重组DNA技术与基因工程(3)-克隆流程

重组DNA技术与基因工程523416重组DNA技术与基因工程的基本概念重组DNA技术所需的基本条件重组DNA技术的操作过程目的基因的克隆与基因文库的构建外源基因在大肠杆菌中的表达外源基因在酵母中的表达3重组DNA技术的操作过程切接转增检ADNA的体外重组（切与接）3重组DNA技术的操作过程同种内切酶生产的粘性末端的连接同尾酶生产的粘性末端的连接不同粘性末端的连接人工粘性末端的连接重组率基于同源重组的In-Fusion连接同种内切酶生产的粘性末端的连接5'5'GAATTCCTTAAGGAATTCCTTAAGEcoRI5'GCTTAAAATTCG5'5'GCTTAA5'5'AATTCG5'退火GCTTAAAATTCG5'GCTTAA5'AATTCGGCTTAAAATTCG5'GCTTAA5'AATTCGT4-DNAligaseGAATTCCTTAAG5'5'GAATTCCTTAAGGAATTCCTTAAG5'5'GAATTCCTTAAG同尾酶生产的粘性末端的连接BamHI5'5'GGATCCCCTAGGGGATCCCCTAGG5'GCCTAGGATCCG5'5'TACTAG5'5'GATCAT5'退火GCCTAGGATCCG5'TACTAG5'GATCATT4-DNAligaseTGATCCACTAGG5'5'GGATCACCTAGT5'TGATCAACTAGT5'BclIGCCTAGGATCCG5'TACTAG5'GATCATTGATCCACTAGG5'5'GGATCACCTAGT不同粘性末端的连接BamHI5'5'GGATCCCCTAGGGGATCCCCTAGG5'GCCTAGGATCCG5'5'CTGCAG5'GACGTC3'T4-DNAligaseCGATCCGCTAGG5'5'GGATCGCCTAGC5'CTGCAGGACGTC5'PstI3'T4-DNApol切平5'CG5'GCKlenow补平5'GGATCCCTAGGATCC5'CTAGGCGATCCGCTAGG5'5'GGATCGCCTAGC人工粘性末端的连接5‘突出末端5'GCCTAGGATCCG5'5'GCTTAA5'5'5'AATTCGT4-DNAligase5'5'Klenow补平Klenow补平5'GGATCCCTAGGATCC5'CTAGG5'GAATTCTTAA5'5'5'AATTCTTAAGTdTTdTdGTPdCTPGAATTGGGGGGCTTAAAATTCGGGGGGTTAAGGGATCCCCCCCCCTAGGATCCCCCCCCCTAGGGAATTGGGGGGGATCCCTTAACCCCCCCTAGGGGATCCCCCCCAATTCCCTAGGGGGGGTTAAG5'5'GAATTGGGGGGGATCCCTTAACCCCCCCTAGGGGATCCCCCCCAATTCCCTAGGGGGGGTTAAG退火BamHIBamHIEcoRIBamHI人工粘性末端的连接3‘突出末端CTGCA3'GG3'ACGTC5'GCATG3'C5'C3'GTACGT4-DNAligaseTdTTdTdCTPdGTPGCATGCCCCCC3'C退火PstIPstIC3'CCCCCCGTACGCTGCAGGGGGG3'GG3'GGGGGGACGTC5'5'GCATGCCCCCCGCGGGGGGACGTCCTGCAGGGGGGCGCCCCCCGTACG5'5'GCATGCCCCCCGCGGGGGGACGTCCTGCAGGGGGGCGCCCCCCGTACG5'5'GCATGCCCCCCTGCAGCGTACGGGGGGACGTCCTGCAGGGGGGCATGCGACGTCCCCCCGTACG5'5'GCATGCCCCCCTGCAGCGTACGGGGGGACGTCCTGCAGGGGGGCATGCGACGTCCCCCCGTACGKlenowPstISphI人工粘性末端的连接平头末端C3'GG5'G