POPGENE中文使用教程

1POPGENE中文使用教程（图文）最后更新：2010-5-30POPGENE：物种遗传分析——基于微软windows的免费软件，免费下载：。一、POPGENE窗口概览该软件由C++语言书写。POPGENE窗口计算环境有两种类型：Datadisplaywindows（数据显示窗口）和Dialogboxes（对话框）.其窗口菜单包含八部分：File：用于建立新的数据文件或打开存在的文件Edit：用于从其他窗口修改和复制文本Search：寻找或取代选择的文本Co-Dominant:用于通过用co-dominant标志去调用物种遗传分析Dominant：用于通过用dominant标志去调用物种遗传分析Quantitative：用于通过用量化特征去调用物种遗传分析Window：用于布置、选择和控制窗口分布Help：帮助，告诉你如何使用该软件在菜单栏下面有工具栏，可以快速容易的使用窗口的特色部分。底部有状态栏，它提供的信息包括光标位置和输入数据大小。二、POPGENE计算程序窗口概览POPGENE/Co-Dominant和Dominantmarkers两个对话框：HaploidDataAnalysis和DiploidDataAnalysis。每个对话框里有3个等级的HierarchicalStructure：SinglePopulations,Groups和Multiplepopulations。SingleLocus和Multilocus遗传参数的评定通过选择一个或多个HierarchicalStructure核对框实现的。HAPLOIDDATAANALYSISGeneFrequency:从原始数据中判断每个locus的基因频率AlleleNumber:计数非零频率等位基因的数量EffectiveAlleleNumber:评价彼此的结合性PolymorphicLoci:不管等位基因频率，所有多种组合形态位置的百分比GeneDiversity：判断Nei’s(1973)基因多样性ShannonIndex:判断Shannon信息指数，以此作为基因多样性的程度HomogeneityTest:构建双向相依表和进行(χ2)和相似率(G2)测试F-Statistics:为Groups或MultiplePopulations判断Nei’s(1973)GST，以及GST和GCSGeneFlow:从GST或FST中的判断中来进一步判断基因流GeneticDistance:判断Nei’s(1972)遗传特性和遗传距离以及不偏遗传特性和遗传距离Dendrogram:用UPGMA做基于Nei’s遗传距离的树形图NeutralityTest:用Manly提出的算法，为临界稳定执行Ewens-Watterson测试Two-locusLD:判断loci和χ2测试之间的gameticdisequilibriaBrown:计算观察的和预想的K的momentsSmouse:编码常出现的等位基因为1，假的等位基因为0.判断平均内在关系DIPLOIDDATAANALYSIS2GenotypicFrequency:从针对co-dominantmarkers的原始数据中判断每个locus的基因频率HWTest:在随机杂交的情况下，用Levence计算法则计算预想的遗传型频率，并且执行基于Hardy-Weinberg平衡(χ2)和相似率(G2)的测试，仅限于co-dominantmarkersFixationIndex:判断FIS作为异形接合体缺失或过多的判据AlleleFrequency:判断原始数据的基因频率AlleleNumber:计数非零频率等位基因的数量EffectiveAlleleNumber:评价彼此的结合性PolymorphicLoci:不管等位基因频率，所有多种组合形态位置的百分比Obs.Homozygosity:判断给定locus观察到杂合子的比例，仅对于co-dominantmarkersExp.Homozygosity:判断随即杂交的情况下，预想杂合子的比例，仅对于co-dominantmarkersShannonIndex:判断Shannon信息指数，以此作为基因多样性的程度HomogeneityTest:构建双向相依表和进行(χ2)和相似率(G2)测试，测试针对于Groups或者MultiplePopulationsF-Statistics:为Groups或MultiplePopulations判断F-statisticsGeneFlow:从GST或FST中的判断中来进一步判断基因流GeneticDistance:判断Nei’s(1972)遗传特性和遗传距离以及不偏遗传特性和遗传距离Dendrogram:用UPGMA做基于Nei’s遗传距离的树形图NeutralityTest:用Manly提出的算法，为临界稳定执行Ewens-Watterson测试Two-locusLD:判断loci和χ2测试之间的gameticdisequilibriaSmouse:编码常出现的等位基因为1，假的等位基因为0，他们的异形接合体为1/2，判断平均内在关系。三、软件的使用输入文件格式输入文件应该由表头和数据两部分构成。表头的格式应该是这样：（1）用/*...*/符号限定；（2）populations的数量；（3）loci数量；（4）locus的名字。数据开始为每个population的ID#和population的名字，这两个都是可选项。如果这两项没有给出的话，就应该在populations之间留下至少一个空白行，该软件会自动给你产生population的ID。如果这两项给出来的话，你的population的ID#和population的名字之间必须是不重复的。原始数据的格式很自由，纵行之间可以带或不带1个或更多的空格，但他们之间不能有空行。对于haploids和dominantmarkers像RAPDs无值的位置要以“.“代替（也就是说把出现或未出现等位基因的代表为一个点），对diploidsco-dominantmarkers的用“..“。下面给出三个例子。头两个例子纵行之间有空格，第三个数据中是空格和无空格的混合以说明数据输入的灵活性。