DB37∕T 4362-2021 流感病毒与犬瘟热病毒双重荧光RT-PCR检测方法

ICS11.220CCSB4137山东省地方标准DB37/T4362—2021流感病毒与犬瘟热病毒双重荧光RT-PCR检测方法Duplexreal-timeRT-PCRdetectionmethodforinfluenzavirusandcaninedistempervirus2021-03-11发布2021-04-11实施山东省市场监督管理局发布DB37/T4362—2021I前言本文件按照GB/T1.1—2020《标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草规则》的规定起草。请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别专利的责任。本文件由山东省畜牧兽医局提出并组织实施。本文件由山东省畜牧业专业标准化技术委员会归口。本文件起草单位：山东省动物疫病预防与控制中心、中华人民共和国北京海关检科院、威海市畜牧业发展中心、山东省畜牧总站、青岛市动物疫病预防控制中心、淄博市张店区畜牧事业服务中心、山东农业大学。本文件主要起草人：王贵升、张鹤晓、赵国清、尹斐斐、徐鸿、宋德武、薛瑞雪、李玉杰、杨景晁、孙淑红、马慧玲、张华杰、兰邹然。DB37/T4362—20211流感病毒与犬瘟热病毒双重荧光RT-PCR检测方法1范围本文件规定了水貂、狐狸和貉流感病毒与犬瘟热病毒双重荧光RT-PCR检测方法。本文件适用于水貂、狐狸和貉流感病毒与犬瘟热病毒的快速鉴别诊断。2规范性引用文件下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。GB/T6682分析实验室用水规格和试验方法GB19489实验室生物安全通用要求GB/T27401实验室质量控制规范动物检疫3术语和定义本文件没有需要界定的术语和定义。4缩略语下列缩略语适用于本文件。RT-PCR：逆转录聚合酶链式反应RNA：核糖核酸PBS：磷酸盐缓冲生理盐水5试剂或材料5.1除非另有说明，在检测中使用的试剂均为分析纯，水应符合GB/T6682要求。所用液体试剂均需使用无RNA酶的容器进行分装。5.2TRIzol，应2℃～8℃保存。5.30.1%DEPC水。5.4氯仿，4℃预冷。5.5异丙醇，4℃预冷。5.675%乙醇，配置见A.3，应-20℃预冷。5.7TE缓冲液，配制见A.4。5.8阳性、阴性对照。——阳性对照：带有流感病毒M基因和犬瘟热病毒N基因的质粒。——阴性对照：为已知流感病毒和犬瘟热病毒阴性的动物组织悬液。DB37/T4362—202126仪器设备6.1双通道以上荧光PCR检测仪及配套反应管（板）。6.2高速冷冻离心机，最高转速应不低于13000r/min。6.3冰箱，2℃～8℃和-20℃两种。6.4微量移液器及配套吸头，量程规格应包含5μL、10μL、100μL和1000μL。6.51.5mL离心管，应无核酸酶。7样品7.1采样工具下列采样工具必须经121℃，15min高压灭菌并烘干：——棉拭子；——剪刀、镊子；——1.5mL离心管；——研钵或组织研磨仪。7.2样品采集7.2.1拭子样品有咽喉拭子样品和肛门拭子样品：a)咽喉拭子采样，采样时将拭子深入喉头来回刮3次～5次取咽喉分泌液。然后将拭子插入装有1.0mLPBS的1.5mL离心管中，加盖、编号备用；b)肛门拭子采样，采样时将拭子深入肛门转一圈并沾取少量粪便；然后将拭子插入装有1.0mLPBS的1.5mL离心管中，加盖、编号备用。7.2.2组织样品用无菌剪刀、镊子采集不少于2.0g的肺脏等组织脏器，装入一次性自封袋或其它灭菌容器，编号备用。