D-A020603-S-022--Roche-Cobas-z-480荧光定量基因扩增仪作业指导书

2018年03月01日发布1/132018年04月01日实施文件编号：D-A020603-S-022版本号：2018-03-F，共13页RocheCobas®Z480荧光定量基因扩增仪作业指导书浙医二院检验科分子检验SOP年度回顾AnnualReview日期回顾者签字日期回顾者签字2018年03月01日发布2/132018年04月01日实施文件编号：D-A020603-S-022版本号：2018-03-F，共13页RocheCobas®Z480荧光定量基因扩增仪作业指导书浙医二院检验科分子检验SOP修订页Revised日期修订类型修订内容修订者审核者阅读人员签字□修改□新增□删除□修改□新增□删除□修改□新增□删除□修改□新增□删除□修改□新增□删除□修改□新增□删除2018年03月01日发布3/132018年04月01日实施文件编号：D-A020603-S-022版本号：2018-03-F，共13页RocheCobas®Z480荧光定量基因扩增仪作业指导书浙医二院检验科分子检验SOP1目的保证RocheCobas®Z480荧光定量基因扩增仪的正确和正常使用。2适用仪器RocheCobas®Z480荧光定量基因扩增仪。3SOP使用和变动该作业指导书适用于本专业人员，使用前应认真阅读，在专业组组长指导下执行。若仪器设备和测定方法或试剂性能改变，应及时修订该SOP文件，可由任一使用该SOP的工作人员提出改动，并报专业组组长审核，经技术负责人批准，签字生效。4仪器使用操作4.1开机4.1.1打开Cobas®Z480荧光定量基因扩增仪的电源开关，仪器自检。4.1.2依次打开电源、电脑显示器和电脑主机电源开关，进入计算机操作系统WindowsXP。4.1.3双击图标，打开Cobas®Z480UDF软件，登陆用户名Pcr，密码Pcr480。4.2检测样品操作4.2.1打开扩增仪抽屉，将样品板放入仪器，缺角位置对准金属槽的左上角，然后闭合抽屉。4.2.2打开Cobas®Z480UDF软件，如果软件内已有保存好的模板，点击NewExperimentfromTemplate直接调用模板程序。如果需要建立模板，请按照4.3所示步骤建立模板，然后进行实验。4.3仪器软件使用4.3.1建立实验模板4.3.1.1点击软件主界面中的“NewExperiment”，进入程序设定界面。4.3.1.2根据实验所用的检测模式选择“DetectionFormat”，“BlockType”，“PlateID,(optional)”和“ReactionVolume”。2018年03月01日发布4/132018年04月01日实施文件编号：D-A020603-S-022版本号：2018-03-F，共13页RocheCobas®Z480荧光定量基因扩增仪作业指导书浙医二院检验科分子检验SOP4.3.1.3从DetectionFormat的下拉框中选择分析模式：4.3.1.4模块中选择合适的滤片组合4.3.1.5选择合适的模块4.3.1.6：Optional，可以手工输入或通过扫描仪扫描4.3.1.7：输入反应体积10-100μl4.3.1.8定义PCR程序中的每个步骤及循环数和分析模式。利用+/-号增加/删除步骤。4.3.1.9设定每个步骤的温度，时间，变温速率及信号获取模式。2018年03月01日发布5/132018年04月01日实施文件编号：D-A020603-S-022版本号：2018-03-F，共13页RocheCobas®Z480荧光定量基因扩增仪作业指导书浙医二院检验科分子检验SOP4.3.1.10保存模板：点击save进行保存，保存的文件名中包含日期、实验目的和试剂商等信息，模板的名称形式为年月日-测定项目英文缩写-试剂生产厂商的名称缩写。4.3.2样本编辑4.3.2.1点击“SubsetEditor”进行亚组编辑4.3.2.2点击“SampleEditor”模块4.3.2.3选择检测类型2018年03月01日发布6/132018年04月01日实施文件编号：D-A020603-S-022版本号：2018-03-F，共13页RocheCobas®Z480荧光定量基因扩增仪作业指导书浙医二院检验科分子检验SOP4.3.2.4选择要进行检测的子集4.3.2.5选择以将要进行的分析命名的样品列表，输入相应的样品信息。4.3.3程序运行：4.3.3.1点击“Experiment”模块，回到程序设定界面。4.3.3.2如果已经加载样本，则窗口右下方的“StartRun”为可点击状态，点击即开始运行。若未加载样本，则该模块显示为灰色，只有在加载样本后才变成激活状态。4.3.3.3结果保存窗口自动跳出，输入文件名并选择一个合适的路径保存。保存实验名称形式为年月日-测定项目英文缩写-试剂生产厂商的名称缩写。4.3.3.4自动进入程序运行界面。2018年03月01日发布7/132018年04月01日实施文件编号：D-A020603-S-022版本号：2018-03-F，共13页RocheCobas®Z480荧光定量基因扩增仪作业指导书浙医二院检验科分子检验SOP4.3.4分析数据：4.3.4.1点击左侧“Analysis”模块。4.3.4.2在“Creatnewanalysis”下拉框中选择分析的类型并双击，在跳出的对话框中从各下拉框中分别选定分析的范围、分析模式和分析的程序，并可命名该分析。4.3.4.3绝对定量分析：自动法（2ndDerivativeMaximum二次最大导数法）点击“Calculate”查看结果。其中Threshold表示阈值，Baseline表示基线。2018年03月01日发布8/132018年04月01日实施文件编号：D-A020603-S-022版本号：2018-03-F，共13页RocheCobas®Z480荧光定量基因扩增仪作业指导书浙医二院检验科分子检验SOP绝对定量分析：手动法（FitPoints）选定分析范围。