vectorNTI中文使用说明指导书

vectorNTI中文使用说明指导书VectorUser'sManual软件包中文翻译者：宋厚辉（浙江大学），记住这个伟大的人物吧！前言（Introduction）1.程序附带的数据库（VectorNTIdatabase）包括：DNA/RNA、蛋白质、内切酶、寡核苷酸、凝胶mark。此外程序还提供数据库开发（DatabaseExplorer）功能，用户可以自己修改、添加、拷贝感兴趣的各类数据库。2.创建新分子（有四种方法）A．用GenBank/GenPept,EMBL/SWISS-PROTandFASTA、ASCII等格式输入DNA或氨基酸。B．手工粘帖，然后保存到数据库中C．从其他分子、接头、载体中剪切、拼接构键D．从DNA或RNA分子的编码区翻译成蛋白质3.关于新分子的序列特征图谱：利用GenBank/GenPept,EMBL/SWISS-PROTorFASTA等格式输入的分子都能显示出序列和结构图，但自己手工粘帖的没有，需要自己编辑第一章Chapter1Tutorial:DisplayWindows（显示窗口）目的：创建显示窗口，并对图、序列和文本进行操作NTI安装后首次登录，系统将提示是否允许填充空库，点OK。这样DNAmolecules,proteins,enzymes,oligos,andgelmarkers将组成NTI的数据库。并出现下列两个窗口。2.观察出现的VectorNTI工作窗口和DatabaseExplorer窗口上面的第一个窗口为工作窗口，由菜单栏和工具条两栏，移动鼠标到工具栏任意选项处，鼠标自动显示每个工具条的功能。第二个窗口为exlporing——localvectorNTIdatabase,显示的是上次打开的DNA/RNA或蛋白分子。3.CreateaDisplayWindowforpBR322激活exlporing——localvectorNTIdatabase窗口中的DNA/RNAMolecules(MAIN)数据库，找到pBR322分子并双击打开。显示如下窗口：4.观察pBR322显示窗口上面的窗口由文本区（对分子信息的文字描述，双击文件夹可以看到）、图形区（标住限制性内切酶位点等）和序列区（全序列及酶切位点）三个部分组成。5.显示窗口的管理（通过拖拉标尺，改变窗口、或每个显示区的相对大小）6.转换pBR322’s图形区：在工具栏左边的activepane右侧有三个按钮，用鼠标点当中那个（graphicspane）7.对pBR322’s结构图进行操作：用户可以尝试点击、、，此时图形的大小会发生变化。选区设定：菜单Edit——setselection,输入100bp–1000bp,’端,可以看到,通过拖拉可以延长或缩短选区范围,同样在3’端也能做到。如果用户一次只想移动一个碱基用直接拖拉就可能不方便，假如用户想在5’端移动一个碱基，首先将鼠标放到处，然后按住shift和键盘右侧的——或——箭头，则按一次箭头移动一个碱基距离。如果一次想移动10个碱基，则同时按住shift+ctrl+箭头。如果用户只是粗略选择，可以直接将鼠标移到图中，用十字花拖动。将鼠标移到图的TCr处，此时鼠标箭头变成，并显示TCr代表的含义，如果用户此时按下鼠标，则TCr的编码区将被选中。8.检查pBR322’snucleotide序列移动标尺，尽可能将更多的PBR322序列显示出来，并点击序列中任何一处。现在对序列显示的样式进行设定：点击（DisplaySetup）按钮，显示moleculardisplaysetup对话框：用户可以对序列的颜色、大小、10个一组显示还是15个一组（默认是10个碱基一组），结构图的颜色、限制酶切图谱（注意刚开始显示的PBR322上限制酶并不多）、ORF、Motif等进行设置。现在我们打算把序列字体的颜色由黑色变成绿色，显示全部PBR322的酶切图。操作如下：在刚才的窗口中点restrictionmap下面的RMapsetup按钮，在出现的对话框中点Add,再在出现的对话框中点selectall，然后OK。点sequence下面的sequencesetup,可以看到序列长度的设置等，在color栏中选green,一路点OK。此时显示如下：我们发现限制酶是大大的多了，不过美中不足的是序列显示的是两条链（正链和互补链），实际上一条链就够了，还有最好再和编码的氨基酸一切显示。这好办：先选中全序列（Ctrl-A），看到工具条中的（TranslateDirect）图标了没，点它。哈哈果然翻译成功了。不要忘了看左右两侧的图标哟，点点看。（注意用户在发表文章的时候，一般在文章中发表自己克隆或表达的DNA序列，在DNA序列下面还有氨基酸序列，哈哈，这不帮你做到了。什么？内切酶怎么去掉，刚才你怎么加上去的就怎么解除吧，看看我下面的图不就是办到了）：9.对pBR322’stext文本描述进行操作拖动标尺，使文本区尽可能拉大。选中RestrictionMap文件夹，然后找到工具条中的ExpandBranch按钮，点它。其实这和双击restrictionmap文件夹是一样的，都是打开的意思，还有它左边的按钮。在找到FeatureMap文件夹，然后按按钮。看到TC(R)了没，记住它。这是一个四环素抗性基因，在第7章中将详细叙述如何将这段基因克隆到载体PUC19中。10.将pBR322’s文本区和图区、序列区连接起来（可以让你一个一个的细细品位PBR322的每个细小结构，全部看可能会眼花，那就一个一个的看吧）激活文本区，然后找到（LinkPanes）按钮，点它。完了，PBR322的图区上的任何标记都没了，成了一个圆圈。还有，序列区的酶切标记也没了。哈哈，不用急，先点文本区的RestrictionMap文件夹，然后点按钮打开文件夹里面的分支。现在看看，酶切标记又重新显示出来了。激活图形区，找到（StandardArrangement）按钮了没，点它。