vector-nti-11--使用教程--第十一章-AlignX-Blocks

第十一章AlignXBlocks99第十一章　AlignXBlocksAlignXBlocks可以用在蛋白质序列比对，和AlignX不同的地方在于比对的序列会以图形表示比对的结果。　启动AlignXBlocks的方式和AlignX是一样的，可直接开启或是从主程序上方开启(图11.1-2)：图11.1直接于程序集中开启AlignXBlocks图11.2于VectorNTI程序内开启AlignXBlocksVectorNTI教育训练手册100开启程序后会看见和AlignX很类似的操作界面(图11.3)：图11.3开启AlignX程序后的接口首先用户要把序列档案加载程序里面，可以点选或者从左上方的Project→AddFiles把序列档案载入，序列只能分析蛋白质序列(图11.4)：图11.4利用Project→AddFiles将序列加载到左上窗口第十一章AlignXBlocks101进行比对前先将要比对的序列用鼠标反白(图11.5)，操作和AlignX相同：图11.5全选欲进行比对的序列比对前可以依各人需求调整序列比对的条件跟参数(图11.6)。可点选或是从Blocks→AlignXBlocksSetup进行调整：图11.6参数的设定会影响程序的运算，要适当的调整得到所要的结果参数的设定会影响到程序的运算，并造成不同的比对结果。使用者可针对这三个参数进行调整，直到得到满意的结果为止。VectorNTI教育训练手册102Blocks’colors项目(图11.7)表示比对后各序列相似区域所显示的颜色，默认值为红色，可以依照喜好设定颜色。图11.7Blocks’colors改变显示的颜色和AlignX相同，使用者也可以设定Scorematrix的参数(图11.8)，但是不建议一般使用者更改。图11.8更改Scorematrix的参数，第十一章AlignXBlocks103设定好了以后按下或者是选取Blocks→Searchforblocks程序进行运算，经运算完成之后会出现下面的画面：图11.9运算的结果：左下为相似的区域，右上为序列的图形显示，右下为比对的画面在左下的窗口(图11.9)中所显示的是程序依照蛋白质序列和设定的参数所比对出相似的区域，此区域称之为block；右上方的窗口是把比对的序列以图形显示，可以判别block之间的位置关系；右下方则是序列的比对画面。在左下方显示的区块中，使用者可以看到红色的圆圈(图11.10)，表示该block会以红色显示在右边的图形跟序列比对窗口，旁边会有程序计算后的一些分数跟统计值。只要用鼠标点选圆圈的部分，就会在右边的窗口显示该部分：VectorNTI教育训练手册104图11.10右边红色区域为相似的区域，对应到左下窗口的红点若要编辑block可以点选欲修改的部分后，按下鼠标右键选择Editblock或是点选主程序上方(图11.11)：图11.11编辑或修改相似的区域，点选Editblock在编辑的窗口下，用户可以在下方为此block命名及修改颜色(图11.12)，在左上方使用者可以选择比对的序列。想要回复原来的设定只要点选Restoretooriginal即可。第十一章AlignXBlocks105图11.12修改block的颜色设定好block的名称跟颜色后，只要按下OK就会依使用者的需求展示比对图谱，图11.13是把其中一个block命名为JST，颜色改成黄绿色：图11.13将其中一组block命名为JST，并将颜色改成黄绿色VectorNTI教育训练手册106使用者可以依照自己的喜好将block命名和改颜色(图11.14)：图11.14以不同的颜色代表不同的block如果想要把蛋白质序列中的block放在同一直列观察，可以将特定的block点选后下按或是从Blocks→Link将各序列的block放在同一列(图11.15)：图11.15将各序列的block放在同一列中观察第十一章AlignXBlocks107这时右边的图形和序列比对的结果就会将各序列的block放在同一个位置。如果想要取消此功能只要按下或是Blocks→Unlink就可以恢复原状。如果操作许多不同的block造成比较多的link状况可以用或是来看其前后操作。使用者可以依照自己的需求将不同的block进行不同的link(图11.16)：图11.16观察多组序列的block右边的图形和序列比对可以利用鼠标右键的Camera进行输出(图11.17)：图11.17将序列比对结果输出用户操作的结果和AlignX一样可从Project项目进去后选择Save或者是Saveas进行储存，以后只要直接打开储存的档案就可以了。