pymol常用操作

Control−Shift−Middle−Click确定旋转中心右键+中间键拖动分子show/hidelines显示/隐藏全部show/hidesticks棒状显示Cartoon：主链，mesh：网孔结构，spheres：球状结构；ribbon：线条；surface：表面结构基本命令（也可使用鼠标操作，但不如命令来得简单）pwd#showcurrentdirectorydir#listfileinthecurrentdirectorycddirectory#changedirectoryloadxxx#注意要打上扩展名，例如1LMK.pdb，否则会errorcreatname,(selection)#name=objecttocreat,selection=atomtoincludeinthenewobject,非常实用的功能Manipulatingobject:showrepresentation,(selection)hiderepresentation,(selection)#theavailablerepresentationsare:(前面是个人比较常用的)lines,spheres,ribbon,cartoon,sticks,surface,///mesh,dots,labels,extent例如：stickmol1&resi100#mol1为显示在pymol右边的分子名称Turnanobjectonandoff:(这个直接用鼠标就ok了)enable/disable,object-name#turnon/offallrepresentationBasicatomselections:nameatomnames缩写n.例子：showcartoon,(n.1LDK/)resnresiduetypesr.resiresiduenumberi.chainchainIDc.elemelementsymbole.Selectionalgebra:就是怎么选择交集是and、&，例如1LDKandchainAandi.1-103并集是or/|，补集是not/!Changeyourpointofview:zoom,(selection)#fittheselectiontoscreenorient,(selection)#alignmolecularaxiscenter,(selection)#sizenotchangedturnaxis,angle#rotatecameramoveaxis,distance#translatecameraAlign(个人认为最重要的功能)：align(source),(target)#thesourceobjectwillbemovedandrotatedtofitthetargetobject例如：align(prot1andchainA),(prot2andchainB)按整条链叠合alignmol1&resiN1,mol2&resiN2按某一个残基叠合alignmol1&resiN1-N2&namen+ca+c+o，mol2&resiN3-N4&namen+ca+c+o按某段残基的主链进行叠合在align的过程中会产生一个rootmeansquaredeviation(RMSD),这个值可在一定程度上衡量alignment的效果。Setcontrol(可以通过这个命令来调整所有参数的值，可惜没有什么详细的介绍)例如setsphere_scale,0.5,(n.Fe)#decreaseFeatomsizeto0.5setbg_rgb,[1,1,1]#setbackgroundaswhitesetribbon_sampling,1Measurement(又一个十分重要的功能，可以真正挖掘结构的意义)dist#测量两个原子之间的距离，ctrl+右键选择第一个原子，ctrl+中键选择第二个原子，然后测量dist。angel#测三个原子之间的夹角，ctrl＋中键选择第三个原子，然后测量angledihedral#测量四个原子之间的二面角