Primer Premier 5.0 使用技巧

PrimerPremier5.0的使用技巧简介主要功能:1、引物自动收索及引物分析评价(引物设计)2、限制性内切酶位点分析3、DNA基元(motif)查找4、同源性分析引物设计软件primerpremier5.0的使用可通过两个方法将序列输入软件中在表中粘贴序列打开原有的序列文件选择序列文件所在位置在对话框中输入待扩增序列点击左上角的“Primer”按钮Hairpin:引物自身是否会形成发夹结构Dimer:同一种引物是否会形成二聚体Falseprimiring:引物在待扩增序列中其他位置是否有配对CrossDimer:正向与反向引物间是否会形成二聚体引物设计界面正向和反向引物的互换正向和反向引物的评价正向和反向引物的信息每点击左边红色的按钮，就出现相应的内容对正向和反向引物进行编辑参数选择突变碱基Premier的主要功能：Premier的主要功能分四大块，其中有三种功能较常用，即引物设计()，限制酶切点分析()，基元查找()。另个功能是同源性分析（），并非Premier的特长，在此略过。该软件还有别的一些功能，如序列”朗读”，DNA与蛋白序列的互换（）引物搜索选项设定引物类型搜索模式5’引物位置范围3’引物位置范围产物大小范围引物长度搜索结果28对引物引物分值100分为满分每对引物的信息双击选中一对引物引物及产物信息是否出现hairpin,dimer,falseprimingandcrossdimer回到主窗口引物编辑可对引物进行增加或减少碱基用键盘输入了5个碱基引物的信息改动后引物的信息重新回到双引物的界面“Edit”－“Copy”－“SensePrimer”5'CGCCTCGAGAAAAGACAGGACTCCACCTCA3'输出引物序列引物编辑EditprimerhereAnalysistheeditresultAccepttheeditresultReturntothemainwindow酶切位点分析Oligo6.44使用说明主要功能：专门的引物设计软件Oligo6.44启动界面Opensequencefile3个弹出窗口Meltingtemperature∆GInternalStabilityFrq为邻近6至7个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。该频率高则可增加错误引发的可能性。用Oligo设计引物时的3个标准Tm值曲线以选取5’到3’的下降形状有利于引物引发聚合反应。Frq曲线宜选用3’端Frq值相对较低的片段。ΔG值在5’端和中间值比较高，而在3’端相对低选中引物上游引物下游引物只是示意图引物分析首先检查引物二聚体尤其是3’端二聚体形成的可能性。二项检查是发夹结构（hairpin）；与二聚体相同，发夹结构的能值越低越好。第三项检查为GC含量，以45-55％为宜。第四Falsepriming检查引物分析KeyinformationofprimerHairpinDimerandcrossDimerGC%TotalPCRinformationFinalPCRinformationSearchforprimerusingOligo6.44Searchprimer