BrainNet-Viewer使用

BrainNetViewer工作流程：可分成四部分：读入文件、设置绘图格式、网络显示和结果导出。BrainNetViewer定义4中可读入的文件：1)脑曲面文件（Brainsurfacefiles）：ASCII文件，后缀名为“nv”，包含了脑曲面的上的顶点和三角面片信息。2)节点文件（nodefiles）：ASCII文件，后缀名为“node”，为n6的矩阵，包含了节点的坐标、颜色、大小和标签信息3)边文件（edgefiles）：ASCII文件，后缀名为“edge”，为nn的矩阵，即节点间的相关矩阵4)三维图像文件（volumefiles）：NIFTI或Analyze格式，后缀名为配对的“hdr”和“img”该文件仅用于体素到曲面的映射绘制.主要功能：（1）脑网络的多视角显示（2）显示多种由脑曲面，节点和边构成的不同组合（3）多种方式调节节点的颜色和大小（4）多种方式调整边的颜色和大小（5）自定阀值来提取相关矩阵中的边信息（6）实现体素图像到曲面的映射（7）支持输出常用的包括TIFF、BMP、JPEG、PNS和EPS五种格式图片（8）支持输出图片尺寸和分辨率的调整（9）可进行放大和缩小，旋转等交互式操作功能和使用：(1)Installation打开matlab，把BrainNetViewer添加当前路径（注意全是英文路径，否则出现读取错误），在matlab工作区内输入BrainNet即打开如下图片：Fig1.BrainNetViewer界面（2）picture：产生的组合图片。（提供参考）Fig.2各种组合（3）LoadFiles点击File-LoadFile出现以下图片：Fig.3加载界面1.点击Browse（Surfacefile）选择.\Data\SurfTemplate\BrainMesh_ICBM152.nv(BrainNetViewer提供2中不同类型的大脑模板CH2\ICBM152,根据自己所需，选择不同模板)2.点击Browse（node）选择.\Data\ExampleFiles\AAL90\Node_AAL90.node(可以选择不同节点模板，一共提供ALL90、Brodmann82、Custom、Dos160、Fair34、HOA112、LPBA40，在这其中进行选择)3.点击Browse（edge）选择.\Data\ExampleFile\AAL90\Edge_AAL90_Binary.edge4.点击Browse（volume）选择双样本t检验结果。点击OK：（4）Visualizeoption1Layoutpanel（如下图）Fig4.BrainNet选择Fig5.不同选择产生不同结果2.GlobalpanelFig6全脑控制面板和各种全脑样本3.SurfacepanelFig7表面面板和双脑模型4.NodepanelFig8节点控制面板5.EdgepanelFig.9边控制面板和边、节点表面的组合6.VolumepanelFig.10三维控制面板和三维脑表面现象表示7.ImagepanelFig.11图像控制面板操作实例：（1）BrainSurfaceFig.12大脑表面直接在Browse（Surface）中输入.\Date\SurTemplate\BrainMesh_ICBM152.nv,其他默认设置，点OK。（2）Nodes在Browse（node）中输入.\Date\ExampleFiles\AAL90\Node_ALL90.node在Node选项中Label选AboveThreshold设置大小为1.94,；在color中选取Colormap，点OK。图像如下：Fig.13节点（3）Surface&Nodes1.Browse（Surface）加入.\Date\SurTemplate\BrainMesh_ICBM152.nv。2..Browse(Node)中加入.Data\ExampleFiles\AAL90\Node_AAL90.node。3.在Node选项中Color选取中选取Modular选项，其他不变点OK，图像产生如下：Fig14.节点和表面（4）Nodes&Edges1.Browse(Node）中加入.Data\ExampleFiles\AAL90\Node_AAL90.node。2.Browse（edge）中加入.Data\ExampleFiles\AAL90\Edge_AAL90_Binary.edge。在Node选项中选取Color的Modular；在Edge中选取Nodemodule。图像如下：Fig15.节点和边（5）Surfacemapping1点击Browse（Surface）加入.\Date\SurTemplate\BrainMesh_ICBM152.nv,2.1选择Browse（Voluse）加入mark_user_Resliced\Resliced_FG.nill(此为双样本t检验产生的结果（55-56区）)Fig.16感兴趣区3.在Global中的ObjectMaterial选择Shiny；在Surface中选取0.70，其他不变。2.2选择Browse（Voluse）加入t-two\spm_0001.img(此为注意和非注意实验下产生双样本检验的结果：Fig.17注意区2.3选择Browse（Voluse）加入mark_user_Resliced\Resliced_FG.nill(此为双样本t检验产生的结果（55-56区）)在layout中选取Axial；在Surface中选取0.70在Volume中选取ROIdrawing，Fig.18感兴趣区