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一、基因序列查找NCBI—选择“Gene”—输入基因的名字(eg.p53)--Search基因序列查找选择特定物种的p53基因—eg.TP53(human)基因序列查找获得TP53基因的详细信息:基因名称、全称、别名、类型等。下拉获得更多详细信息基因序列查找基因组结构:不同版本中,此基因在染色体中的位置、转录方向等。基因序列查找基因组区域,转录,产出:p53基因在不同转录本中的信息—点击GenBankGenBank:获得基因详细信息:位置、定义、登录号、版本、特征、碱基序列等。基因序列查找FASTA:获得基因的全部序列(包括非转录区序列)。启动子序列的查找1、在NCBI中查找所需的基因(以p53为例)查找P53的基因序列;启动子序列的查找1、在NCBI中查找所需的基因(以p53为例)选择特定物种的P53基因,例如human.启动子序列的查找1、在NCBI中查找所需的基因(以p53为例)获得humanp53基因的详细信息启动子序列的查找2、确定此基因在染色体上的位置和转录方向(正向/反向);•在染色体上的位置:Chromosome17-NC_000017.11•转录方向:从右向左,反向转录,说明启动子区与第一外显子区位于此段基因的右侧。启动子序列的查找3、确定启动子区与第一外显子区的长度;获得FASTA格式的序列信息,右侧为此段基因的长度:7668402-7687550bp.启动子区位于基因5’端2000bp,即7687550-7689550bp启动子序列的查找3、确定启动子区与第一外显子区的长度;查找第一外显子的位置:在p53基因的详细信息页面中查找mRNA的详细信息,确定其在基因序列中的位置。启动子序列的查找3、确定启动子区与第一外显子区的长度;进入P53基因mRNA的详细信息界面启动子序列的查找3、确定启动子区与第一外显子区的长度;进入P53基因mRNA的详细信息界面,找到exon(第一外显子)的位置:1-174bp启动子序列的查找3、确定启动子区与第一外显子区的长度;•进入P53基因FASTA信息的界面,确定第一外显子的长度:•第一外显子位于基因5’端1-174bp的位置,由于基因为从右向左反向转录,第一外显子位于启动子(7687550-7689550bp)的左侧174bp:7687376--7687550bp;•第一外显子+启动子:7687376--7689550bp启动子序列的查找4、下载启动子区与第一外显子区的序列;数据保存为FASTA格式启动子序列的查找4、下载启动子区与第一外显子区的序列;数据保存为FASTA格式,用word打开。启动子序列的查找4、下载启动子区与第一外显子区的序列;去除序列中的段落标记:Word-查找替换-特殊格式-段落标记-全部替换
本文标题:基因启动子序列的查找
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