点击“NoiseBand”，调整噪音线位置，推荐采用“Noiseband(Fluro)”方法，以上下移动噪音线位置的方式调整（调整时遵循以下四条原则：在阴性线之上；与所有曲线相交；相交在平滑区；符合上述三条原则的情况下，噪音线的位置尽可能地低。）点击“Analysis”进行结果分析，点击“Calculate”进行Cp值及标准曲线计算。2018年03月01日发布9/132018年04月01日实施文件编号：D-A020603-S-022版本号：2018-03-F，共13页RocheCobas®Z480荧光定量基因扩增仪作业指导书浙医二院检验科分子检验SOP4.3.4.4相对定量分析4.3.4.4.1在跳出的对话框中选择合适的选项：推荐在AutoPair选择框前打勾。4.3.4.4.2如果是在同一RUN中包含有Reference，则直接进入后一的界面；如果Reference和Target不在同一块板上运行，则调用外部Reference数据后进入后一界面。4.3.4.4.3结果图中默认扩增效率为“2”；如果要进行效率校准的相对定量分析，并且relativestandard包含在本实验中，点击“Calculate”进行标准曲线的计算。4.3.4.4.4可分别点击‘Target’、‘Reference’、‘Paring’、‘Charts’和‘Result’模块查看目标基因，参考基因，配对（如果在3.3.1中没有选择AutoPair，则在此模块中进行手动配对），图表和最后相对定量的结果。（notes：点击‘Result’、‘Paring’或‘Charts’模块中任意一个‘Calculate’就可得到计算结果）4.3.4.5基因分型分析4.3.4.5.1根据实际情况，选择StandardsSaveasext:将本次实验的标准曲线存为外标准曲线AutoGroup：自动分组2018年03月01日发布10/132018年04月01日实施文件编号：D-A020603-S-022版本号：2018-03-F，共13页RocheCobas®Z480荧光定量基因扩增仪作业指导书浙医二院检验科分子检验SOPIn-run：标准品包含在本次实验中External：调用外标准曲线4.3.4.5.2点击“Calculate”进行结果计算4.3.4.6Tmcalling4.3.4.6.1确认熔解曲线峰的数目4.3.4.6.2选择所用的检测模式4.3.4.6.3点击“Calculate”进行结果计算，并通过选择下述各项查看各熔解峰的详细情况。4.3.4.7ColorComp颜色补偿4.3.4.7.1确认荧光数目，Experiment选项卡下，需要做几个荧光的颜色补偿就在DetectionFormat下选择相应的探针。2018年03月01日发布11/132018年04月01日实施文件编号：D-A020603-S-022版本号：2018-03-F，共13页RocheCobas®Z480荧光定量基因扩增仪作业指导书浙医二院检验科分子检验SOP4.3.4.7.2样本编辑，SampleEditor选项卡下选择ColorComp的workflow，然后将对应的样本选择相应的DominantChannel，每个荧光至少3个复孔，Buffer就选择water。4.3.4.7.3分析，首次做在分析时选择ColorComp，分析后存为模板。之后在分析时直接选择InDatabase调用相应模板即可。4.3.4.8结果报告保存实验数据后，在链接有打印机的情况下，“Report”模块变成激活状态，点击“Report”。在树形folder中选择报告所需的内容，点击“Generate”产生报告并打印。2018年03月01日发布12/132018年04月01日实施文件编号：D-A020603-S-022版本号：2018-03-F，共13页RocheCobas®Z480荧光定量基因扩增仪作业指导书浙医二院检验科分子检验SOP4.4历史数据的处理4.4.1查看选择窗口右侧的“Navigator”，树形folder中选择需要打开的文件名，双击或点击下方的“Open”打开文件4.4.2数据的导入和导出选择窗口右侧的“Navigator”，利用窗口下方的“Import”、“Export”、“Batchimport”、“Batchexport”分别完成单个文件的导入、导出及多个文件的同时导入、导出。4.5关机先关闭Cobas®Z480荧光定量基因扩增仪，然后退出Cobas®Z480UDF软件，最后关闭计算机。5仪器维护保养和校准5.1日维护5.1.1使用前后记录仪器运行使用情况。5.1.2实验完毕后用10%次氯酸钠对台面进行清洁，再用75%乙醇清洁仪器外表面，并用移动紫外灯进行消毒。5.1.3不需要定期清洁分析仪及相关配件。如有必要，可用70%的乙醇清洁分析仪的外壳、温控模块及温控模块的外壳。5.2月维护5.2.1整理计算机硬盘空间：每月的最后一次实验完毕后检查计算机磁盘空间5.2.2归档或备份实验文件。5.2.3背景校准。5.2.4清除污染：如果在执行背景校准时观察到疑似污染物的高荧光背景，则对样本加热以清除污染。5.3年维护：每1.5年，由仪器生产厂家执行空间校准、染料校准和温度校准。5.4如遇到非技术性操作引起的仪器故障或线路故障尽早报告实验室负责人，由负责人联系仪器供应商进行维修，维修完成后填写相应表格。6支持性文件及记录RocheCobas®Z480扩增仪《安装、联网和维护指南》D-A020603-F-001分子生物学核酸检测岗位日志D-A020603-F-126RocheCobasZ480荧光定量PCR仪维护记录表编制人审核人批准人2018年03月01日发布13/132018年04月01日实施文件编号：D-A020603-S-022版本号：2018-03-F，共13页RocheCobas®Z480荧光定量基因扩增仪作业指导书浙医二院检验科分子检验SOP阅读记录表Readrecords日期阅读者签