3'C5'C3'GT4-DNAligaseTdTTdTdTTPdATPGTTTTTTTTTT3'C退火C3'TTTTTTTTTTGCAAAAAAAAAA3'GG3'AAAAAAAAAAC5'5'GTTTTTTTTTTGCAAAAAAAAAACCAAAAAAAAAACGTTTTTTTTTTGS1C3'5'5'GTTTTTTTTTTGCAAAAAAAAAACCAAAAAAAAAACGTTTTTTTTTTG加热GTCATTTTTTTTTGAAAAAAAAACCAGTAAAAAAAAACTTTTTTTTTGTGACCAGT基于同源重组的In-Fusion连接载体质粒重组质粒每条引物外侧设计含有与载体相应末端同源的15个碱基序列引物引物In-Fusion酶加入In-Fusion酶37℃15min+50℃15minPCR扩增转化重组率重组率的定义重组率=含有外源DNA的重组分子数/载体分子总数；在常规实验条件下，重组率一般为25-75%；重组率是衡量连接反应效率的重要指标，较高的重组率可以大大简化DNA重组的后续操作。重组率提高重组率的方法提高外源DNA片段与载体的分子比：5:1-10:1载体DNA分子在连接前先除去磷酸基团：5'5'GAATTCCTTAAGGAATTCCTTAAGEcoRI5'GCTTAApAATTCG5'p5'GCTTAAOH5'5'AATTCG5'HO退火5'G-A-A-T-T-CC-T-T-A-AG5'GA-A-T-T-CC-T-T-A-A-GOHHOOHHO碱性磷酸单酯酶碱性磷酸单酯酶重组率提高重组率的方法加装同聚尾末端：CTGCA3'GG3'ACGTC5'GCATG3'C5'C3'GTACGT4-DNAligaseTdTTdTdCTPdGTPGCATGCCCCCC3'C退火C3'CCCCCCGTACGCTGCAGGGGGG3'GG3'GGGGGGACGTC5'5'GCATGCCCCCCGCGGGGGGACGTCCTGCAGGGGGGCGCCCCCCGTACG5'5'GCATGCCCCCCTGCAGCGTACGGGGGGACGTCCTGCAGGGGGGCATGCGACGTCCCCCCGTACGKlenowB重组DNA分子的转化和扩增（转与增）3重组DNA技术的操作过程转化的原理与技术转化率转化细胞的扩增转化的原理与技术Ca2+诱导的完整细菌细胞的转化Ca2+诱导的完整细胞的转化适用于革兰氏阴性细菌（如大肠杆菌等），1970年建立此技术，其原理是Ca2+与细菌外膜磷脂在低温下形成液晶结构，后者经热脉冲发生收缩作用，使细胞膜出现空隙，细菌细胞此时的状态叫做感受态。转化的原理与技术Ca2+诱导的完整细菌细胞的转化大肠杆菌感受态细胞的制备：100ml菌体培养至OD600=0.5，离心收集菌体；用10ml冰冷的10mMCaCl2溶液悬浮菌体，离心用1ml冰冷的75mMCaCl2溶液悬浮菌体；冰浴放置12-24小时，备用。收集菌体；转化的原理与技术Ca2+诱导的完整细菌细胞的转化大肠杆菌感受态细胞的质粒转化：取100ml感受态细胞，加入相当于50ng载体的重组冰浴放置半小时；在42℃保温2分钟（热脉冲）；快速将转化细胞转移至冰浴中放置1-2分钟；DNA连接液，混匀；加入1ml新鲜培养基，于37℃培养1小时（扩增）；涂在合适的固体培养基平板上进行筛选。转化的原理与技术细菌原生质体的转化革兰氏阳性细菌（如枯草杆菌、链霉菌等）接纳外源DNA的主要屏障是细胞壁，因而这类细菌通常采用原生质体（细胞去壁后的形态）转化的方法转移质粒或重组DNA分子。酵母菌、霉菌、植物细胞也可用原生质体法进行转化。转化的原理与技术细菌原生质体的转化不同细菌的原生质体制备方法不尽相同，以链霉菌为例：细菌需生长在高渗培养基中（如34%的蔗糖溶液，并加入甘氨酸以增加细菌细胞壁对溶菌酶的敏感性。在制备过程中，菌体应始终悬浮在10.3%的蔗糖等渗溶液中。与原生质体接触的所有器皿应保持无水无去污剂。