7.3样品贮运样品采集后，放入密闭的自封袋内（一个采样点的样品，放一个自封袋），于保温箱中加冰、密封，24h内送实验室。7.4样品处理7.4.1拭子样品样品在混匀器上充分混匀后，用高压灭菌镊子将拭子中的液体挤出，室温放置30min，取上清液转入无菌的离心管中，编号备用。7.4.2组织样品取待检样品，不少于2.0g，用洁净、灭菌并烘干的研钵充分研磨，加10mLPBS混匀，4℃，3000r/min离心15min，取上清液转入无菌的1.5mL离心管中，编号备用。或者用专用仪器设备处理待检组织样品。DB37/T4362—202137.5样品贮存制备的样品在2℃～8℃条件下保存不应超过24h，若长期保存应置-70℃以下，应避免反复冻融（冻融不超过三次）。7.6其它样品说明急性感染且出现病毒血症的动物可采集全血分离血清或血浆进行检测。8实验步骤8.1实验室规范荧光RT-PCR检测方法的实验室规范应符合GB19489和GB/T27401要求，整个实验过程中均须使用无RNA酶的一次性耗材，用到的玻璃器皿使用前须250℃干烤4h以上，以彻底去除RNA酶。8.2样品病毒核酸RNA提取所提取物为血清、血液、细胞培养液、鸡胚尿囊液和动物组织等中的病毒。操作者必须戴口罩和一次性手套，尽量在人少时进行，防止空气中RNA酶的污染。所用一切物品也应是无RNA酶的。8.2.1在1.5mL的离心管中加入样品上清液200μL，再加入TRIzol1mL，充分混匀，室温放置10min。8.2.2加入200μL的氯仿，盖紧离心管盖，用力震荡离心管（溶液充分乳化，成乳白状，无分相现象），室温放置10min。8.2.34℃离心、13000r/min、15min，取上层液相移入另一管（切忌吸动白色中间相）。8.2.4加入等体积异丙醇，轻轻颠倒离心管充分混匀液体，室温放置10min。8.2.5离心4℃、13000r/min、15min，用移液器小心吸去所有上清。8.2.6加1.0mL75%乙醇洗一遍，离心4℃、8000r/min、10min，用移液器小心吸去所有上清，重复此步骤,在超净台中干燥5min。8.2.7加入50μLTE缓冲液溶解RNA，-20℃保存备用。8.2.8可采用经验证的病毒RNA提取试剂盒，按照试剂盒使用说明书提取RNA。8.3双重荧光RT-PCR扩增8.3.1扩增试剂准备在反应混合物配制区进行。设所需PCR管数为n（n=样本数+1管阴性对照+2管阳性对照），每个测试反应体系需要20μL荧光RT-PCR反应液。按B.2配制反应液，为避免移液器取样损失，建议按n+1个反应配制，计算好各试剂的使用量，加入一适当体积小管中，充分混合均匀后，向每个PCR管中各分装20μL，转移至样品处理区8.3.2加样在样品处理区进行。分别向上述PCR管中加入样本核酸提取步骤8.2.7中制备的RNA溶液各5μL，盖紧管盖，500r/min离心30秒，转移至检测区。8.3.3荧光RT-PCR反应在检测区进行。将加样后的PCR管放入荧光PCR检测仪内，作好标记。反应参数设置：第一阶段，反转录42℃/15min；第二阶段，预变性94℃/3min；第三阶段，94℃/15sec，55℃/10sec，60℃/30sec共40个循环。最后40℃2min。荧光收集在第三阶段每次循环的60℃延伸时进行。DB37/T4362—202149结果判定9.1结果分析条件的设定阈值设定原则：根据仪器噪声情况进行调整，以阈值线刚好超过阴性对照品扩增曲线的最高点为准。对于多通道荧光PCR仪，选定FAM检测通道读取流感病毒检测结果，选定Cy5检测通道读取犬瘟热病毒检测结果，淬灭基团选无荧光基团。