oncomine数据库应用实例

Oncomine数据库应用实例介绍•Oncomine是大型肿瘤基因芯片数据库，涵盖65个基因芯片数据集、4700个芯片及4亿8千万个基因表达数据，可用于分析基因表达差异、寻找离群值、预测共表达基因等，并可根据肿瘤分期、分级、组织类型等临床信息进行分类。你还可限定分泌型、激酶、膜型等参数。更有趣的是，还可依据已知的基因—药物分析寻找可能的分子标记物与治疗靶点。下面仅介绍如何分析表达差异，更多内容可参考网站onlinehelp。1.申请账号•需要非盈利机构邮箱：大学或研究机构•免费使用可满足一般需要，若想导出数据需要付费2.键入用户名与密码用户界面3.限定条件•从primaryfilter-analysistype—cancervsnormal、cancervscancer、normalvsnormal三者中选一，在cancertype中选择你所研究的肿瘤类型（图一）•从samplefilter—sampletype中选择clinicalspecimen，还可进一步细分为组织标本、血液标本等，在Datasetfilter—datatype中选择mRNA（图二）•在search中键入你想要搜索的基因（图三）图一图二RPS10图三4.比较•可从groupeby中选择你感兴趣的临床信息，如选择cancervsnormal，统计图下方1代表癌组织、2代表正常组织（图四）•若要比较多个结果，请展开箭头，并将可信的结果打钩（图五）•Compare后数据库会自动mata分析并列出结果，红色代表高表达，蓝色则代表低表达。如图六示RPS10generank靠前，高表达趋势明显图四图五图六更多请关注onlinehelp谢谢