Gene5中文操作手册biotek

Gene5软件中文操作手册美国伯腾仪器有限公司北京代表处2第一章：仪器连接1仪器的连接：按照操作指南连接酶标仪与计算机，确保电源线和USB接口正常后，打开酶标仪。2仪器自检：当酶标仪与计算连接好之后，打开Gene5软件，出现欢迎界面选择SystemMenuSystemReadConfigurationAdd选择当前使用的酶标仪的型号和正确的ComPortTestComm（检测连接）OKOKClose向导精灵读板系统测试软件培训系统菜单3第二章如何编写一个检测程序任何一次检测实验都要以相应的检测程序为基础，因此实验的第一步就是要打开一个程序（protocol），如果是第一次编写程序，建议您在Gene5软件的欢迎界面中选择向导精灵来帮助您完成程序的编写。双击欢迎界面的向导精灵Next第一步：检测步骤设置双击对话框中Procedure下方彩色图标看到编程界面（根据仪器的配置不同，可以选择的功能按钮为黑色，不能选择的功能按钮变为灰色）PlateType:在右侧的下拉框中选择酶标板的型号和类型1点击Synchronizedmode：选择Well模式（逐孔读数：加一孔读一孔）或者Plate模式（整板读数：加完整板后读数），该工具在使用分液装置时才需要使用。2：读板，单击Read按钮，设置读板参数4Steplabel：对你所进行的读取步骤进行命名Detectionmethod：对你进行的检测类型进行选择（吸光发光荧光）Readtype：对选择的检测类型定义方法（终点法面积扫描法光谱法）Sanning功能，点击右侧则弹出下面的对话框，选择扫描的矩阵选择该功能可以对每个孔进行多次读数，读数的次数通过设置矩阵的大小来控制，读数次数越多准确度越高，但是读板的速度会降低。Spectrum功能跳出如下对话框，设置扫描的起始波长、终止波长和波长间隔Readspeed：定义阅读的速度（正常扫描）Wavelenghs：对检测的波长进行定义，可以同时定义6个检测波长。5Fullplate：选择要检测的孔（出现在不同步骤中，可以定义该步骤所对应的孔）Pathlengthcorrection：光程校正（表示对样本孔的值进行光程校正，因为酶标板各样本孔内样本液的高度不一定为1cm，使用该选项，可自动把吸收值校正为光程1cm时的吸收值）3：分液装置（根据实验需要进行设置），单击Dispenser按钮Dispenser：选择进样器（一般为两个），可以按照实验需要对进样器进行设置Tipprimer：选择是否需要将分液器的尖端充盈，防止空气的残留，并选择充盈的液体体积Dispense：选择进样的体积和进样的速度4：振荡，单击Shake按钮6Intensity：选择振荡的强度（低速、中速、高速、变速）Duration：选择振荡的时间5：延时，单击Delay按钮Delaytime：选择在何步骤进行停顿以及停顿的时程。6：定义动力学检测，单击kinetic按钮Runtime：运行时间Interval:读数间隔Reads：读数次数Minimuminterval:选择最小读数间隔时间7：对一个孔或者一组孔设置一个标准，只有当指定的孔达到标准，才会开始进行整板阅读。8：温度设定，单击Settemperature按钮Incubatoroff温度孵育关闭Incubatoron温度孵育打开，并设定时间，（并可选择是否预热）9：酶标板的进出控制，单击Plateout/in按钮，根据需要选择酶标板弹出，显示对话框（comment中填写对话），酶标板弹入酶标板弹出无对话框酶标板弹入无对话框10：读数结束选择，是否选择结束前弹出酶标板并添加提示语11：对所编写的程序是否符合逻辑进行有效性的验证，如果不符合显示错误的问题在第几步注意：1以上11个步骤选择并不是每一个程序都要用到而是根据实验的具体需要来进行任意的组合举例：双荧光报告基因检测步骤设置7第二步：布板在第一步检测步骤设置成功后，点击OK，精灵向导会提示，点击Next，进入第二步，开始对酶标板进行拍布。双击PlateLayout下方彩色图标进入布板界面8Type：选择检测孔的类型，有Empty、Blank、AssayControl、Sample、SampleControl、Standard等可供选择。在下拉框中选择想要定义的孔的类型，然后在下方空白的模式96孔板中进行点击排布。Replicates：Number输入样本的重复数。HorzorVert选择重复样本的排列方式，横排还是竖排。AutoSelect：NextID样本编号自动递增NextDil稀释浓度自动递增。Filling：HorzorVert选择不同样本间的排列方式，横排还是竖排。在Standard中，除了要进行排布以外，还需要进一步输入标准品的浓度和稀释关系。Incr：表示每点之间＋多少浓度Fact：表示每点之间×多少倍浓度9布好的平板图如下：实验不同酶标板的排布也不尽相同，实验人员应按照实验的需求对酶标板进行排布。当样品排布好之后点击OK，向导精灵提示这一步结束，点击Next进入下一步。第三步：数据分析设置10双击DataReduction下方的彩色图标进入数据分析设置界面，该界面为您提供Transformation、WellAnalysis、CurveAnalysis、Cutoff、Validation、Polarization几个功能模块可供选择。1Transformation：双击按钮，出现Transformation设置界面DataIn：选择下拉列表中选择要进行赋值的数据，如果有多个数据需要，点击下方按钮，进行多重的赋值NewDataName：输入公式计算后数据输出所用的名称Formula：输入需要计算的公式，如上图：分别读取390和540的吸光度值，别将这两种数据赋值为DS1和DS2，公式计算DS1/DS2，将计算值命名为Ratio。