网上生物医学信息介绍

网上生物医学信息介绍北京万方数据股份有限公司2002年5月系列培训教程（二）张秀梅杨春红1.网上生物医学文献类型•文摘型数据库•全文型数据库•事实型数据库•生物医学专业网站•生物医学整合知识平台2.文摘型生物医学数据库•pubMed数据库•TOXNET数据库•EMBase荷兰医学文摘•CBMdisc中国生物医学文献光盘数据库•OCLCFirstSearch检索系统•BA&BP美国生物学文摘•CA化学文摘•ISIChemistryMedline1996——今70多国家4500余种生物医学期刊43种语言90%英文78%有英文摘要数据周更新37万条/年Premedline未标引记录MedlinePublisherSuppliedCitations出版商Pubmed2.1PubMed数据库(1)()免费Mesh标引美国NCBI(NationalCenterofBiologicalInformation)研制,截止2001年2月28日,已与1724种期刊连接.2.1PubMed数据库(2)能指引检索者使用《医学主题词表》中规范的术语进行有效检索。MeSH(MedicalSubjectHeadlings)由美国国立医学图书馆编制，是对生物医学文献进行主题分析、标引和检索时使用的权威性词表。它以标准的术语描述生物医学概念，共收录18000个主题词，通过注释，参照系统和树状结构，表达了MeSH词的历史演变，揭示了MeSH词间的语义关系，成为指引检索者使用规范化生物医学术语进行有效检索的工具。MeSHBrowser:2.2TOXNET数据库(1)()毒理学数据库毒理学文献有毒化学制品释放系统化学信息（术语、标识与结构）11种事实型书目型DB美国国立图书馆创建2.2TOXNET数据库(2)英文缩写数据库名称涉及内容CCRIS化学致癌研究信息系统化学致癌研究ChemIDplus化学物资信息数据库35万余种化学物资10万余个分子结构DART/ETIC发育与生殖毒理学和环境致畸信息中心环境致畸发育与生殖毒理学EMIC环境致突变物信息中心环境致突变物GENE—TOX遗传毒理学数据库遗传毒理学和致突变物表格内容后续英文缩写数据库名称涉及内容HSDB危险物质信息库潜在危险化学物质的毒性作用HSDB—Structures危险物质结构数据库潜在危险化学物质二维结构IRIS综合性危险信息系统环境污染物对人类健康的潜在影响NCI—3D化学物质二维和三维结构美国国立癌症研究所TOXLINE毒理学文献联机信息药物和其他化学物质在生化、药理、生理及毒理方面的作用TRI有毒化学物质释放报表DB每年根据数量作出报表2.2TOXNET数据库(2)2.3荷兰医学文摘(1)Embase是荷兰ElsevierScienceB.V.出版商建立的书目文献数据库.1974年——今800多万条445000条/年增70余个国家的4000多种期刊EMBase突出药物文献和药物信息40%药物方面副主题词多药物信息字段多1EMBase(ExcerptaMedicaDatabase)EMBaseMEDLINE主题词EMTREE药物:世界卫生组织国际非专有名词命名标准Mesh药物:美国名称规则副主题词30个82个字段比较41个26个2.3荷兰医学文摘(2)2EMBase与MEDLINE数据库比较1980——今千种期刊、汇编、会议论文总1816623条20万条/年增涵盖《中文科技资料目录(医药卫生)》CMCC《中文生物医学期刊目次数据库》CBMdisc的词表Mesh及《中医药学主题词表》中国分类法2.4中国生物医学文献光盘数据库(CBMdisc)中国医学科学院医学信息研究所研制1967年创建ohio州1992年推出FirstSearch70多个数据库30多个可检全文7500种期刊的联机全文3000中期刊的电子版900多万篇全文2.5OCLCFirstSearch检索系统(CBMdisc)图书馆联机计算机中心创建（OnlineComputerLibraryCenter）1926年两刊合并——《生物学文摘》美生物学会联合会负责编辑生物学文摘公司出版1964年BA的编辑出版机构为“生物科学情报”（BioScienceInformatiomService）简称BIOSIS主任：维特BIOSISPrevies2.6BA&BP（1）BA—美国《生物学文摘》BiologocalAbstracts前身是—美国细菌协会编辑出版社的《细菌学文摘》—美国植物学会《植物学文摘》2.6BA&BP（2）包括—生物学文摘BiologicalAbstracts,BA—BiologicalAbstracts/RRM(Reports,Review,Meetings)收录—5500种生命科学期刊及非期刊文献10000条/周更新BP—BiosisPreview周刊，2卷/年，26期/卷150个国家14000种科技期刊1/4与生物医学相关26个国家2个国际组织的专利资料学位论文、会议文献、科技报告、存档资料、图书56种语言占世界化学化工文献总量的98%2.7化学文摘(ChemicalAbstract)“开启化学文献宝库的钥匙”1907年创刊，前身《美国化学研究评论》《美国化学会志》2.8ISIChemistry该库收集了公布在全球核心化学期刊和国际专利出版物上所有最新发现和改进的有机合成方法，提供翔实的化学反应综述和详尽的试验细节，以及新化合物的化学结构和相关性质(制备与合成方法、化学反应与生物活性)两个子库化学反应中心(ReactionCenter)1840年—今60多种化学反应2万多个专利反映42000个/年增化合物中心(CompoundCenter)1960年—今530万种有机化合物20万种/年增3.