例1：haploiddata的输入格式/*Haploidnumericdataof3populationseachwith3records(gametes)&19loci*/Numberofpopulations=3Numberofloci=19locusname:AAT-1AAT-2ACOADHAPHDIA-2DIA-3GDHG6HIDHMDH-1MDH-2MDH-3MDH-4MEPGIPGM6PG-16PG-2ID=13111211112111211111111121111211121111113113111121112111211ID=2111211112111311111111111111211163111111111111121133111111ID=3113231111111211111111123111211121111111132111111112111111例2：diploiddata,co-dominantmarker的输入格式/*Diploidalphabeticdataof3populationseachwithvaryingrecords(genotypes)&21loci*/Numberofpopulations=3Numberofloci=21Locusname:AAT-1AAT-2AAT-3ACOADHDIA-1DIA-3EST-2GDHG6PHAIDHMDH-1MDH-2MDH-3MDH-4PEP-1PEP-2PGI-2PGMSPG-2AAAAAAAAAAAAAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABBBA3AAABBBAAAAAAAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAAAABCACAAABABABAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABBCCAABBABAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABACAABBAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAABAAAAAAAAABABACAAABABAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAAABAAAAAABCACAAABABAAAAAAAAABAAABAAAAAAAAAAAAAAAAAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAAAABCAAABAAAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAAAAAAAAABBCBCAABBABAAAAAAAAABAAAAAAAAAAACAAAAAAAAABACABAABBBBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABACAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABCABABAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAABAAACAAABABAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAAAAAAAAAABBBBAAAAAAAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAAAAAAAAAAACACAABBABAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABBBBCAABBAAACAAAAAAAAAAAAAAAAACADAAAAAAAAAAABBCAAABABAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABBBCAABBAAAAAAAAAAAAAAABAAAAAAACAAAAAAAAAAAABCAAABABAAAAAAAAAAAABCAAAAAAAAAAAAAAAAAAABBCAAABABAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAAAAAAAAAABDBCAAABABAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAEAAAAAAAAABCCBBAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAABCBBAAABABAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABCCBBAAAAABAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAABBBCAAABABAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABBCAAAABBAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAAAAAAAAABACABAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAABBCBBAABBBBAAAAAA4AAAAAAABAAAAAAAAAAAAAAAAABABABAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABBABAAAAAAAAAAAAAAAAAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAACBCAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCBCAAABABAAAAAAAAAAAAABAAAAAAACAAAAAAAAAABBACAABBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAAAAAAAABAABEBBAABBABAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAAAAAAAAAAABBCAAABAAAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAAAAAAAABBAACCAAABABAAAAAAAAAAAABCAAAAAAAAAAAAAAAAABACBCAABBBBAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABAABBAAACABAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAAAAAAAAABBBACAABBAAAAAAAAAAAAAAABAAAAAAAAAAAAAAAAAAACACAAAAABAAAAAAABAAAAABAAAAAAAA