单细胞自动制备系统

单细胞自动制备系统每个细胞都是独特的C1™单细胞自动制备系统—挑战平均定律细胞间存在着广泛的异质性。仅仅测定细胞群平均值会掩盖很多单细胞的重要功能和其中蕴含的遗传信息。传统方法用移液枪分离和处理单细胞的方法很费力耗时也容易出错。长期以来，生物学家和临床工作者一直在寻找一套完整的工作流程来检测分辨单一细胞，根据它们独特的基因组和转录组进行分组，同时将技术原因引起的噪音最小化。C1单细胞自动制备系统是世界上第一个商业化的用于基因组学研究的自动化单细胞分离制备系统。通过采用富鲁达公司创新的微流控技术，能够快速可靠地分离、处理、并对单一细胞进行基因组分析。这项前所未有的技术，让你一次完成提取、预扩增及最终检测分析细胞的全过程，减少了因多平台技术之间的误差而造成的多变性。该系统为研究细胞分化、异质性，分析单细胞对特定刺激的反应，验证重要疾病生物标志物，检测RNA干扰沉默基因表达和候选药物筛选等开启了新的大门。系统优势：一体化:完整的自动化流程一步操作实现从细胞捕获、制备到核酸样本的获取单细胞准确性:更准确地测量单个细胞间的基因表达谱差异灵活性：可扩展到全转录组及各种发现简便易用:以优化的流水线工作流程和直观的界面简化细胞分离和制备过程快速:一天内完成从细胞加入到数据收集系统组成部分：C1单细胞自动制备系统突破性的自动化系统，分离、处理并获取用于后续分析的单个细胞C1单细胞自动制备微流控芯片专利的微流控芯片设计，捕获和高度平行化地制备96/800个单细胞C1单细胞自动制备试剂盒随时就绪可用的试剂盒来支持细胞悬浮、裂解和纯化逆转录/预扩增试剂盒(请从推荐的厂家单独购买)利用优化的实验流程、配套的试剂盒和微流控芯片，只需要20-30分钟的手工操作时间，即可捕获制备96/800个单细胞。简单的用户界面和完善的系统流程帮您实现“上样走人”的高效率工作并确保获得单细胞的准确性。流程快速简便：研究领域影响因子分布文献数量上样、捕获收集预扩增裂解、反转录染色观察1234560102030405060704030~4020~3010~2010otherPopulationScreeningStemCellNeurologyBiomarkerScreeningMethodDevelopmentPathogenDetectionOncologyImmunology通过C1单细胞自动制备系统获取的数据，其创新性稳定性和准确性经过了大量的文献验证(数据截止至2016年6月)。研究领域及发展趋势：C1™单细胞自动制备系统用于mRNA测序更完整的流程：首尾相连的流程对单细胞进行全转录组分析灵活的通量：每次实验可平行处理96/800个单细胞更容易的操作：直接从单细胞开始，简化的样本制备，只需3小时手工操作时间，无片段化，无需纯化步骤更节省的成本：创新的纳升级(nl)反应体系将成本降至标准单细胞文库制备的几分之一甚至更低兼容性强：与多种测序平台均兼容 研究人员正在对转录组进行更深入的分析，以揭示细胞发育、代谢和疾病的新机理。mRNA测序是一种极具价值的工具，它可以帮助研究者发现驱动肿瘤产生、激活分化、调节生物学机制的关键细胞亚群，理解在决定细胞命运的重要时期亚群怎样对信号和其他环境线索做出反应，或者它们何时获得异常表型。在单细胞中研究这些基因表达模式已经极大地促进了细胞生物学的发展。可是，大多数方法对单细胞分析来说并不现实：它们需要大量的细胞，实验流程复杂，实验结果不稳定，而且成本高昂。C1™单细胞mRNA测序应用通过先进的微流控技术简化了整个过程，创新的纳升级(nl)反应体系降低试剂使用量，节约成本，有效地加快了您科学发现的脚步。快速阐明异质性，识别关键细胞群现在您可以快速可靠地分离、制备和分析任意规模的单细胞。从发现某种亚型或基因特征的小规模的先导性研究项目，到大规模的研究基因表达或者测定细胞亚群的频率等项目，您都可以通过一个系统轻松完成。