TASSEL的简介及遗传关系对表型变异贡献的分析方法_杨小红

TASSEL的简介及遗传关系对表型TASSEL的简介及遗传关系对表型变异的分析方法变异的分析方法杨小红中国农业大学国家玉米改良中心20115242011.5.241一TASSEL、TASSEL Trait Analysis by aSSociation, Evolution and LinkageBdbl2007Biifi2326332635Bradbury et al, 2007, Bioinformatics 23:2633‐2635 & Version2.1 2模块选择每个模块的具体菜单数据信息报告说明数据、结果的详细内容运行进程3数据模块GDPC：基因型和表型公共数据的导入交集合并并集合并Load：本地数据的导入Export：基因型数据的导出交集合并Site：基因型数据的过滤Taxa：特定分析材料的选择Traits：特定分析性状的选择以及数据类型的定义型缺失数的模拟Impute SNPs：基因型缺失数据的模拟？‐transform：基因型和表型数据的转化p‐q transform：相似材料名称的转化4分析模块分析模块遗传多样性连锁不平衡进化树亲缘关系遗传多样性连锁不平衡亲缘关系GLM：一般线性模型MLM：混合线性模型5结果模块6基因型的数据格式1——Phylip基因型的数据格式1Phylip材料数序列长度材料料名称7基因型数据格式2——polymorphism1基因型数据格式2polymorphism1标记名称材料料名称基因型称缺失数据8基因型数据格式2——polymorphism2基因型数据格式2polymorphism2标记名称材料名基因型称缺失数据缺失数据9基因型数据格式3——plink.map.ped遗传距离遗传距离物理距离材料名称父本编号母本编号性别染色体标记名称家系编父本编号性别标记名称号10基因型数据格式4——hapmap基因型数据格式4hapmap标等物标记名称等位基因染色体物理位置正反链材料编号称因置材料编号11Q矩阵或PCA数据格式Q矩阵或PCA数据格式亚群名称材料名称个体基因个体基因组在某个类群的百分比分比12K矩阵数据格式K矩阵数据格式材料总数材料名称两两个体之间的两两个体之间的亲缘关系系数13表型数据格式性状名称材料名称14V2.1——数据模块Load基因型的转化基因型的转化15V2.1——基因型数据格式——Polymorphism基因型数据格式yp多态性位点数目标题行数材料数数目标记名称材料名称标记名称称16V2.1——Polymorphism数据格式转换yp数据格式转换132324417V21——Polymorphism数据格式转换结果V2.1——Polymorphism数据格式转换结果18V21——群体结构格式V2.1——群体结构格式亚群数目标题行数材料数目亚群名称材料名称称19V21——表型数据格式V2.1——表型数据格式性状数标题行数材料性状数目标题行数料数目标题行数材料标题行数名称20数据的输入和输出Data → Load (File)Data → Export; Results → Table ∙ ∙ ∙21分析数据集的保存(.Zip)分析数据集的保存(p)22遗传关系对表型变异献二、遗传关系对表型变异贡献的分析方法的分析方法23群体结构对表型变异的贡献SASCode1群体结构对表型变异的贡献——SAS Code1材材料编号性状名称群体名称号称称表型值个体基因组在所属类群所在的比例24群体结构对表型变异的贡献——SASCode2群体结构对表型变异的贡献——SAS Code225群体结构对表型表型的贡献——SAS 结果群体结构对表型表型的贡献结果26亲缘关系对表型的贡献——TASSEL1亲缘关系对表型的贡献1323427亲缘关系对表型的贡献——TASSEL结果亲缘关系对表型的贡献结果σ2aσ2aσ2e28