北京诺禾致源_16S_结题报告模板讲解（PDF30页）

Providingadvancedgenomicsolutions!更多关注，敬请留意：!更多关注，敬请留意：://!Outlines•结题报告•结果文件•FAQ!一.结题报告•信息分析分为三个部分：基本信息分析，标准信息分析，高级信息分析。!基本信息分析基本信息分析Reads数统计OTU聚类Venn图样品复杂度分析稀释曲线Chao1曲线Shannon曲线!标准信息分析标准信息分析物种注释物种注释聚类Heatmap图多样品比较分析PCoA分析Clustering分析!高级信息分析高级信息分析PCA分析显著差异分析!结果文件!bac1.Reads统计（00-sequnce）•结果文件夹中的，每个子目录对应一个样品，样品文件夹里的seqs.fna文件是该样品的序列信息。!•Reads序列相似度达到97%以上。•1）uclust_picked_otus--allotus2.OTU聚类（01-OTU）abc1!•2）rep-set•all_rep_set.fasta•提取每个otu的•第一条序列，•代表该otu进行•后续的分析。2.OTU聚类（01-OTU）abc1!•3）rdp_assigned_taxonomy•all_rep_set_tax_assignments.txt•k_（kingdoms）、p_（phyla）、c_（classes）、o_（orders）、f_（families）和g_（genera），s_（sepcies）2.OTU聚类（01-OTU）abc1!•1）otu_table_L*.txt•从otu_table_L2到otu_table_L6中分别是在门、纲、目、科、属分类水平下的物种注释信息。•以otu_table_L2为例：第一行为样品编号，第二列为门的分类，其后每一列为相应的样品编号下的该门所占的比例（总和为1）。•可用excel打开。3.物种注释（02taxa）!3.物种注释（02taxa）abc!3.物种注释（02taxa）•2）plot.txt•在门的分类水平下，•将每种细菌按照它在所有样品中的•最大相对丰度来排序，•并取出排在最前面的13种，•用于优势菌物种注释结果柱状图。•第一列为样品编号，•第二列为最大相对丰度，•第三列为其所属的门。abc!•3）Taxa.png•横坐标为样品名称，•图中每一种颜色的长度代表属于其对应的门的细菌在该样品中所占的比例。总和为13.物种注释（02taxa）!•4）taxa_summary_plots•bar_charts.html•不同分类水平下的物种注释结果柱状图。•area_charts.html•物种注释结果面积图。3.物种注释（02taxa）12!4.Heatmap图（03otu-heatmap）abfgecd1）otu-table推荐用火狐浏览器打开!•可以看出某一个属或者种的微生物在不同样本之间的数量变化。4.Heatmap图（03otu-heatmap）a!5.样品复杂度分析（04-alpha_rarefaction_plots）•1）稀释曲线图Obeservedspecies（推荐用火狐打开）!•2）稀释曲线图Chao15.样品复杂度分析（04-alpha_rarefaction_plots）!5.样品复杂度分析（04-alpha_rarefaction_plots）•3）稀释曲线图shannon曲线!6.多样品比较分析（05_beta_diversity）!6.多样品比较分析（05_beta_diversity）•x轴与y轴分别代表第一和第二主坐标。主坐标后的百分比代表此坐标的贡献率，度量了此主坐标对原始信息量提取的多少。•样品点距离的远近代表了样品中微生物群落的相似性，距离越近，相似度越高；聚集在一起的样品由具有相似的微生物群落构成。!7.UPGMAtree聚类图（05_beta_diversity）•右边的编号为样品号，聚类分枝的长度代表样品间的距离。长度越长，则样品间的距离越大，样品间的差异性也越大。!FAQ•1.送样要求：DNA样本：•总量不低于10ng，体积不低于10ul•样品跑电泳只要有主带即可，不考虑RNA污染、蛋白污染等情况PCR产物：•总量不低于200ng，浓度不低于20ng/ul即可；•电泳检测时不能有杂带（若有杂带但还是要求上机，需客户确认）!•2.什么情况下推荐送PCR产物？•一般情况下，不推荐送PCR产物，因为实验部门会根据DNA的情况来优化PCR的条件。•老师在做功能基因的研究时，一定要送加了barcode之后的PCR产物，并且需要老师自己做信息分析。PCR产物最长不超过400bp。FAQ!•3.关于提取•可以提取土壤，淤泥，沉积物，人组织等样本；•可以提取粪便样本。FAQ!•4.关于信息收集表和样品信息单FAQ!•5.关于结题报告模板•现在结题报告模板上展示的都是信息部门可以做的分析，会做进一步的完善。并且完成网页版。•敬请期待。FAQProvidingadvancedgenomicsolutions!更多关注，敬请留意：更多关注，敬请留意：!