会发现酶切图谱显示的方式和刚才不一样了，这是标准方式。在文本区中选中featuremap文件夹，点打开，发现图形又变了。依次关掉featuremap中的其他文件夹，只留TCR，此时图中只有TCR一个标记了。最后别忘了再点一下链条，发现图又回到原样。如下图：（看看上面的时钟都23：12了，该睡觉了），明天继续。11.打印pBR322’s文本description,图形map,和序列sequence打印文本：先激活文本区，（就是activepane右边的第一个按钮，或者直接用鼠标在本文区点一下），然后按expandbranch按钮打开文本区内的所有文件夹，然后点打印。同样要想打印图形或序列，先激活其所在的选区，然后按打印机图标即可。41BB_HUMAN创建显示窗口A[280]of1mg/ml0.40AUIsoelectricPoint8.13ChargeatpH73.72AminoAcid(s)Numbercount%byweight%byfrequencyCharged(RKHYCDE)8336.6832.55Acidic(DE)2510.859.80Basic(KR)2914.4311.37Polar(NCQSTY)9034.0835.29Hydrophobic(AILFWV)6727.0626.27AAla113.024.31CCys259.339.80DAsp114.514.31EGlu146.345.49FPhe168.146.27GGly214.858.24HHis20.960.78IIle72.832.75KLys135.855.10LLeu218.488.24MMet31.381.18NAsn124.884.71PPro186.387.06QGln125.404.71RArg168.586.27SSer227.128.63TThr176.246.67VVal113.974.31WTrp10.630.39YTyr21.120.78BAsx239.399.02ZGlx2611.7410.20XXxx00.000.0013.为1B14_HUMAN创建显示窗口重新回到exploring——localvectorNTIdatabase窗口，找到1B14_HUMAN分子并双击打开。如下图：注意该蛋白分子图形上的各种特征显示的十分紧凑，大有眼花缭乱的感觉，为了方便起见，我们可以按刚才介绍的link命令来逐一显示各个feature。操作方法和DNA分子一致。关闭窗口，结束，当最后一个窗口关闭是屏幕提示thiswillendyourvectorNTIsession,点确定（OK）关闭。第二章：Chapter2Tutorial:MoleculeOperations分子操作目的：对pBR322的generaldata,featuremap,andsequence进行编辑（注意蛋白质和DNA分子的操作是一样的）1.登录VectorNTI程序（刚刚说完，不用再教了吧）2.打开pBR322的显示窗口（再罗嗦一遍吧，程序vectorNTI——ExploringlocalvectorNTIDatabase——DNA/RNAMolecules(MAIN)——PBR322，双击。）3.对pBR322’s的常用数据（generaldata）进行编辑在文本区的最上面，双击PBR322名字，弹出下面窗口：1st：给PBR322加关键词：点keywords,在弹出的关键词窗口中输入Myownplasmid，点Add。回到DNA/RNAMolecular窗口，将最下面的description中的内容替换成MypBR322。点OK（确定）。注意屏幕的左上角pBR322*，在PBR322的后面有一个星号，说明现在显示的是PBR322的修饰形式。现在我们要在数据库中保存这一结果：菜单molecular——saveas，在弹出的对话框中输入序列的名字MypBR322，点OK。这时发现星号不见了，说明结果已保存到数据库中，这时数据库中关于PBR322的DNA分子有两个，一个是原始的PBR322（就是最初打开的那个），另一个就是我们保存的那个myPBR322。3.编辑MypBR322’s序列激活序列区，菜单edit——setselection,在对话框中输入范围21-40，点OK。会发现序列选区内含有ClaI和HindIII两个酶切位点。点击菜单edit——new——ReplaceSequence21bp–40bp，将窗口中第23和24位的TC删除分别用AA代替，窗口将显示如下：注意该窗口左下脚显示有：inserted2,delete2，什么意思都不用说了。点OK，注意序列中的ClaI位点立刻消失了。如下图所示：5.将MypBR322的修改结果取消，不保存到数据库注意刚才修改完后，在屏幕左上角MypBR322的后面，有一个星号，说明当前显示的分子已经修改，下面将修改结果取消，点击菜单molecular——RevertToSaved，点OK确定。此时数据库将刚才的修改结果取消了。（如果需要保存修改结果则在molecular菜单中选saveas命令）6.如何插入新的序列片段通常在编辑序列的时候需要在序列图谱中插入一段基因或者一段特征序列，先找到序列中的AP(R)标志（3293bp–4156bp）和TC(R)标志（86–1276bp），菜单edit——SetCaretPosition，输入200，将光标打到200bp处，下面我们要在此位置处输入10个T碱基。点菜单edit——new——insertsequence200bp,在出现的对话框中输入10个T，点OK，然后又出现一个对话框，问你是否确认当前的序列已经修改（CDSTC(R)isaffectedbysequenceediting，Delete,DeleteAll,Keep,andKeepAll），。我们将鼠标移到AP（R）处，我们发现其位置已经顺时针移了10个碱基（3303bp–4166bp）。其实，在原始序列中一旦插入一段序列