信息搜寻整合系统E-NotebookUltra8.0：整理化学信息、文件和数据，并从中取得所要的结果2020/5/134ChemDraw起始界面二、chemoffice基本知识2.1.Chemdraw软件2.1.1基本操作2020/5/135点位：移动鼠标直到鼠标的光标放到所要进行操作的位置，如果选择的位置在图形结构中的键、原子、线等的上面，一般出现黑方块，称之为光标块，选择块或操作块。光标块常用术语2020/5/136单击：快速按下鼠标键(左或右键)，然后快速抬起；双击：快速操作两次单击；拖动：由三部分动作组成——按下鼠标左键选择对象，移动鼠标，将被选的对象移动到指定位置后抬起鼠标；选择：用鼠标的光标选中某种选择，使对象产生光标。选择对象并不意味着动作，只是标记要操作的对象和点位；2020/5/137“键＋单击”：按下特殊的键和单击鼠标键同时进行。如，“Shift＋单击”意思是按下”Shift”键和单击鼠标键；“键＋拖动”：按下特殊的键和鼠标键，移动鼠标。如，“Shift＋拖动”意思是按下”Shift”键和拖动鼠标光标。2020/5/138套索实键双键虚键切割键切割楔键黑体键黑体楔键空心楔键波浪键表格长链环丙烷环环戊烷环环庚烷环环己烷椅式环戊二烯环蓬罩橡皮文本笔箭头轨道绘图元素基元化学符号弧形原子反应模板环丁烷环环己烷环环辛烷环环己烷椅式苯环2020/5/139键工具模板工具箭头工具轨道工具画图工具基元工具符号工具弧形工具原子反应工具2020/5/1310模板工具氨基酸模板工具17类2020/5/1311模板工具芳香化合物模板工具2020/5/1312模板工具双环模板工具2020/5/1313模板工具生物模板工具2020/5/1314模板工具玻璃仪器模板工具(I)2020/5/1315模板工具玻璃仪器模板工具(II)2020/5/1316模板工具构象异构体模板工具2020/5/1317模板工具环戊二烯模板工具2020/5/1318模板工具脂环模板工具2020/5/1319模板工具DNA模板工具2020/5/1320模板工具官能团模板工具2020/5/1321模板工具己糖模板工具2020/5/1322模板工具苯环模板工具2020/5/1323模板工具多面体模板工具2020/5/1324模板工具RNA模板工具2020/5/1325模板工具特殊符号模板工具立体中心模板工具2020/5/1326快捷键命令灰色表示命令未激活小三角表示子菜单省略号表示新对话框2020/5/1327文档设置页面规划从file——documentsettings2020/5/1328页眉页脚2020/5/1329绘图2020/5/1330标题ChemDrawV7.0TimesNewRoma字体ChemDrawV7.0Arial字体2020/5/1331原子标记NOH2020/5/1332颜色设置背景颜色2020/5/1333优选项2020/5/1334优选项显示设置错误警告2020/5/1335优选项打开/存盘默认路径默认打开文件格式默认存盘文件格式2020/5/1336国外化学刊物默认文档格式2020/5/1337打开文件不同文件格式2020/5/1338文件格式介绍1CDTemplate(*.ctp,*.ctr)——用于保存模板文档2ChemDraw(*.cdx)——ChemDraw原本格式，是一个公共标记的文件格式，易被其它程序建立和解释3ChemDrawSteylSheet(*.cds)——用于存储文件设置和其它物体4ConnectionTable(*.ct)——一种实例格式，存储关于原子与元素、系列编号、X和Y轴、键序、键类型等的连接和联系的列表。是用于多类应用程序间互换信息的通用格式2020/5/13395DARC-F1(*.fld)——QuestelDARC系统中存储结构的原本文件格式7ISISReaction(*.rxn)——MDL开发的格式，用于存储元素反应信息8ISISSketch(*.skc)——在Windows或Macintosh环境下，存储并传输到另外的ISIS应用程序中6DARC-F1Query(*.flq)——QuestelDARC系统中存储查询的原本文件格式2020/5/13409MDLMolFile(*.mol)——MDL(分子设计有限公司)MolFile文件格式用于其它一些在Windows、Macintosh和Unix环境下的化学数据库和绘画应用软件11JcampSpectra(*.jdx，*.dx)——图谱文件格式，可读入紫外、质谱、红外、核磁等数据文件12MSIChemNote(*.msm)——一种ASCII文本文件，可以用于像ChemNote一类的应用程序10GalacticSpectra(*.spc)——银河图谱文件格式2020/5/134113SMD4.2(*.smd)——ASCII文本文件，一般用于检索化学文摘数据库14WindowsMetafile(*.wmf)——图片文件格式，可以将ChemDraw图片传输到其它应用程序中，如Word。WMF文件格式含有中ChemDraw的结构信息，可被ChemDraw早期版本编辑2020/5/13422.1.2模板垂直工具栏的【模板】按钮包含了多种复杂的分子种类和玻璃仪器模板，可以通过软件，自己体会……如下图为氨基酸模板2020/5/1343运用下面的模板，可以快速生成我们所常用的化学物质结构式2020/5/13442.2ChemDraw绘图实例2.2.1绘制阿司匹林（已酰水杨酸）结构式HOOOO2020/5/1345绘制阿司匹林结构式的步骤如下①、启动ChemDraw；②、单击垂直工具栏最下端的“苯环”按钮③、在绘图区单击鼠标，出现一个苯环④、单击“实线单键”按钮，将鼠标移到苯环的一个角上，出现深色的正方形连接点，⑤、自连接点横向拉出一根实线单键，松开鼠标，自单键终点向右下方再次拉出一根单键。