PDB数据库简介

PDB数据库简介生物数据库的种类生物数据库的种类序列数据库•核酸序列数据库(EMBL、GenBank、DDBJ)•常用蛋白质序列数据库(Swissprot,PIR)结构数据库•蛋白质结构数据库(PDB)•蛋白质分类数据库(SCOP、CATH)其它数据库ProteinDataBank蛋白质结构数据库一、基本概况美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构数据库,PDB蛋白质晶体结构资料数据库(ProteinDateBank)。PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织(ResearchCollaborationforStructuralBioinformatics,RCSB)负责。1、数据来源主要通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。信息原子的空间坐标、引用文献、形成α-helix和β-sheet的氨基酸序列、双硫键连结模式、与蛋白质结合的ligand、参与生化功能的residue等。2、数据结构结构记录名称、参考文献、序列、一级结构、二级结构和原子坐标等信息。显式序列信息隐式序列信息以关键字SEQRES作为显式序列标记，以该关键字打头的每一行都是关于序列的信息。即为立体化学数据，包括每个原子的名称和原子的三维坐标。3、数据查询PDB中的记录有唯一的PDB-ID，包括4个字符串，可由大写字母A~Z和数字0~9组合而成，如1LDM。PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录的查询，可按一些专门的查询项目（如提交数据、作者姓名、结构表达）进行检索。是pdb文件在数据库中的编号,从PDB数据库下载结构常会得到一个以这个编号命名的pdb文件，如1LDM.pdb二、简单使用搜索栏高级搜索搜索到408条结果精化搜索结果检索CDK2相关介绍下载氨基酸序列及二级结构的信息分辨率不同配体不同PDB数据库文件包括分子类别、发布日期，PDB-ID关键字列表测定结构所用的试验方法以关键字SEQRES打头306个氨基酸的显式序列信息X轴坐标Y轴坐标Z轴坐标原子氨基酸PDB数据库的详细字段说明HEADER分子类，公布日期，ID号OBSLTE注明该ID号已改为新号TITLE说明试验方法类型CAVEAT可能的错误提示COMPND化合物分子组成SOURCE化合物来源KEYWDS关键词EXPDTA测定结构所用的实验方法PDB数据库的详细字段说明AUTHOR结构测定者REVDAT修订日期及相关内容SPRSDE已撤销或更改的相关记录JRNL发表坐标集的文献REMARK1有关文献REMARK2最大分辨率REMARK3用到的程序和统计方法REMARK4其他注解DBREF其他序列库的有关记录SEQADVPDB与其它记录的出入PDB数据库的详细字段说明MODEL多亚基时显示亚基号ATOM标准基团的原子坐标SIGATM标准差ANISOU温度因子SIGUIJ各种温度因素导致的标准差TER链末端HETATM非标准基团原子坐标ENDMDL亚基结束CONECT原子间的连通性有关记录MASTER版权拥有者END文件结束详细信息三维结构α-螺旋β-折叠配体小分子三、结构模型显示生物大分子三维立体结构显示的软件：PyMol、RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等通过这些软件可以对此三维结构进行查看、编辑，进一步应用于研究。