举个栗子-ncbi设计引物

如何用ncbi设计引物1.打开ncbi主页，在选项栏选择gene,输入要搜索的基因名字，如果有ID号，可以直接搜索ID。2.在结果页找到genebank,获得目的基因序列3.目的基因序列1.获得目的基因序列之后，可以选择最简单粗暴的方法复制粘贴到seqbuilder，或者从ncbi导出文件，如图，右上角有个send,点开可以选择输出文件。一般选择FASTA格式。如果想直接用ncbi在线设计引物的，可以选择pickpremiers,想要验证特异性的点击runblast接着继续说设计引物，跳转到引物设计页面之后，模板就已经输入好了，我们只需要调整一下引物的参数，如果产物长度啊，引物Tm值之类的在页面最下方还有一个advancedparameters,点开会有更详细的引物参数可以修改，一般默认的就够用啦，不太需要改变参数选好之后，最后就可以点击getpremier得到引物结果。Detailreports有每一条引物的详细数据。虽说premierblast使用很方便，但是引物的可选择性太少，所以大部分人都是手动或者软件设计,最后再用blast验证特异性。如何验证特异性？1.打开ncbi主页，点击blast2.输入要验证的序列，选择合适的数据库，选择要验证的基因组，点击blast,结果就出来啦。结果页首先是序列的基本信息，后面会有详细图谱，每个同源序列的信息也会列出来基本就是这样子了，设计引物就是一个不停筛选的过程。