如果公式适用于所有孔，则勾选Usesingleformulaforallwells，则所有的孔都进行相应的公式计算；如果只对单独的孔进行计算，则不需勾选Usesingleformulaforallwells，输入公式后双击下方的96孔板示意图中相应的孔，公式自动对相应孔进行计算。选择DeferenceBetweenRows或DeferenceBetweenColumn11可以进行行间或列间的差值计算。Gene5同时提供了多重公式计算的功能，如果你还需要对全部的样品或部分样品进行公式计算，则可以再次双击按钮，进行再一次的赋值计算，直到完成全部计算任务。点击OK保存设置。2CurveAnalysis：双击按钮，进入曲线分析界面CurveName：输入曲线的名称DataIn：选择曲线中X、Y轴相对应的数值CurveFit：CurveFitMethod选择曲线类型；XAxisData、YAxisData：选择轴的线性关系lin或者log；ExtrapolationFactor：外推因子，对超出标准浓度的样本进行推算DataOut：Concentrations定义计算值的名称；Interpolations在该对话框内。您可以定义最多25个Y值（公式、数字），其对应的X值（浓度）就会被计算出来，并显示在标准曲线上。每次设置结束点击OK保存设置3Cutoff：双击图标，进入临界值设定界面12DataIn选择要进行分类的数据。Symbols输入分类显示的标识。Cut-offs输入临界值，临界值可以是数字，也可以是公式或者孔符号。但是必须是升序排列。进行分类的数据首先和第一个分类的标准（1.6）进行比较，如果小于第一临界值就表示为LOW，如果大于等于第一个临界值则表示为“HIG”，其他依次类推，可以设定不同级别的分类标准。4Validation：双击图标，进入检验值设置界面Validation是一系列的判断标准，用来评估获得的数据是否适宜进行后面的计算，Gene5可定义多达50个检验标准。读板完成后，查看每个检验标准的检验情况(根据实验结果在以下三个对话框中填入信息)：ValidText条件匹配InvalidText条件不匹配，计算的结果可信度不高。UnabletoEvaluateText如果选择的数据不能确定时，可能会出现这种情况。设置成功后点击OK，向导精灵提示这一步结束，点击Next进入下一步。软件提示你选择对得到的结果进行何种方式的输出，根据需要进行选择第四步构建报告模板13双击按钮进入构建数据报告模板界面1在左侧列表中选择要输出的原始数据，点击Add，添加到右侧的列表栏中，点击Remove可以移去右侧列表中多选的或者不需要的数据2选择Header或Footer设置报告的页眉或页脚3点击按钮，可以预览模板4当全部设定好后，点击OK精灵向导提示编程成功点击Finish结束编程。第五步保存程序点击FileSaveAs选择相应的路径，输入程序名称，保存程序以上五步由向导指引完成了一个Protocol的全部设置，这五个步骤可以根据实验的要求进行个性化的组合，使程序的设置满足实验的要求第六步进行一次实验1点击工具栏中图标，打开一个新的实验，弹出程序选择对话框2在相关目录下选择已经保存好的Protocol，打开该Protocol3弹出该程序所对应的检测项目，这时如果需要改变，可以点击上方工具栏中对应的彩色图标，进行修改，直到满意为止4读板，单击按钮，弹出读板对话框，输入相关的信息后点击Read，开始读板。14Read读板Re-Read二次读板，将覆盖上次的读数结果EnterManually手动输入检测值ReadFromFile可以导入其它文件读数SimulateRead在没有连接酶标仪的情况下模拟读板过程和数据读数结束点击FileSaveAs选择相应的路径，输入实验名称，保存实验数据通过以上的设置和运行，完成了一次基本的实验过程总结过程如下使用向导精灵进行程序编辑和读板的全流程1点击向导精灵图标2对程序每一个步骤进行设置3全部设定好之后，点击Next进入下一步，程序进行校验4选择FileSave保存程序，并给程序命名5选择FileNewExperiment，选择刚才编辑好的程序，点击OK6选择ReadPlate，编辑板的信息后，点击Read，开始读板7选择FileSave保存Experiment，并给Experiment命名15如何不通过向导，自行编写一个Protocol点击欢迎界面中选项，打开Gene5程序界面FileNewProtocol显示程序编辑元件列表其中已经介绍了Procedure、PlateLayout、DataReduction和ReportBuilder通过对这几项的设置，我们可以完成一次完整的实验，下面介绍一下其他元件的设置。对每一元件进行设置时，双击该图标，进入编辑界面功能双击该图标酶标仪在读板时，软件会显示相应的板信息，在下面的对话框里手动输入提示信息，在读板时会自动提示。功能，创建导出报告模板双击该图标16在左侧列表中选择要输出的原始数据，点击Add，添加到右侧的列表栏中，点击Remove可以移去右侧列表中多选的或者不需要的数据，选择结束后点击确定保存设置。功能，创建超级导出报告模板双击上面的图标，Gene5将所选择的导出报告构建在Excel表格中，使用者可以随意安排报告的样式和位置单击PowerExportBuilder工具栏每一项的下拉框，选择要输出的数据，单击Excel表格中某一位置，放置表格，并设置表格的各项参数，模板设置结束后单击工具栏中的Close，保存设置，回到主界面。17功能，设计数据显示列表双击上面的图标，对话框中显示出所有数据的表示形式选中任何一种数据显示模式，可以对其进行添加、修改、隐藏/显示以及设为默认值的四种设置。设置结束后，关闭对话框，回到主界面。功能，对编辑好的程序进行设置双击上面的图标，显示对话框，在左侧的下拉菜单中选择程序需要定义的参数，在右侧相应的对话框中对该参数进行具体的设置。功能：为程序自带的一种检测跟踪功能，对实验的结果进行检测，该功能取决于Ge