⑥、用同样的方法在苯环邻位也拉出3个单键，⑦、单击多重键按钮，在待定连接点上拉出双键，⑧、分别将鼠标至应该出现羟基或氧原子的位置，待出现连接点之后，单击键盘上的O键，则自动标上O，按C键，将会依据键的饱和程度自动出现CH3、CH2、CH、或C,按完C键后紧接着按L键，会变成元素的符号（Cl）。按N键，则会出现NH2、NH或N⑨、单击选取框按钮，选中画好的阿司匹林结构式。⑩、执行【Structure】/【CleanUpStructure】菜单命令，整理图形，得到正确的阿司匹林结构式（包括键角大小），可以多次操作此步骤，直到最佳状态（转不动为止）2020/5/13462.2.2图形存盘ChemDraw文件的扩展名为“cdx”。执行【File】/【Saveas】菜单命令，弹出“另存为”对话框，即可对文档进行存储，可以另存为ChemDraw3.x版的格式（扩展名为“chm”），或者“gif”、“bmp”图片格式。2020/5/13473.2.3图形的旋转与缩放方法：用选取框或套索选中图形，这时图形被一个闪动的虚框笼罩，如下图所示。虚框的右上角为旋转控制点，鼠标移至此会变成弧形双箭头的样子，单击鼠标拖动这个角可以顺时针或逆时针旋转图形。虚框的右下角为缩放控制点，拖动这个角可以按比例改变图形大小。要撤销操作，可单击【Undo】按钮。旋转控制点缩放控制点双击右上角的黑色控制点，可以出现旋转控制窗口；双击右下角的黑色控制点，可以出现缩放控制窗口；2020/5/13483.2.4检查结构错误和整理结构式用途：ChemDraw可以检查绘制的结构式是否有问题。方法：选中结构式后，执行【Structure】/【CheckStructure】菜单命令，ChemDraw就会将一个红色方框罩在有问题的原子或官能团上。ChemDraw中【CheckStructure】功能是自动执行的，如果看到结构式有红色方框罩住的原子或官能团，用户就应该注意检查一下。如果没有问题，则系统给出“Noerrorsfound”2020/5/13493.2.5实例练习2020/5/13503.2.6根据化合物名称得到结构式应用背景：如果知道了化合物的英文名字，可能就不需要逐键绘制结构式了，因为ChemDraw提供了一种功能，可以根据化合物的名称自动给出结构式。注意点：化合物名称必须是英文的。最好是系统命名的。例如：阿司匹林的英文名字为“2-acetoxybenzoicacid”。步骤如下：下面我们根据化合物名称得到结构式。1.执行【Structure】/【ConvertNametoStructure】菜单命令，弹出【InsertStructure】对话框，如图所示。2.在输入框中输入“2-acetoxybenzoicacid”（2-乙酰基苯甲酸）。3.单击【Ok】按钮，即出现阿司匹林的结构式。2020/5/1351根据化合物名称的缩写得到结构式★例如EDTA。在【InsertStructure】对话框中键入“EDTA”，单击【Ok】按钮，即出现EDTA的结构式，如左图所示。★有时输入化合物的商品名称或俗名也能得到结构式，如输入“aspirin”即可得到阿司匹林的结构式，输入“morphine”即可得到吗啡的结构式。吗啡的结构式如图右所示★需要说明的是，并非所有的化合物名称都能得到结构式。如果无法由名字产生结构式，ChemDraw会弹出窗口显示提示信息，如下图所示。2020/5/13523.2.7根据结构得出化合物命名★背景：如果我们确定了化合物的结构，想知道其系统命名，可以借助ChemDraw帮忙得到正确的化合物名称。★方法：1.绘制甲基磺酸的结构式。2.选中此结构式。执行【Structure】/【ConvertStructuretoName】菜单命令，即可在结构式下面出现系统命名，如图所示。需要说明的是，并非所有的结构式都能给出化合物名称。如果无法由结构产生系统命名，ChemDraw会弹出窗口显示提示信息：Sorry,anamecouldnotbegeneratedforthatstructure.2020/5/13533.2.8预测核磁共振化学位移★ChemDraw可以根据结构式预测分子的1H和13C核磁共振化学位移。心得安(propranolol)是一种心血管药物，是β-阻断剂，能抑制心脏的收缩率，避免过渡兴奋和阻止神经冲动，保证心壁平滑肌的收缩。★现在我们以心得安的为例，预测1H和13C核磁共振图谱。(1).绘制心得安的结构式（也可由其英文名产生结构）。(2).选中此结构式。执行【Structure】/【Predict1H-NMR-Shifts】菜单命令，出现心得安的1H核磁共振化学位移值及图谱，如图所示。(3).缩小当前窗口，返回绘制结构式的窗口。(4).执行【Structure】/【Predict13C-NMR-Shifts】菜单命令，出现心得安的13C核磁共振化学位移值及图谱，如图所示。★手中有了这样两张预测图谱，再去实测样品的核磁共振时，必然成竹在胸了。2020/5/13543.2.9分析结构估计性质ChemDraw可以对化合物结构进行分析计算。以“心得安”为例，选中“心得安”结构式，执行【View】/【ShowAnalysisWindow】菜单命令，弹出如图所示的分析窗口。这个窗口包括心得安的分子简式、摩尔质量、同位素分布图、元素分析组成比例等