使用ZDOCK进行蛋白质对接

2015/11/19使用ZDOCK进行蛋白-蛋白对接实验目的：掌握DiscoveryStudio中蛋白序与蛋白质之间相互对接的操作方法及结果分析。软硬件环境：DiscoveryStudio4.0，Win764版Dell3020工作站蛋白质结构文件：牛胰岛素：2ptn.pdb胰岛素抑制剂(CMTI-I)：2sta_I.pdb实验原理蛋白对接技术是一种预测蛋白质相互识别以及相互作用的技术。在DS中，ZDOCK模块可以实现蛋白质的对接计算。ZDOCK是一种基于快速傅里叶转化相关性技术的刚性蛋白对接算法。实验步骤1.载入受体和配体分子1）启动DiscoveryStudio4.02）在同一个3D窗口中打开受体和配体蛋白在文件浏览器（FilesExplorer）中，展开Samples|Tutorials|ProteinModeling文件夹，双击2ptn.pdb文件。DS将在一个新的3D窗口中打开该蛋白。在同一文件夹中，将2sta_I.pdb拖至上述同一分子窗口（2ptn）中。2.打开ZDOCK设置对话框Macromolecules|DockandAnalyzeProteinComplexes，点击DockProteins（ZDOCK），打开DockProteins（ZDOCK）对话框。3.运行ZDOCK并查看结果点击Run运行作业，在对话框中观察作业运行状态。点击Background后台运行该作业。待作业完成以后，双击任务浏览器（JobsExplorer）中相应的行，打开Report.htm在report文件中分析Summary部分并点击ViewResults以打开一个包含对接pose的新窗口。ZDOCK结果