CD圆二色谱数据处理操作说明

CDtool处理数据步骤找到CDtool的快捷键，双击打开，出现CDtool的主界面CDtool是一款专门处理CD数据的软件，在可以免费下载。安装软件时需要输入机器序列号，可以在网站上免费申请，1-2周时间可能得到回复。CDtool打开数据数据平均保存数据基线归零单位转换扣除本底网上分析CD数据分析流程前六步需要在CDtool上处理CDtool软件序列号申请时间长，请在实验的同时按照下述步骤处理完需要分析的数据File下拉菜单点击openspectra出现对话框在对话框中，进入桌面下的userdata文件夹，这是4B8专门用于存储用户数据的文件夹，找到当前数据存放位置，然后选择需要处理的数据，点击打开即可打开数据文件第1步数据平均打开数据后，出现上图所示界面。在文件列表区域，选择相同文件名重复测试的数据（蓝色背景），白色背景表示未被选中。选择后点击average即可。文件列表区域蓝色背景表示数据被选中数据文件所对应的图形区域Average按钮：用于数据平均横坐标：波长(nm)纵坐标(左):CD(mdeg单位)纵坐标(右):高压值(高压曲线隐藏)第2步对样品和背底（Buffer）分别平均，由于数据较多，平均的结果不易观察到样品和Buffer平均后的文件列表由于数据较多，平均后的图形被掩盖，不易观察到隐藏曲线在列表区域选择不需要显示曲线的数据（蓝色背景），点击toggleCDs按钮，即可在右边图形区域隐藏选中的数据toggle后红线表示样品平均的CD曲线，绿线表示本底Buffer平均的CD曲线此按钮用于隐藏选中数据点击一次即可隐藏，再点击一次恢复扣除本底注意，在列表区域，必须先选中样品平均后的数据，再选中本底Buffer平均后的数据然后点击subtract按钮，就能得到扣除本底后样品的真实CD谱，如图蓝色曲线用于数据的作减法先选中的数据减去后选中的数据第3步曲线的图形处理鼠标落在图形区域空白处，右键出现如图菜单，点击选择Changelinecolors，可以对曲线颜色、线型和线宽做修改显示曲线原始数据默认情况下，曲线是通过平滑处理过的。如果要观察原始数据，选中列表区域文件（蓝色背景），先点击toggleCDs隐藏平滑处理的曲线，再点击toggleCD就可以显示原始数据，图形区域蓝色曲线所示。此按钮用于显示或隐藏原始数据点击一次即可显示，再点击一次隐藏显示高压曲线在列表区域选择数据后，点击toggleHT，就可以显示数据的高压曲线，图形区域蓝色细线所示。4B8光束线，可用于分析的数据必须在高压不高于550的情况下采集。样品和Buffer吸收越强，光程越长，则高压越高，在真空紫外波段，Buffer尤其不能含有氯离子！单位转换4B8测试得到的数据已经通过CSA校准，单位是mdeg，为了进行CD的结构分析，需要进一步将mdeg单位转换为平均残基摩尔消光系数（deltaepsilon）在列表区域选择扣除本底的数据，在Spectra下拉菜单中点击ScaletoDeltaEpsilon第4步点击后出现对话框如图所示，输入样品浓度及样品池光程，以及MRW，确认信息无误，点击ok，完成单位转换。MRW是蛋白质的平均残基的分子量，即蛋白质分子量除以残基数，单位是Daltons单位转换后，列表区域operation栏sub被mdeg_to_DE代替图形区域曲线的纵坐标（左）值改变单位转换后的结果基线归零250nm以上曲线偏离零点，需要归零。在Spectra下拉菜单点击shiftspectrainY按钮。基线偏离的原因可能是测试样品和Buffer时，装样的重复性存在问题，比如样品池基线不一致或样品池与样品架基线未对齐。尽量保证重复一致，可避免基线偏离零点。偏离~0.05首先在列表区域选中需要归零的数据第5步在出现的对话框中，输入y轴移动的数值，例如-0.05，点击ok基线归零后的结果CD曲线errorbar将鼠标落在曲线上，右键将出现如图快捷菜单，点击ShowErrorBars必须3次以上数据的平均，并扣除本底后才能显示errorbars出现Adderrorbars对话框，选择error出现的合适的波长间隔，如2nm，点击okErrorbars显示的结果第6步保存数据在列表区域选中需要保存的数据，在File下拉菜单点击Save按钮，之后选择存储位置，点击ok后自动保存为gen格式，此数据文件用于网上分析结构。CD结构分析用户名及密码可以免费申请，一般也是1-2周可能回复。拟合效果的重要因子是NRMSD，要求小于0.1或昀好小于0.05，大于0.25失效。通过改变分析终止波长、分析方法、蛋白质数据库和ScalingFactor来获得昀好的拟合效果前面方法处理的gen格式数据文件格式及单位分析终止波长分析方法蛋白质数据库乘积数据的系数，用于校正浓度或光程误差带来的影响点击submit，执行分析Submit之后出现上述确认信息，确认无误后点击contine注意，为了得到较好的拟合效果，大部分参数如分析方法，终止波长等已经修改数据文件信息确认无误后，点击continue点击Show即可查看分析的结果，例如ExtendedResults和Plot。ExtendedResultsNRMSD在0.1附近，分析可用平均后的结果PlotResults绿线表示原始数据蓝线表示拟合数据点击此处可得到曲线的数据文件