工作流程分离捕获细胞（96或800个捕获位点）确认细胞状态产生cDNA并进行预扩增收集单细胞cDNA模板芯片外准备测序样本使用Singlular工具进行细胞亚群分析染色、观察反转录收获构建测序文库数据分析C1mRNA测序芯片–单细胞样本制备金标C1™mRNA测序芯片可以平行处理多达96个cDNA文库，在多种Illumina测序仪上对mRNA表达进行相对定量，可以帮助您开展以下研究： 测量基因、等位基因和剪接变体的表达水平比较单细胞和群体的表达谱确定转录起始位点鉴定可能的剪接类型评估后转录活动发现新的转录子和基因融和单细胞mRNA测序为您揭示细胞异质性的全貌以及定义细胞亚群的关键特征。现在，您可以用C1制备成百上千个单细胞，并且用Singular工具快速分析您的测序数据以识别新的细胞亚群。自C1™mRNA测序芯片推出至今，已有多项研究采用此技术获得科学成果并发表了大量文献，这些数据结果充分证明了C1mRNA测序芯片的卓越表现。利用C1mRNA高通量测序从神经元分化的不同阶段选择的单细胞进行Hierarchical聚类分析结果，揭示了在组织整体研究中没有发现的特殊细胞类型以及与其相关的、新的Marker。匹配至参照物的reads占总reads百分比的函数关系。48个K562单细胞使用SMARTerUltraLowRNA试剂盒在C1™单细胞系统上处理，然后使用NexteraXT试剂盒进行文库构建，生成这些数据。平均read深度为300万reads,超过95%的细胞有大于50万的总reads。C1mRNA高通量测序芯片-揭开细胞异质性的面纱当我们将目光聚焦在更奇特、罕见的细胞亚群时，研究10,000-100,000个单细胞的需求就会应运而生。通过增加所研究的单细胞模型的数量，我们能够发现新的细胞类型，阐明各细胞群体的分布情况，以及解析组织构成。C1mRNASeqHTIFC（C1mRNAseq高通量芯片）让每一个位C1用户可在不投资新设备的情况下，将自己的研究轻松拓展到10,000个单细胞，并且最大限度的利用测序的每一个Run。通过简单的工作流程可以在一天完成2张芯片，使您在24小时内制备多达1,600个单细胞的cDNA样本。另外，这个工作流程通过芯片上的多重反应使得文库制备的成本降低了40倍，是迄今为止最具效率的工作流程。↑上图：细胞捕获仓←左图：C1mRNA高通量测序芯片(mRNASeqHTIFC)叠加单细胞的Cts和使用PCR管多细胞的Cts的相关性图。在BioMark™HD系统上用DELTAgene™试剂对单细胞cDNA文库和一个多细胞PCR管参照进行了分析。单细胞cDNA文库累加所得数据和多细胞PCR管实验参照所得数据密切相关（R2=0.93）。使用BioMarkHD系统进行常规的qPCR实验可以对每个文库的产量和质量进行快速的评估。图：C1mRNA高通量测序芯片通过40行20列的网格设计呈现出800个捕获位点。细胞被捕获和裂解后，在反转录过程中，每一列内40个捕获位点的产物被分别加上各自的barcode。反转录后，IFC将以列为单位收获cDNA。每一个收获的产物pool都包含40个已经加好cellbarcode的cDNA。接下来，这20个收获的cDNApool在测序文库构建的过程中加上Nextera测序的index。C1单细胞mRNA测序的完整解决方案伟大的发现需要开辟新的思路。单细胞分析在发现新的转录组网络，进而揭示在发育、代谢和疾病中的新的细胞角色有着巨大潜能。您可以根据研究需求以及研究规模选择最优化的解决方案。