9.2质控标准9.2.1阴性对照无Ct值并且无扩增曲线。9.2.2阳性对照的Ct值应小于等于28，并出现典型的扩增曲线，曲线图样见附录C。9.2.3如阴性和阳性对照不满足以上条件，此次实验视为无效。注：Ct值，每个反应管内的荧光信号量达到设定的阈值时所经历的循环数。9.3结果判定9.3.1阴性双检测通道均无Ct值，且无特征性扩增曲线，表明样品中无禽流感、犬瘟热病毒核酸。9.3.2阳性9.3.2.1双阳性：双检测通道Ct值均≤30.0，且均出现典型的扩增曲线，表示样本中存在流感病毒和犬瘟热病毒的核酸。9.3.2.2单阳性：——如仅FAM检测通道出现特征性扩增曲线，且Ct值≤30.0，而Cy5检测通道无Ct值并且无扩增曲线，表示样本中存在流感病毒核酸；——如仅Cy5检测通道出现特征性扩增曲线，且Ct值≤30.0，而FAM检测通道无Ct值并且无扩增曲线，表示样本中存在犬瘟热病毒核酸。9.3.3可疑任一通道Ct值在30.0～38.0区间，且出现典型的扩增曲线的样品，建议复验。复验仍出现上述结果的，判为阳性，否则判为阴性。DB37/T4362—20215AA附录A（资料性）溶液配制A.10.5mol/LTris-HCl(pH8.0)溶液称取6.055gTris置于100mL烧杯中，加入80mL0.1%DEPC水，用浓HCl调节pH值至8.0，定容至100mL，高压灭菌后室温保存待用。A.20.5mol/LEDTA（pH8.0）溶液称取18.61gNa2EDTA·2H2O置于100mL烧杯中，加入80mL0.1%DEPC水，用10%的NaOH溶液，调节pH值至8.0，定容至100mL，高压灭菌后室温保存待用。A.375%乙醇量取75mL无水乙醇，加入25mL0.1%DEPC水。A.4TE缓冲液将0.5mL的10mmolTris-HCl(pH8.0)、0.1mL的0.5mol/LEDTA(pH8.0)加入到容量瓶中，调pH8.0，加0.1%DEPC水定容至50mL，高压灭菌后，降至室温，4℃保存备用。DB37/T4362—20216BB附录B（资料性）引物探针序列及荧光RT-PCR反应液配方B.1引物和探针引物和探针序列表见表B.1。表B.1引物和探针序列表病毒名称序列名称序列流感病毒上游引物ACCAGTCAACAAACTCCACAG下游引物GATTTGTTGCACACAGCATTCC探针FAM-GATTTGTTGCACACAGCATTCC-BHQ犬瘟热病毒上游引物GCAAGCGAGGATTGAGGGTAT下游引物GGCCTATGGGACACACTCAAA探针Cy5-CACCGACCATCCAGACGTTGCTCCT-BHQB.2荧光RT-PCR反应液配方荧光RT-PCR反应液配方见表B.2。表B.2荧光RT-PCR反应液配方组分1个检测体系的加入量5×RT缓冲液5.0μLM-MLV反转录酶(200U/μL)0.5μLdNTPs(10mmol/L)1.0μLMgCl2(25mmol/L)3.0μL流感病毒上游引物(10μmol/L)0.5μL流感病毒下游引物(10μmol/L)0.5μL流感病毒探针(10μmol/L)0.5μL犬瘟热病毒上游引物(10μmol/L)0.5μL犬瘟热病毒下游引物(10μmol/L)0.5μL犬瘟热病毒探针(10μmol/L)0.5μLRNA酶抑制剂(40U/μL)0.25μLExTaqHS酶(40U/μL)0.25μLDEPC水7.0μL合计20μLDB37/T4362—20217CC附录C（资料性）对照样品检测结果曲线图流感病毒阳性对照检测结果曲线图见图C.1。图C.1流感病毒阳性对照曲线图犬瘟热病毒阳性对照检测结果曲线图见图C.2。图C.2犬瘟热病毒阳性对照曲线图