蛋白质性质和结构预测

单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式•Initialexon：初始外显子•Internalexon：内部外显子•Terminalexon：终端外显子•Single-exongene：单外显子基因•Promoter：启动子•Poly-Asignal：Poly-A点•DNA的负链，能编码蛋白质，合成RNA的模板•DNA的正链就是与mRNA序列相同的那一个DNA单链，只不过U代替了T。•DNA的正、负链是互补的。蛋白质序列分析蛋白质序列分析与结构预测单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式主要内容一、蛋白质性质预测二、蛋白质结构预测三、蛋白质结构3D视图观察单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式一、蛋白质性质预测•在蛋白质的研究领域，蛋白质性质的研究是必要的，而且是非常基础的。•以往都需要针对未知蛋白质进行一系列的实验摸索，比如pI，Mw等的测定，然后才有可能得到比较精确的结果，这样的摸索往往费时耗资。•pI：等电位点，Mw：分子量•现在人们已经充分地了解了组成蛋白质的20个氨基酸的物理化学性质，并由此产生许多基于序列以及结构的预测工具来预测未知蛋白质的性质以及通过已知性质来预测蛋白质。单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式1，ComputepI/Mw•单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式•ComputepI/MwisatoolwhichallowsthecomputationofthetheoreticalpI(isoelectricpoint)andMw(molecularweight)foralistofUniProtKnowledgebase(Swiss-ProtorTrEMBL)entriesorforuserenteredsequences。单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式序列•gi|4506183|ref|NP_002779.1|proteasomealpha3subunitisoform1[Homosapiens]•MSSIGTGYDLSASTFSPDGRVFQVEYAMKAVENSSTAIGIRCKDGVVFGVEKLVLSKLYEEGSNKRLFNVDRHVGMAVAGLLADARSLADIAREEASNFRSNFGYNIPLKHLADRVAMYVHAYTLYSAVRPFGCSFMLGSYSVNDGAQLYMIDPSGVSYGYWGCAIGKARQAAKTEIEKLQMKEMTCRDIVKEVAKIIYIVHDEVKDKAFELELSWVGELTNGRHEIVPKDIREEAEKYAKESLKEEDESDDDNM单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式结果单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式2，ProtParamtool•ProtParamcomputesvariousphysico-chemicalpropertiesthatcanbededucedfromaproteinsequence.Noadditionalinformationisrequiredabouttheproteinunderconsideration。理化性质预测软件单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式可预测参数•ProtParamisatoolwhichallowsthecomputationofvariousphysicalandchemicalparametersforagivenproteinstoredinSwiss-ProtorTrEMBLorforauserenteredsequence.Thecomputedparametersincludethemolecularweight,theoreticalpI,aminoacidcomposition,atomiccomposition,extinctioncoefficient,estimatedhalf-life,instabilityindex,aliphaticindexandgrandaverageofhydropathicity(GRAVY)。•分子量、等电位点、氨基酸组成、原子组成、消光系数、估计半衰期、不稳定指数、脂肪指数、总平均亲水性单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式输入序列：NP_002779单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式结果结果单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式蛋白质的鉴定•在对未知蛋白质进行理化性质分析之后，一般就可以对它进行一般性的鉴定，这样可以从性质上对蛋白质属于什么蛋白质作出一个判断。•相应的工具软件通过输入未知蛋白质的氨基酸组成测量值与数据库中蛋白质的氨基酸组成的理论值相比较预测蛋白质。通过比较每个蛋白质会得到一个分值，这个分值表示未知蛋白质与已知蛋白质之间的差异程度。•同时鉴定中还可以掺入pI、相对分子质量、物种以及关键词等因素以获得更好的结果。单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式3，AACompIdenttool•蛋白质鉴定软件单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式About•AACompIdentisatoolwhichallowstheidentificationofaproteinfromitsaminoacidcomposition.ItsearchestheSwiss-Protand/orTrEMBLdatabasesforproteins,whoseaminoacidcompositionsareclosesttotheaminoacidcompositiongiven.•AACompIdent是一种工具，它可以从蛋白质的氨基酸组成来鉴定蛋白质。它搜索Swiss-Prot和/或TrEMBL，找到与给定蛋白质具有最接近氨基酸组成的蛋白质。单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式•AAComIdent是通过氨基酸组成来鉴定未知蛋白质的工具。•这个程序是通过将未知蛋白质的氨基酸组成测量值与数据库中蛋白质的氨基酸组成的理论值相比较预测蛋白质。•通过比较每个蛋白质会得到一个分值，这个分值表示未知蛋白质与已知蛋白质之间的差异程度。•然后击中的蛋白质通过分数的高低进行排列显示，同时鉴定中还可以掺入pI、相对分子量、物种以及关键词等因素以获得更好的结果。单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式输入的数据•1，Aminoacidcompositionoftheproteintoidentify.•2，Anameforthisprotein,sothatyoucanrecognizeitlaterintheresults.•3，ThepIandMwofthatprotein,ifknown,aswellaserrorrangesthatreflecttheaccuracyoftheseestimates.•4，Thespeciesorgroupofspeciesforwhichyouwouldliketoperformthesearch(example:HOMOSAPIENSorMAMMALIA).Thiswillproducethelistofproteinsfromthisspecies,aswellasalistofproteinsindependentlyofspecies.YoumayalsojustspecifyALLforallSwiss-Prot/TrEMBLentries;Ifindoubtaboutthesearchtermtouse,consulttheSwiss-Protlistofspecies.•5，ForscaninSwiss-Protonly:thekeywordforwhichyouwouldliketoperformthesearch(example:ZINC-FINGER).Thiswillproducethelistofproteinsmatchingthiskeyword.YoumayalsojustspecifyALLforallSwiss-Protentries;Ifindoubtabouttheexactkeywordtouse,consultthelistofkeywordsusedinSwiss-Prot.•6，Aminoacidcompositionofaknownprotein,obtainedinthesamerunastheaminoacidcompositionoftheunknownprotein.Thisisforcalibration;ifyoudonothaveacalibrationprotein,leaveNULL.•7，TheSwiss-Protidentifier(ID)ofthecalibrationprotein(example:ALBU_HUMAN).•8，Youre-mailaddress.Thesearchresultswillbemailedbacktoyouautomatically(thisshouldtakeabout15minutes).单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式AACompIdenttool输入界面单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式结果单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式4，信号肽预测工具线粒体蛋白质的定向转运引自MolecularBiologyoftheCell.4thed.2002•信号肽（signalpeptide），是引导新合成肽链转移到内质网上的一段多肽，位于新合成肽链的N端，一般16~30个氨基酸残基，含有6-15个带正电荷的非极性氨基酸，由于信号肽又是引导肽链进入内质网腔的一段序列，又称开始转移序列（starttransfersequence）。单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式真核生物基因的一般结构示意图单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式SignalP－信号肽预测工具•单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版标题样式序列数据••Q9BS26|TXND4_HUMANThioredoxindomain-containingprotein4-Homosapiens(Human).•MHPAVFLSLPDLRCSLLLLVTWVFTPVTTEITSLDTENIDEILNNADVALVNFYADWCRFSQM