Barcoding技术实现高通量流程C1mRNASeqC1mRNASeqHTThroughput96cells800cellsMethodologyFulltranscriptor3'end-counting3'end-countingChemistrySMARTer®V1SMARTerV3Runtime10hours6.5hoursHands-onlibrarypreparationtime1hour20minutesOn-IFCbarcodingandmultiplexingNoYesCellImagingStainandvisualizeStainandvisualizeCellloadstructure(portxcellscaptured)1x962x400C1™单细胞自动制备系统用于基因组DNA测序高通量：一次实验可获得多达96个单细胞的基因组DNA扩增产物适用的样本类型广：适用样本类型涵盖哺乳动物各类原代细胞及细胞系细胞用量少：最低上样量为200个细胞实验耗时短，操作简便：从单细胞悬液到全基因组DNA的扩增产物，不超过10小时，其中手工操作时间不超过1小时。兼容性强：与多种Illumin测序平台均兼容通过测序寻找重要的基因组DNA突变，是揭示肿瘤及其他病变细胞遗传特质的重要研究手段。体细胞突变的长期积累，会使细胞在遗传水平和生理表型上展现出不同的分化特质，进而导致克隆亚群的产生。目前针对群体细胞的的基因组DNA研究手段，不能有效地检测出重要的低频体细胞突变，也无法揭示体细胞突变和肿瘤克隆间的相互关联。 借助C1单细胞制备系统，配合GEHealthcare公司的illustra™GenomiPhi™V2DNAAmplification试剂盒,只需不超过1小时的手工操作时间，即可获得多达96个的单细胞的高质量DNA扩增产物，并可轻松对接全基因组测序、全外显子组测序、靶向测序等多类检测应用。工作流程应用范围广泛单细胞单核苷酸突变单细胞DNA片段插入与缺失单细胞基因拷贝数变异单细胞染色体易位等结构变异肿瘤克隆分群及谱系建立富集上样和捕获单细胞全基因组扩增靶序列富集测序分析任何Illumina测序平台全基因组全外显子组靶向测序C1单细胞全自动制备系统Fluidigm基于微流控芯片的单细胞DNA扩增技术，最大程度地保证了扩增的均一性。图中数据源于6个单细胞的全基因组测序结果（CRL-2338/HCC1954和CRL-2339/HCC1954-BL），平均测序深度为27X。A.单细胞测序数据与基因组的匹配率均超过90%。B.6个单细胞测序结果的平均基因组覆盖度大于90%。C.单细胞DNA扩增技术极大地改善了基因组高GC区域的覆盖度，即使在GC含量高达70%的区域，单细胞DNA测序的平均覆盖度也能达到群体细胞DNA测序覆盖度的70%以上。单细胞全基因组扩增引入的碱基错误率，SNV准确率，以及等位基因丢失率（allelicdropoutrates）。A.6个单细胞的全基因组测序结果显示碱基错误率≤0.1%。B.通过单细胞全基因组测序找到的SNV平均准确率为92%。C.单细胞DNA扩增产物等位基因丢失频率的均值13%。研究人员对来源于同一个患者的50个导管癌肿瘤细胞（CRL-2338/HCC1954）和50个正常B淋巴细胞（CRL-2339/HCC1954-BL）进行了单细胞全外显子组测序，并对发现的474个突变位点进行了层次聚类分析。结果显示单细胞测序能发现常规组织样本测序不易检测到的低频突变；而且聚类结果显示肿瘤细胞与正常细胞完全分离，说明单细胞测序是肿瘤细胞鉴别、肿瘤克隆发展历程研究的不二之选。C1DNA测序–发现低频突变、建立肿瘤克隆谱系的最佳选择卓越的技术表现利用Fluidigm单细胞工作流程获取准确可靠的基因表达数据达到更准确地检测单一细胞基因表达谱差异性避免测量样品中所有细胞的平均值的坏处鉴定以前不能分辨的细胞亚群和分解新的调控网络在表面均一的细胞群中，单个细胞在尺寸、蛋白质水平和mRNA表达转录上都存在差异，所以默认您的样品中每一个细胞都表现得完全一致是一种危险的赌博，测量集中到一起的多个细胞的平均值可能会掩盖细胞之间基因表达的显著差异。在看起来均一的细胞群中辨别细胞间的差异对于促进干细胞研究、阐明癌细胞发生机制、鉴定免疫反应、研究生物治疗的有效性、发现退行性神经疾病的机理等方面都有至关重要的意义。 Fluidigm基于微流控技术开发了一种全新的单细胞基因表达研究方法，可以使您在几