全文型数据库•PML数据库•OVID数据库•SDOS全文检索系统•EBSCO数据库•中国期刊网3.1网上获取医学文献全文的途径访问免费电子期刊网站://通过作者的E—mail直接索取一些二次文献数据库提供原文连接服务(Pubmed)查全文数据库机构代查该公司1938年创建宗旨:为图书馆、政府、院校师生提供高质量信息业务范围:连续出版物、新闻报纸、图书、学位论文、学术性收藏品文献量:55亿条PML—光盘版—网络版3.2ProQuestMedicalLibrary数据库PML由Bell&HowellInformationandLearning(原UMI公司)出版从MEDLINE起家,目前包括人文、社会、科技近百DB一半为生物医学OvidWebGateway—数据库检索—400中期刊全文—100种电子期刊，回溯至1993年—HTML，实现Medline、生物医学全文期刊和循证医学DB之间的互链3.3OVID数据库OVIDTechnologies.Inc由MarkNelson1984年创立SDOS原名为EES(ElsevierElectronicSubscriptions)SDOS系统提供1200多种电子期刊(包括PergamonNorth—Holland出版物)的订阅服务1200种电子期刊分为12类与生物医学相关的为—AgriculturalandBiologicalSciences—ClinicalMedicine—LifeScience3.4ElsevierScience公司SDOS全文检索系统ElsevierScience是荷兰一家著名的出版公司ScienceDirectOnsite(SDOS)是该公司开发的系统,提供用户在本地访问其基于Web的全文电子期刊EBSCOPublishing—50多个电子文献数据库—近3000种期刊全文+文摘索引期刊4000种学术期刊全文数据库(AcademicSearchFullteztElite,ASFE)1530种期刊全文+近2700种期刊索引和文摘其中SCI收录的核心刊993种(含全文350种)生物医学期刊554种检索系统EBSCOhost3.5EBSCO数据库EBSCO公司是世界上最大的提供文献服务的专业公司之一国内核心期刊1994年—今全文400多万篇专业特色期刊题录1000万余条网上数据日更新理工(3)、农业、医药卫生、文史哲、经济政治与法律、教育与社科、电子技术与信息科学9个专辑、126个数据库，其中医药卫生747种题录数据库摘要数据库全文数据库专题数据库3.6中国期刊网清华同方光盘股份有限公司光盘国家研究中心共同创建中国学术期刊(光盘版)电子杂志社1999年6月起上网5300种4.事实型数据库•分子生物数据库•药物三维结构数据库•医学图谱•病理切片库•专利信息资源4.1分子生物数据库基因序列数据库NCBI的GenBank蛋白序列数据库(Pro.aa.)日内瓦大学Swiss—Prot(6万余种Pro.2200个aa.)结构数据库:小分子结构数据库(CambridgeStructuralDB)大分子结构数据库(ProteinDataBank,PDB)分子疾病数据库OMIM(OnlineMendelianInheritanceinMan)生物信息学算法基于Web的信息储存、查找与检索如：NCBI建立的Entrez系统欧洲分子生物实验室SRS系统分子可视化•PubMed—生物医学文献•Neccleotide—核苷酸序列数据库•Protein—蛋白质序列数据库•Structure—大分子三维结构•Genome—完整的基因组汇编•Popset—以DNA和Pro.分析生物间的进化关系•Taxonomy—分类学数据库•OMIM—孟德尔人类遗传学数据库•Books—生物医学网络版书•Probeset—基因表达选集•3DDomain—特定功能域三维结构4.2Entrez系统包含4.3药物三维结构数据库美国国立癌症研究所药物信息系统三维数据库(NCIDrugInformationSystem3DDatabase)40多万种药物三维结构美国国立癌症研究所—三维数据库(NCI—3D)126554个化合物的三维结构信息艾滋病药物结构三维药物结构数据库(日本)具有药物活性的化学物质三维结构DB4.4医学图谱可视人计划(TheVisibleHumanProject)年NLM发起男女尸体详尽三维精细解剖图CT、MRI、冷冻切片三种技术目标：创造一个知识结构体系，可以方便地实现将可视的图像知识与文本知识链接成一个整体全脑图谱(theWholeBrainAtlas)哈佛医学院KeithA.Johnson麻省理工J.AlexBecker将人脑正常和病理结构图像与临床医学信息整合合作开发1900多幅病理切片病理切片库WebPath美Utah大学医学院病理科EdwardC.Klatt博士创建5.生物医学专业网站介绍(1)美国国立卫生研究院(NationalInstitutesofHealth,NIH)健康信息(出版物、数据库)科研基金申请情况美国国立医学图书馆(NationalLibraryofMedicine,NLM)美国医学会网站