细菌原生质体的制备：转化的原理与技术细菌原生质体的转化取0.2-1ml的原生质体悬浮液（108-109个原生质体），加入10-20mlDNA重组连接液，同时加入含有PEG1000和Ca2+细菌原生质体的转化：细菌原生质体的再生：原生质体再生的主要目的是使细菌重新长出细胞壁。再生的等渗溶液，混匀。在特殊的固体培养基上进行，内含脯氨酸和微量元素。转化的原理与技术l噬菌体DNA的转染感受态细胞的培养：将大肠杆菌在含有麦芽糖（不含葡萄糖）和MgCl2的培养基中培养至OD600=0.5；吸附：加入经体外包装好的重组噬菌体悬浮液，30℃保温10分钟；转染裂解：加入20倍体积的新鲜培养基，30℃培养2小时，直至培养液中菌体裂解，培养液澄清度增加，然后涂板筛选。转化的原理与技术电击转化将待转化的质粒或DNA重组连接液滴加在电穿孔转化仪的样品池中，两极施加高压电场。在强大电场的作用下，细菌细胞壁和细胞膜产生缝隙，质粒或DNA重组分子便可进入细胞内。电穿孔转化法操作简单，而且几乎对所有含细胞壁结构的受体细胞均有效，但转化效率差别很大。同样的原理，电穿孔法也可用于质粒消除实验。转化率转化率的定义转化率是衡量转化效率的重要指标，其定义为：每微克载体DNA在最佳转化条件下进入受体细胞的分子数。由于在一般的转化实验规模下，每个受体细胞最多只能接受一个载体分子，因此转化率的定义也可以表征为：每微克载体DNA转化后，受体细胞接纳DNA的个数，即克隆数（在筛选时，未接纳载体或重组子的受体细胞不长）。转化率转化率的定义例如，pUC18对大肠杆菌的转化率为108，即每微克pUC18中只有108个分子能进入受体细胞。一微克pUC18共有3.4X1011个分子（6.02X1017/2686X660），也就是说，每3400个pUC18分子才有一个分子进入受体细胞。另一方面，在实际操作过程中，转化一微克pUC18共需2ml感受态细胞，大约含有2X1010个大肠杆菌细胞，也就是说，每200个细胞只有一个细胞能接纳pUC18DNA。转化率转化率的用途利用转化率和重组率等参数可以帮助设计DNA重组实验规模。例如，某一DNA重组实验的重组率为20%，转化率为107/mg载体，经切接处理后的载体转化率一般要比天然的载体低100倍。欲获得104个重组克隆，需投入多少载体DNA进行重组实验？若重组率为100%，则转化后产生104个重组克隆需要：104/107X10-2=0.1mg载体DNA考虑到实验系统的重组率为20%，所以实际投入载体应为：0.1/20%=0.5mg载体DNA载体投入量确定后，外源DNA的投入量即可按10∶1的要求算出（5mg），甚至还可以估算需要涂布多少块平板进行筛选。转化率转化率的影响因素载体及DNA重组分子方面：载体本身的性质：不同的载体转化同一株受体细胞，其转化率不同。载体的空间构象：质粒的超螺旋构象转化率最高，经酶切连接操作后的载体由于空间构象难以恢复，其转化率一般要比新制备的超螺旋质粒低两个数量级。插入片段的大小：对质粒载体而言，插入片段越大，转化效率越低。转化率转化率的影响因素受体细胞方面：受体细胞必须与载体相匹配，例如：pBR322转化大肠杆菌JM83株，转化率很低；但对大肠杆菌ED8767株的转化率则较高。转化率转化率的影响因素转化方法方面：受体细胞的预处理：影响最大供受体的比例：Ca2+诱导转化0.1ml感受态细胞50ngDNA转化方法：Ca2+诱导转化106-107/mgDNA原生质体转化109个原生质体50ngDNA原生质体转化105-106/mgDNAl-DNA转染107-108/mgDNA电穿孔转化106-109/mgDNA转化细胞的扩增扩增操作转化细胞的扩增操作是指转化完成之后细胞的短时间培养。在实验时，扩增操作往往与转化操作偶联在一起，如：Ca2+诱导转化后的37℃培养一个小时；原生质体转化后的再生过程；l噬菌体转染后的30℃培养等，均属扩增操作。转化细胞的扩增扩增操作的目的增殖转化细胞，使得有足够数量的转化细胞用于筛选程序扩