多基因联合建树图解教程(引用高老师)

多基因联合建树图解教程（引高老师原创）工具】（引用高老师原创）MAFFT（多序列比对及序列排序）、SequenceMatrix（多源数据合并）、PAUP（同质性检验）、Mrbayes（支持分源数据集建树）【流程】１.序列比对及排序在MEGA中打开序列进行逐一进行多重比对，并对序列名称进行排序。排序的目的主要是避免后续序列串联拼接时发生错位，如上图所示，点击MEGA比对浏览器界面的左上角Species/Abbrv即可进行升序/降序排列，最后导出Fasta格式的多重序列比对文件。2.序列合并运行SequenceMatrix，在菜单上依次点击“Import”-“AddSequence”-选择待目的序列，如下图：导出过程会提示是否将空位标记为问号，建议选择选择“全否”。逐一添加不同基因的多重比对序列后，同样点击菜单栏上方的“Export”导出nexus文件的合并序列文件，这里注意不同基因的前后顺序。导出的nexus带序列长度的标识，建议用PAUP等软件对序列文件进化格式化，建议保存为non-interleaved的nexus文件。3.同质性检验同质性检验（Testingforhomogeneity）两种方法的参考脚本：（1）不相合长度差异检验(Incongruencelengthdifferencetest,ILDTest)------------------------------------------------beginset;CHARSET01P1=1-825;CHARSET02HC=826-2220;CHARSET03Vpg=2221-2784;charpartitiongenes=gene1:01P1,gene2:02HC,gene3:03VPg;end;BeginPAUP;logfile=ildtest.log;hompartpartition=genesnreps=100/start=stepwiseaddseq=randomnreps=10savereps=norandomize=addseqrstatus=nohold=1swap=tbrmultrees=yes;logstop;End;-------------------------------------------------------------（2）同质性检验(Partitionhomogeneitytest,PHT)--------------------------------------------------beginsets;charpartitionfavored=1:1-825,2:826-2220,3:2221-2784;end;beginpaup;hompartpartition=favorednreps=100search=bandb;end;-------------------------------------------------这里仅演示ILDTest检验，将上述参考文件添加在第2步得到合并的nexus文件尾，如下图添加脚本完毕，在PAUP中打开添加脚本后的nexus文件，运行如下图所示当异质性检验完成后，同一目录下会生成一个日志文件(*.log)，即为检验结果，如下图所示，p值0.01远小于数据集可联合与不可联合的阈值0.05，表明这些数据集最好不要联合分析。但后来相关的研究表明，即使p值小于0.01，数据集照样可以联合分析。4.联合多基因建树4.1数据不分区(Nopartition)：即合并后的数据集视为一体，只计算整体的核苷酸替换模型，操作方法如单基因的系统发育重建，此文不再赘述。4.2数据分区(Partition)：即合并的数据集中，针对每个基因分别对应的核苷酸替换模型。目前支持分区的软件有RaxML、Mrbayes和BEAST等。以下为Mrbayes的参考脚本：beginmrbayes;CHARSET01P1=1-825;CHARSET02HC=826-2220;CHARSET03VPg=2221-2784;CHARSET04CP=2785-3585;partitiongene=4:01P1,02HC,03VPg,04CP;setpartition=gene;lsetapplyto=(1)nst=6rates=propinv;lsetapplyto=(2)nst=6rates=invgamma;lsetapplyto=(3)nst=6rates=gamma;lsetapplyto=(4)nst=6rates=propinv;Prsetapplyto=(all)statefreqpr=dirichlet(1,1,1,1);mcmcpsavebrlens=yesngen=2000000samplefreq=100nchains=4;mcmc;sumtcontype=allcompatburnin=5000;end;